cmtk - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

cmtk - Setul de instrumente pentru morfometrie computațională

REZUMAT

cmtk [Opțiuni]

DESCRIERE

Acest script de ajutor oferă un acces unificat la toate instrumentele din linia de comandă furnizate de CMTK.
Vă rugăm să specificați comanda CMTK de rulat și opțiunile acesteia. Vedea cmtk- (1) pagina de manual sau
ieșire din cmtk --Ajutor pentru opțiuni specifice

COMANDE

asegment
Înregistrați o imagine țintă într-un atlas, folosind afine urmate de B-spline nerigid
înregistrare, apoi reformatați harta etichetei atlas la imaginea țintă.

asegment_sri24
Apoi, înregistrați o imagine țintă pe un canal selectat al atlasului creierului uman SRI24
reformatați una dintre hărțile etichetelor atlas la imaginea țintă. Notă: se presupune că
imaginea țintă este decupată de craniu, adică conține doar creierul.

mediu_afin
Acest instrument calculează media unei secvențe de coordonate afine furnizate de utilizator
transformări.

imagini_medie
Acest instrument calculează media pixelilor, varianța, abaterea standard, scorul z sau
imagini de entropie dintr-o listă de imagini de intensitate furnizate de utilizator.

etichete_medie
Imagini medii de etichete co-înregistrate folosind volume parțiale

avg_adm
Calculați imagini de formă medie cu intensitate medie și hărți de deformare folosind un activ
model de deformare.

concat_affine
Acest instrument calculează concatenarea explicită a mai multor coordonate afine
transformări, fiecare dintre acestea putând fi opțional inversată.

convert_warp
Acest instrument convertește coordonatele de deformare în format liber B-spline nerigide
transformări între diferite reprezentări (de exemplu, absolut vs. relativ
vectori). De asemenea, creează transformări fracționale.

convertx
Acest instrument convertește între formate de fișiere imagine și tipuri de date pixeli. Se poate aplica și
operații de imagine simple, de uz general, în proces. Un număr arbitrar de
operațiunile pot fi specificate pe linia de comandă, care va fi aplicată exact în
ordin dat.

dbtool
Acest instrument modifică și interogează baza de date de imagini și transformări între
Le.

dcm2image
Combinați seturi de felii DICOM cu stive de imagini 3D

descrie
Acest instrument imprimă o descriere detaliată a fișierelor de intrare fie ca imagine(e) fie
transformare(e).

destripa
Acest program corectează artefactele de dungi din stivele de imagini achiziționate care pot rezulta din
diferențele de scară de intensitate între felii.

detect_adni_phantom
Acest instrument detectează locațiile tuturor reperelor sferice într-o imagine 3D a
Fantomă de imagistică structurală Magphan EMR051 (alias ADNI Phantom).

detect_spheres_matched_filter
Acest instrument detectează obiecte sferice în imagini tridimensionale.

dof2mat
Convertiți transformarea afină din reprezentarea gradelor de libertate în formă matriceală

dwi_mask_bad_slices
Acest instrument citește un set de imagini MR ponderate cu difuzie 3D și găsește felii proaste. Un rau
secțiunea într-o imagine de difuzie este detectată ca una a cărei intensitate medie este în afara a
interval specificat în jurul valorii medii a tuturor secțiunilor corespunzătoare din
imagini de difuzie rămase.

epiunwarp
Corectați distorsiunea indusă de neomogenitatea câmpului B0 în imaginile Echo Planare (de exemplu,
imagini ponderate prin difuzie) folosind două imagini dobândite cu codificare în fază opusa
direcții.

fib2image
Rezultatele de urmărire a fibrelor de la instrumentul de urmărire a fibrelor UNC sunt citite din Intrarea standard
și toate punctele de fibre sunt desenate într-o imagine 3D. Rezultatul este scris într-unul dintre
formate de fișiere imagine acceptate.

fibxform
Din care este citit un fișier cu rezultate de urmărire a fibrelor din instrumentul de urmărire a fibrelor UNC
Se aplică intrarea standard și una sau mai multe transformări de coordonate (concatenate).
la toate coordonatele punctului de fibre. Rezultatul este scris în Standard Output, din nou în
Format de fișier fibră UNC.

film Acest instrument împarte o imagine de intrare intercalată în imaginile de trecere, le co-înregistrează,
și reconstruiește o imagine corectată de mișcare

filtru
Acest instrument aplică operatori de filtrare spațială, inclusiv cei sensibili la conținut
operatorii, bazați pe nuclee selective gaussiene.

fit_affine_dfield
Potriviți o transformare liniară afină la o transformare nerigidă, fie o B-spline
deformare în formă liberă sau un câmp de deformare neparametric.

fit_affine_xform
Potriviți o transformare liniară afină la o listă de concatenate, opțional inversate,
transformări.

fit_affine_xform_landmarks
Potriviți o transformare liniară afină la un set de repere potrivite.

fit_spline_dfield
Potriviți o transformare parametrică nerigidă (deformare în formă liberă B-spline) la a
câmp de deformare

fit_spline_xform
Potriviți o transformare parametrică nerigidă (deformare în formă liberă B-spline) la o listă
de transformări concatenate, opțional inversate.

vizualizare

geopotrivire
Acest instrument citește două sau mai multe imagini și testează dacă dimensiunile grilei lor, pixeli
dimensiunile și transformările imagine-în spațiu se potrivesc. Opțional, toate imaginile sunt
reorientat în orientare standard înainte de efectuarea testului. Dacă toate imaginile se potrivesc,
instrumentul revine cu codul de ieșire 0, în caz contrar se întoarce cu codul de ieșire 2. În caz de
o eroare (de exemplu, una dintre imagini nu poate fi citită), codul de ieșire este 1.

glm Modelarea statistică a intensităților pixelilor în mai multe imagini folosind un liniar general
Modelul.

hmm Segmentează o imagine în clase c folosind algoritmul EM pentru amestecuri gaussiene cu
priori opționali.

gregxform
ACEST INSTRUMENT ESTE DEPRECAT. VA ROG UTILIZAȚI streamxform ÎN LOC.

groupwise_afine
Acest instrument înregistrează o populație de imagini de intrare simultan, fără un șablon,
folosind fie algoritmul de „congelare”, fie o măsură de similaritate pe grup, bazată pe a
aproximarea continuă a informațiilor reciproce („RMI”).

groupwise_init
Calculați alinierea afină inițială pentru un grup de imagini de intrare, care pot fi utilizate ca un
intrare pentru înregistrarea grupului

deformare_grup
Acest instrument înregistrează nerigid o populație de imagini de intrare simultan, fără a
șablon, folosind fie algoritmul de „congelare”, fie o măsură de similitudine la nivel de grup
bazată pe o aproximare continuă a informațiilor reciproce („RMI”).

hausdorff
Acest instrument calculează distanța Hausdorff dintre două imagini de etichetă.

histograma
Creați o histogramă a intensităților imaginii și scrieți ca fișier text separat prin tabulatori
ieșire standard

matematica imaginii
Efectuați operațiuni pe imagini folosind notația postfix bazată pe stivă.

felii_rele_interleaved
Acest instrument citește o serie temporală de imagini 3D și detectează valori aberante.

medierea_formei_iterative

jidb Acest instrument împarte o imagine de intrare intercalată în imaginile de trecere, le co-înregistrează,
și reconstruiește o imagine corectată de mișcare

set de niveluri
Segmentarea de tip Levelset a prim-planului/fondului folosind variația regională minimă
energie

lmsba
Acest instrument combină mai multe segmente multi-clasă de la co-înregistrate și
atlase reformatate folosind o medie bazată pe formă ponderată local.

lsba Acest instrument combină mai multe segmentări binare de la co-înregistrat și reformatat
atlase folosind o medie bazată pe formă ponderată local.

lvot
Acest instrument combină mai multe segmentări pentru atlasele co-înregistrate și reformatate
folosind votul ponderat local.

make_initial_affine
Calculați transformarea afină inițială prin alinierea centrelor de masă sau a axelor principale

mat2dof
Convertiți matricea de transformare în grade de libertate

mcaffine
Înregistrarea imaginilor afine pe mai multe canale folosind histogramă sau covarianță
măsuri comune de entropie

mcwarp
Înregistrarea imaginii B-spline nerigide multicanal folosind histogramă sau
măsuri de entropie comună bazate pe covarianță

mk_adni_phantom
Generați imaginea fantomei de calibrare a imaginii structurale ADNI (alias Magphan
EMR051).

mk_analyze_hdr
Faceți fișierul antet conform formatului Analzye 7.5 pe baza parametrilor furnizați de utilizator pentru
geometrie, tip de date, orientare etc.

mk_nifti_hdr
Creați fișierul antet conform formatului de fișier NIFTI pe baza parametrilor furnizați de utilizator pentru
geometrie, tip de date, orientare etc.

mk_phantom_3d
Generați imagini fantomă digitale 3D utilizând o selecție de comenzi de desen

mrbias
Acest program corectează artefactele de neomogenitate a intensității în imaginile RM folosind o părtinire
câmp estimat prin minimizarea entropiei.

suprapune
Calculați măsurile de suprapunere între două sau mai multe imagini

sondă
Acest instrument imprimă valori de pixeli sau etichete simbolice pe o listă de imagini furnizate de utilizator
coordonate.

pxsearch
Acest instrument citește un fișier imagine, precum și o listă de coordonate pixeli din standard
intrare. Pentru fiecare pixel, se caută un cartier local din imagine
valoare maximă. Locația maximului este apoi scrisă în ieșirea standard.

reformatx
Instrument de reformat volum extins pentru a calcula imagini reformatate și hărți jacobiene din
secvențe arbitrare de transformări concatenate

înregistrare
Acest program realizează înregistrarea rigidă și afină a imaginii folosind multi-rezoluție
optimizarea măsurilor de similitudine a imaginilor bazate pe voxel.

înregistrarex
Acest program realizează înregistrarea rigidă și afină a imaginii folosind multi-rezoluție
optimizarea măsurilor de similitudine a imaginilor bazate pe voxel.

regres
Regresia liniară (și polinomială de ordin superior) a câmpurilor și imaginilor de deformare.

reorientează
Convertiți între orientările imaginii, adică reordonați fizic matricea de pixeli și adaptați
informații de orientare anatomică stocate

ASB Segmentări medii (câmpuri de etichetă) folosind transformarea distanței euclidiane. Toate
imaginile de intrare trebuie să fie în același spațiu. EDT este calculat și în acest spațiu. Vedea
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 pentru detalii despre algoritmul de bază.

Sbai Segmentări medii (câmpuri de etichetă) folosind transformarea distanței euclidiane. Acest
Instrumentul efectuează interpolarea comună și media prin interpolarea din EDT. Acest
necesită ca intrările să fie transformări din același fix în (nu neapărat)
diferite imagini în mișcare. Calculul EDT se face în spațiul fiecărei imagini în mișcare.
Vedea http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 pentru detalii despre subiacent
algoritm.

secvenţă
Analizați secvența de valori numerice, care este citită din intrarea standard

similitudine
Calculați măsuri de similaritate, cum ar fi diferența de intensitate sau suprapunerile de etichete
două imagini.

împărţi
Împărțiți imaginea de volum în sub-imagini, adică pentru a separa imaginile intercalate în treceri

statistică
Calcule statistice privind intensitățile pixelilor imaginii, adică medii și standard
abateri

stream_pixels
Acest instrument citește una sau mai multe imagini și scrie toți pixelii acestora la ieșirea standard în
formă binară. Opțional, fiecare imagine poate fi reorientată la un anumit anatomic
orientare și/sau convertit la un alt tip de date. Acest lucru este util pentru conducte
date de imagine printr-o conductă, de exemplu, setul de instrumente Camino DTI.

streamxform
O listă de coordonate punct în format ASCII este citită de la intrarea standard și un utilizator
se aplică secvența de transformări de coordonate (fiecare opțional inversată).
lor. Punctele transformate sunt apoi scrise la ieșirea standard.

simpl
Calculați planul de simetrie aproximativ al unei imagini pentru a determina, de exemplu,
planul sagital mediu în imaginile creierului uman. Sunt acceptate diferite forme de ieșire,
de exemplu, scrierea imaginii de intrare cu planul de simetrie desenat în ea, sau intrarea
imagine realiniată de-a lungul planului de simetrie.

simplx
Calculați planul de simetrie aproximativ al unei imagini pentru a determina, de exemplu,
planul sagital mediu în imaginile creierului uman. Sunt acceptate diferite forme de ieșire,
de exemplu, scrierea imaginii de intrare cu planul de simetrie desenat în ea, sau intrarea
imagine realiniată de-a lungul planului de simetrie.

test
Teste pixeli de semnificație statistică. De asemenea, calculați corelațiile și scorurile z

nedespărțit
Uniți stive de imagini separate într-un singur volum de imagine intercalată

unwarp_image_phantom
Acest instrument calculează fie o transformare polinomială, fie o formă liberă B-spline
deformare pentru a deforma o imagine. Transformarea se bazează pe așteptat și detectat
repere într-o imagine a unei fantome structurale dobândite pe același scaner. Folosește
Instrumentul „detect_adni_phantom” pentru a detecta repere ale ADNI Phantom într-o imagine și
generați un fișier de descriere fantomă potrivit pentru utilizarea cu acest instrument.

vol2csv
Acest instrument calculează volumele regiunilor dintr-o imagine de etichetă. Opțional acceptă
hărți de densitate (de exemplu, pentru diferite țesuturi) și calculează și imprimă per-regiune
continut pentru fiecare. De asemenea, instrumentul poate accepta o hartă opțională „volum de pixeli” pentru a da cont
pentru variațiile locale ale volumului pixelilor, de exemplu, din cauza distorsiunii spațiale.

volum_injectie
Reconstruiți un volum de înaltă rezoluție din mai multe co-înregistrate (rezoluție joasă)
imagini folosind injecția de volum înainte

volum_reconstrucție
Reconstrucție iterativă a volumului din imagini co-înregistrate folosind interpolare inversă
sau declararea articulațiilor

vtkxform
Un fișier VTK în format ASCII este citit de la intrarea standard și o coordonată furnizată de utilizator
transformarea (opțional inversată) se aplică coordonatelor vârfurilor. Un VTK
fișierul cu punctele transformate este apoi scris în ieșirea standard.

urzeală Acest program realizează înregistrarea nerigidă a imaginii utilizând optimizarea cu rezoluție multiplă
de măsuri de similitudine a imaginilor bazate pe voxel și un B-spline cu rezoluție multiplă
model de transformare.

warp2ps
Scrieți câmpul de deformare ca grilă deformată în format PostScript pentru vizualizare și
ilustrare

warpx
Acest program realizează înregistrarea nerigidă a imaginii utilizând optimizarea cu rezoluție multiplă
de măsuri de similitudine a imaginilor bazate pe voxel și un B-spline cu rezoluție multiplă
model de transformare.

xform2dfield
Convertiți transformarea parametrică rigidă sau nerigidă în câmp de deformare, eșantionat la
locațiile pixelilor unei imagini de referință date

xform2itk
Acest instrument convertește transformările de coordonate din formatul CMTK în formatul ITK și, în
procesul, corectează și diferențele dintre convențiile de coordonate ale imaginii

xform2scalar
Acest instrument extrage măsuri scalare din transformări și câmpuri de deformare,
prelevate în locații ale grilei și scrie rezultatele într-o imagine. Exemple de suportate
Măsurile scalare sunt: ​​x,y,z componenta transformării, mărimea lui
transformare și determinanți jacobieni.

AUTORI

Torsten Rohlfing, cu contribuții de la Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff și Yaroslav Halchenko

Utilizați cmtk online folosind serviciile onworks.net