cmfetch - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

cmfetch - preluați modelele de covarianță dintr-un fișier

REZUMAT

cmfetch [Opțiuni]
(preluează CM numit )

cmfetch -f [Opțiuni]
(preluează toate CM-urile enumerate în )

cmfetch --index [Opțiuni]
(indexuri pentru preluare)

DESCRIERE

Preia unul sau mai multe CM-uri de la un (o bază de date Rfam mare, de exemplu).

Pentru a permite recuperarea foarte rapidă, indexați în primul rând, folosind cmfetch --index. Indicele
este un fișier binar numit .ssi.

Modul implicit este de a prelua un singur CM după nume sau acces, numit . Pentru
exemplu:

% cmfetch Rfam.cm ARNt
% cmfetch Rfam.cm RF00005

Cu -f opțiune, a în schimb, este citită o listă cu una sau mai multe chei.
Primul câmp delimitat de spații albe de pe fiecare linie fără comentarii care nu este goală din
este folosit ca , și orice date rămase pe linie sunt ignorate. Acest lucru permite o varietate
de fișiere de date delimitate de spații albe pentru a fi utilizate ca s.

Atunci când se utilizează -f și , if a fost indexat, cheile sunt preluate în
ordinea în care apar în , dar dacă nu este indexat, cheile sunt preluate în
ordinea în care apar în . Acesta este un efect secundar al unei implementări care
permite preluarea mai multor chei chiar dacă este un flux nerebobinabil, cum ar fi
o conductă de intrare standard.

În utilizare normală (fără --index or -f Opțiuni), poate fi „-” (liniuță), ceea ce înseamnă
citire intrare de la stdin mai degrabă decât un dosar. Cu --index opțiune, S-ar putea să nu fie
'-'; nu are sens să indexezi un flux de intrare standard. Cu -f opțiune, fie
or (dar nu ambele) poate fi „-”. Este adesea deosebit de util să citiți
de la intrarea standard, deoarece aceasta permite utilizarea unei linii de comandă arbitrare
invocări pentru a crea o listă de nume sau aderări CM, apoi aduceți-le pe toate într-un fișier nou,
doar cu o singură comandă.

În mod implicit, CM este tipărit la ieșire standard în format Infernal-1.1.

OPŢIUNI

-h Ajutor; imprimați un scurt memento cu privire la utilizarea liniei de comandă și toate opțiunile disponibile.

-f Al doilea argument de linie de comandă este a în loc de un singur .
primul câmp de pe fiecare linie a este folosit ca o recuperare (un nume CM
sau aderare). Liniile goale și liniile de comentariu (care încep cu un caracter #) sunt
ignorat.

-o Ieșiți CM(uri) în fișier în loc de la ieșirea standard.

-O Ieșiți CM(uri) în fișierele individuale numite în loc de ieșire standard. Cu
-f opțiunea, acest lucru poate duce la crearea multor fișiere.

--index
În loc să preluați unul sau mai multe profiluri de la , indexați pentru
recuperări viitoare. Aceasta creează o .ssi fișier index binar.

Utilizați cmfetch online folosind serviciile onworks.net