Aceasta este comanda bp_flanksp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bp_flanks - găsirea secvențelor de flancare pentru o variantă într-o poziție de secvență
REZUMAT
bp_flanks --position POS [-p POS ...] [--flanklen INT]
aderare | nume de fișier
DESCRIERE
Acest script vă permite să extrageți o subsecvență în jurul unei regiuni de interes dintr-un
secvența existentă. Ieșirea dacă este o intrare de secvență formatată rapid unde linia antetului
conține informații suplimentare despre locație.
OPŢIUNI
Scriptul preia un argument fără nume, care poate fi fie un nume de fișier în sistemul de fișiere local
sau un număr de acces al secvenței de nucleotide.
-p Poziția utilizează un tabel simplu de caracteristici a secvenței de nucleotide
--notație de poziție pentru a defini regiunea de interes, de obicei a
Se repetă SNP sau microsatelit în jurul căruia se află flancurile
definit.
Pot exista mai multe opțiuni de poziție sau puteți
dați o listă separată prin virgulă unei opțiuni de poziție.
Formatul unei poziții este:
[id:] int | gama | intre [-]
Id-ul opțional este numele pe care doriți să-l apelați noul
secvenţă. Dacă nu este dat în se unește numărul de rulare la
numele intrării cu un caracter de subliniere.
Poziția este fie un punct (de ex. 234), un interval (de ex
250..300) sau punct de inserare între nucleotide
(de ex. 234^235)
Dacă poziţia nu se află complet în sursă
secvență secvența de ieșire va fi trunchiată și aceasta
va imprima un avertisment.
Cratima opțională [-] de la sfârșitul poziției
indică faptul că doriți ca secvența preluată să fie
în firul opus.
-f Implicit la 100. Aceasta este lungimea nucleotidelor
--secvență de flancuri recuperată de ambele părți ale poziției date.
Dacă fișierul sursă nu conține
REZULTATE FORMAT
Ieșirea este o intrare formatată fasta în care fișierul de descriere conține perechi tag=valoare
pentru informații despre locul în care a fost luată secvența inițială.
ID-ul intrării fasta este numele dat la linia de comandă alăturată prin cratimă la
numele fișierului sau accesarea secvenței sursă. Dacă nu se dă nici un id o serie de consequtive
se utilizează numere întregi.
Perechile tag=valoare sunt:
oripos=int
poziție în fișierul sursă
fir=1|-1
catenă a secvenței în comparație cu secvența sursă
allelepos=int
poziţia regiunii de interes în intrarea curentă. Eticheta este aceeași cu cea folosită
de dbSNP@NCBI
Secvența evidențiază poziția variantei alelei arătând-o cu majuscule și repaus
a secvenței cu litere mici.
EXEMPLU
% bp_flancuri ~/seq/ar.embl
>1_/HOME/HEIKKI/SEQ/AR.EMBL oripos=100 strand=1 alelepos=100
taataactcagttcttatttgcacctacttcagtggacactgaatttggaaggtggagga
ttttgtttttttcttttaagatctgggcatcttttgaatCtacccttcaagtattaagag
acagactgtgagcctagcagggcagatcttgtccaccgtgtgtcttcttctgcacgagac
tttgaggctgtcagagcgct
TOATE
Se presupune că fișierele de intrare sunt în format EMBL și secvențele sunt preluate numai din
baza de date EMB. Faceți acest lucru mai generic și utilizați registry.
head1 FEEDBACK
Mailing liste
Feedback-ul utilizatorilor este o parte integrantă a evoluției acestui și a altor module Bioperl. Trimite
comentariile și sugestiile dumneavoastră de preferință către listele de corespondență Bioperl Participarea dumneavoastră
este mult apreciat.
[e-mail protejat] - Discutie generala
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Despre listele de corespondență
Raportarea Bugs
Raportați erorile către sistemul de urmărire a erorilor Bioperl pentru a ne ajuta să ținem evidența erorilor și a acestora
rezoluţie. Rapoartele de erori pot fi trimise prin intermediul web:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTOR - heikki Lehvaslaiho
E-mail:
Utilizați bp_flanksp online folosind serviciile onworks.net
