Aceasta este comanda checktranse care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
checktrans - Raportează codoni STOP și statistici ORF ale unei proteine
REZUMAT
checktrans -secvenţă seqall -orfml întreg [-addlast boolean] -outfile outfile
-outseq seqoutall -înfrângerea featout
checktrans -Ajutor
DESCRIERE
checktrans este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din comanda „Nucleic:Gene finding,Nucleic:Translation”.
grup(e).
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secvenţă seqall
Necesar secțiune
-orfml întreg
Valoare implicită: 100
Suplimentar secțiune
-addlast boolean
Un asterisc în secvența proteinei indică poziția unui codon STOP. Checktrans
presupune că toate ORF-urile se termină într-un codon STOP. Forțarea secvenței să se termine cu un
asterisc, dacă nu există deja unul acolo, face ca checktrans să trateze finalul ca a
potențial ORF. Dacă se adaugă un asterisc, acesta nu este inclus în numărul raportat de
OPRIRE. Valoarea implicită: Y
producție secțiune
-outfile outfile
-outseq seqoutall
Fișier de secvență pentru a păstra secvențele ORF de ieșire
-înfrângerea featout
Fișier pentru caracteristicile de ieșire
Utilizați checktranse online folosind serviciile onworks.net
