Aceasta este comanda ClonalFrame care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
ClonalFrame - deducerea microevoluției bacteriene folosind datele secvenței multilocus
REZUMAT
ClonalFrame [OPȚIUNI] fișier de intrare fișier de ieșire
DESCRIERE
ClonalFrame identifică relațiile clonale dintre membrii unui eșantion, în timp ce
de asemenea estimarea poziţiei cromozomiale a evenimentelor de recombinare omoloagă care au
a perturbat moștenirea clonală.
Opțiuni:
-x NUM Setează numărul de iterații după burn-in (implicit este 50000)
-y NUM Setează numărul de iterații burn-in (implicit este 50000)
-z NUM Setează numărul de iterații între mostre (implicit este 100)
-e NUM Setează numărul de mișcări de schimb de ramuri pe iterații (implicit este astfel încât jumătate din
timpul petrecut schimbând sucursale)
-m NUM Setează valoarea inițială a teta la NUM (implicit este estimarea Watterson)
-d NUM Setează valoarea inițială a delta la NUM (implicit este 0.001)
-n NUM Setează valoarea inițială a lui nu la NUM (implicit este 0.01)
-r NUM Setează valoarea inițială a lui R la NUM (implicit este inițial theta/10)
-M Actualizați valoarea theta
-D Nu actualizați valoarea delta
-N Nu actualizați valoarea lui nu
-R Nu actualizați valoarea lui R
-T Nu actualizați topologia
-A Nu actualizați vârstele nodurilor
-G Îndepărtați toate golurile
-H Îndepărtați toate golurile din pozițiile nepolimorfe
-t NUM Indicați ce arbore inițial să utilizați: 0 pentru un arbore nul, 1 pentru un arbore ales uniform
arbore coalescent și 2 pentru arborele UPGMA (implicit)
-w FILE
Utilizați fișierul Newick pentru arborele inițial
-a NUM Setează primul parametru al distribuției anterioare beta a lui nu
-b NUM Setează al doilea parametru al distribuției anterioare beta a nu
-U Utilizați priorități uniforme pentru rho, theta și delta
-B Rulați în modul BURST
-C Rulați în modul UPGMA cu o procedură de bootstrap site-cu-site
-c Rulați în modul UPGMA cu o procedură de bootstrap fragment cu fragment
-S NUM Setează semințele pentru generatorul de numere aleatorii la NUM
-E NUM Setează rata de creștere exponențială (implicit este 0)
-I Ignoră primul bloc din aliniere
-L Curățați alinierea înainte de a rula ClonalFrame
-l Distanța minimă dintre două locuri de referință (implicit este 50)
-v Mod verbos
Utilizați ClonalFrame online folosind serviciile onworks.net
