cmtk-detect_adni_phantom - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

detect_adni_phantom - Detectează reperele fantomă ADNI în imaginea fantomă

REZUMAT

detect_adni_phantom InputImage OutputXML

DESCRIERE

Acest instrument detectează locațiile tuturor reperelor sferice dintr-o imagine 3D a Magphan
Fantomă de imagistică structurală EMR051 (alias ADNI Phantom).

OPŢIUNI

Caritate Setul de instrumente Opţiuni (aceste sunt comun by toate CMTK instrumente)
--Ajutor
Scrieți lista cu opțiunile de bază ale liniei de comandă la ieșirea standard.

--ajută-toți
Scrieți lista completă a opțiunilor de linie de comandă de bază și avansate la ieșirea standard.

--wiki
Scrieți lista de opțiuni de linie de comandă la ieșirea standard în marcajul MediaWiki.

--om
Scrieți sursa paginii de manual în marcajul „nroff” la ieșirea standard.

--versiune
Scrieți versiunea setului de instrumente în ieșirea standard.

--ecou
Scrieți linia de comandă curentă la ieșirea standard.

--nivel-verbos
Setați nivelul de verbozitate.

--verbos, -v
Creșteți nivelul de verbozitate cu 1 (învechit; acceptat pentru compatibilitate cu versiunea anterioară).

--fire
Setați numărul maxim de fire paralele (pentru fire POSIX și OpenMP).

Fantomă Detectare Opţiuni
--tolerant
Fiți tolerant cu probleme precum sferele marker parțial trunchiate. Acesta ar trebui folosit
cu prudență numai atunci când este necesar și rezultă atât imaginea fantomă, cât și detectarea
ar trebui să fie inspectate cu atenție pentru a identifica sursa problemelor de detectare și a verifica
rezultate de încredere.

--orice-orientare
Nu presupuneți orientarea standard a fantomei, adică permiteți scanarea fantomelor
cu susul în jos. Acest lucru face ca detectarea fantomelor defecte să fie mai puțin robustă.

--fallback-cnr-centroid
Forțați o rezervă pentru a utiliza centroidul sferelor CNR mai degrabă decât centrul sferei SNR pentru
orientare initiala. Acesta poate fi folosit atunci când, de exemplu, sfera SNR s-a rupt
oprit, dar este poziționat într-un mod care să nu declanșeze retragerea automată.

--erode-snr
Erodați sfera SNR cu această distanță înainte de a calcula estimarea SNR. [Mod implicit: 10]

--erode-cnr
Erodați fiecare sferă CNR cu această distanță înainte de a calcula estimarea CNR. [Mod implicit: 5]

--refine-xform
Rafinați transformarea afină estimată după adăugarea fiecărui reper nou.

--rafinare-outliers
Rafinați reperele aberante pe baza transformării estimate după prima sferă
trecere de detectare.

--exclude-outliers
Excludeți reperele aberante înainte de a adapta transformările finale.

--fără-bias-sfere-corecte
Dezactivați corecția câmpului de polarizare a intensității pentru fiecare sferă detectată. Acest lucru va fi probabil
reduce acuratețea estimărilor SNR/CNR și afectează, de asemenea, acuratețea localizării mai mici
sfere, dar poate fi de ajutor în cazuri extreme în care corectarea părtinirii eșuează complet.

producție Opţiuni
--scrie-etichete
Calea imaginii etichetei de ieșire. Această imagine conține masca sferelor detectate, fiecare
etichetate unic în ordinea lor în tabelul fiducial fantomă ADNI al CMTK. [Mod implicit:
NICI UNUL]

--scrie-rigid
Calea de ieșire pentru transformarea rigidă montată din spațiul fantomă în imaginea RAS
spațiu standard. Această transformare definește unde ar trebui să fie fiecare sferă în imagine.
[Mod implicit: NICI UNUL]

--scrie-afin
Calea de ieșire pentru transformarea afină adaptată din spațiul fantomă în imaginea RAS
spațiu standard. Aceasta este cea mai apropiată transformare liniară și, ca atare, aceasta
include componente de scară și forfecare care nu sunt prezente în transformările rigide montate.
Deoarece aceste componente se datorează calibrării greșite și distorsiunii scanerului, aceasta
transformarea NU specifică locațiile corecte ale sferelor din imagine, dar
mai degrabă, permite cuantificarea calibrării greșite a scalei. [Mod implicit: NICI UNUL]

AUTORI

Torsten Rohlfing, cu contribuții de la Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff și Yaroslav Halchenko

Utilizați cmtk-detect_adni_phantom online folosind serviciile onworks.net