Aceasta este comanda bp_sreformatp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bpsreformat - convertiți formatele de secvențe
DESCRIERE
Acest script folosește sistemul SeqIO care permite fie conversia formatelor de secvențe
date de secvență sau date de aliniere a secvenței multiple. Numele vine de la faptul că Sean
Programul sreformat al lui Eddy (parte a pachetului HMMER) face deja acest lucru. Programul lui Sean încearcă
pentru a ghici formatele de intrare în timp ce în codul nostru, în prezent, vă solicităm să specificați ce
formatele de intrare și de ieșire sunt și dacă datele sunt dintr-o aliniere a secvenței multiple sau de la
fișiere cu secvențe drepte.
Utilizare:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o output.FORMAT
-h/--help Imprimă acest ajutor
-if/--informat Specificați formatul de intrare
-of/--outformat Specificați formatul de ieșire
-i/--input Specificați numele fișierului de intrare
(pentru a transmite date despre STDIN utilizați semnul minus ca nume de fișier)
-o/--output Specificați numele fișierului de ieșire
(pentru a transmite date pe STDOUT utilizați semnul minus ca nume de fișier)
--msa Specificați că acestea sunt date de aliniere a secvenței multiple
--special Va transmite parametri speciali către AlignIO/SeqIO
obiect -- cele mai multe dintre acestea sunt pentru obiecte Bio::AlignIO
Lista de următoarele, separată prin virgulă
nointerleaved -- pentru formatul phylip, non-interleaved
idlinebreak -- pentru phylip, îl face format molphy
procente -- pentru clustalw, afișați % id pe linie
Utilizați bp_sreformatp online folosind serviciile onworks.net