papion - Online in the Cloud

PROGRAM:

NUME

papion - aliniere de citire scurtă ultrarapidă, eficientă din punct de vedere al memoriei

DESCRIERE

Utilizare: papion [opțiuni]* {-1 -2 | --12 | } [ ]

Lista de fișiere separate prin virgulă care conțin parteneri în amonte (sau secvențele
ei înșiși, dacă -c este setat) asociat cu mates in

Lista de fișiere separate prin virgulă care conțin parteneri în aval (sau secvențele
ei înşişi dacă -c este setat) asociat cu mates in

Listă de fișiere separate prin virgulă care conțin citiri în stil Crossbow. Poate fi un amestec de
pereche și nepereche. Specificați „-” pentru stdin.

Lista de fișiere separate prin virgulă care conțin citiri neîmperecheate sau secvențele
ei înșiși, dacă -c este setat. Specificați „-” pentru stdin.

Fișier în care să scrieți accesări (implicit: stdout)

Intrare:
-q fișierele de intrare de interogare sunt FASTQ .fq/.fastq (implicit)

-f fișierele de intrare de interogare sunt (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r fișierele de intrare de interogare sunt brute, o secvență pe linie

-c secvențe de interogări date pe linia cmd (cum ar fi , )

-C citirile și indexul sunt în spațiul color

-Q/--quals
Fișier(e) QV corespunzător intrărilor CSFASTA; foloseste cu -f -C

--Q1/--Q2
la fel ca -Q, dar pentru fișierele mate 1 și respectiv 2

-s/--ocolire
sari peste primul citește/perechi în intrare

-u/--qupto
oprește-te după prima citiri/perechi (cu excepția citirilor omise)

-5/--trim5
tunde baze de la 5' (stânga) capătul citirilor

-3/--trim3
tunde baze de la 3' (dreapta) sfârşitul citirilor

--phred33-quals
cele de intrare sunt Phred+33 (implicit)

--phred64-quals
cele de intrare sunt Phred+64 (la fel ca --solexa1.3-caluri)

--solexa-quals
toate de intrare sunt de la GA Pipeline ver. < 1.3

--solexa1.3-quali
toate de intrare sunt de la GA Pipeline ver. >= 1.3

--intger-quals
calitățile sunt date ca numere întregi separate prin spațiu (nu ASCII)

--indice mare
forțați utilizarea unui indice „mare”, chiar dacă este prezent unul mic

Aliniere:
-v
raportați accesări de la capăt la capăt cu <=v nepotriviri; ignora calitatile

or

-n/--seedmms nepotriviri maxime în semințe (pot fi 0-3, implicit: -n 2)

-e/--maqerr
suma maximă a nepotrivirii quals peste aliniere pentru -n (def.: 70)

-l/--sămânță lungimea semințelor pt -n (implicit: 28)

--nomaqround
dezactivați rotunjirea calității asemănătoare Maq pentru -n (cele mai apropiate 10 <= 30)

-I/--minins
dimensiunea minimă a inserției pentru alinierea la capătul pereche (implicit: 0)

-X/--maxins
dimensiunea maximă a inserției pentru alinierea la capătul pereche (implicit: 250)

--fr/--rf/--ff -1, -2 perechile aliniază fw/rev, rev/fw, fw/fw (implicit: --fr)

--nofw/--norc
nu se aliniază cu firul de referință al complementului înainte/invers

--maxbts
max # de întoarcere pentru -n 2/3 (implicit: 125, 800 pentru --Cel mai bun)

--perechi
max # încercări de a găsi pereche pentru lovirea ancorei (implicit: 100)

-y/--incearca din greu
încercați din greu să găsiți aliniamente valide, în detrimentul vitezei

--bucăți
megaocteți maxim de RAM pentru cele mai bune cadre de căutare (def.: 64)

Raportarea:
-k
raportează până la alinieri bune per citire (implicit: 1)

-a/--toate
raportați toate aliniamentele pe citire (mult mai lent decât scăzut -k)

-m
suprimați toate aliniamentele dacă > există (def.: fără limită)

-M
ca -m, dar raportează 1 lovitură aleatoare (MAPQ=0); cere --Cel mai bun

--Cel mai bun hit-uri garantate cel mai bun strat; legături rupte de calitate

--strate
hit-urile din straturile suboptime nu sunt raportate (necesită --Cel mai bun)

ieșire:
-t/--timp
imprimați timpul de ceas de perete luat de fazele de căutare

-B/--offbase cea mai stângă decalaj ref = în ieșire cu papion (implicit: 0)

--Liniște
nu imprimați nimic altceva decât aliniamentele

--refout
scrieți aliniamente la fișierele refXXXX.map, 1 hartă per referință

--refidx
consultați ref. secvențe prin index bazat pe 0, mai degrabă decât nume

--al
scrieți citiri/perechi aliniate în fișier(e)

--un
scrie citiri/perechi nealiniate în fișier(e)

--max
scrie citirile/perechile peste -m limita la fișiere

--suprima
suprimă coloanele date (delimitate prin virgulă) în ieșirea implicită

--fullref
scrieți numele întregului ref (implicit: doar până la primul spațiu)

Spațiu de culori:
--snpphred
Phred penalizare pentru SNP la decodarea spațiului de culoare (def: 30)

or

--snpfrac
aproximativ fracțiunea bazelor SNP (de ex. 0.001); seturi --snpphred

--col-cseq
imprimați secvențele de spațiu de culoare aliniate ca culori, nu baze decodificate

--col-cqual
imprimare original colorspace quals, nu decodificat quals

--col-ţine
menține nucleotidele la capetele extreme ale alinierii decodificate

Sam:
-S/--sam
scrie hit-uri în format SAM

--mapq
calitate implicită de cartografiere (MAPQ) pentru imprimare pentru aliniamente SAM

--sam-nohead
suprimați liniile de antet (începând cu @) pentru ieșirea SAM

--sam-nosq
suprimați liniile de antet @SQ pentru ieșirea SAM

--sam-RG
adăuga (de obicei „lab=valoare”) la linia @RG din antetul SAM

Performanță:
-o/--offrate override offrate of index; trebuie să fie >= rata indexului

-p/--fire numărul de fire de aliniere de lansat (implicit: 1)

--mm utilizați I/O mapat în memorie pentru index; multe papion pot împărți

--shmem
folosiți meme partajate pentru index; multe papion pot împărți

Alte:
--samanta
sămânță pentru generatorul de numere aleatorii

--verbos
ieșire verbosă (pentru depanare)

--versiune
imprimați informațiile despre versiunea și ieșiți

-h/--Ajutor
tipăriți acest mesaj de utilizare

64 de biți Construit pe lgw01-11 Joi 26 noiembrie 11:11:48 UTC 2015 Compiler: gcc versiunea 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opțiuni: -O3 -Wl,--hash-style=ambele -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-puternic -Wformat -Eroare=format-securitate -g -O2 -fstack-protector-puternic
-Wformat -Eroare=format-securitate -Wl,-Funcții-simbolice -Wl,-z,relro Sizeof {int, long,
lung lung, gol*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

Folosește papion online folosind serviciile onworks.net