combineMUMs - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mummer - pachet pentru alinierea secvenței mai multor genomi

REZUMAT

mummer-anotare
combineMUM-uri
dnadiff [Opțiuni]sau [opțiuni]-d<deltadosar>
exacte-tandemuri
lacune
vizualizarea hartii [Opțiuni]<coordsdosar>[UTRcoordonate][CDScoordonate]
mgaps [-d][-f][-l][-s]
comediant [Opțiuni]
mummerplot [Opțiuni]<potriviredosar>
numer [Opțiuni]
numer2xfig
promer [Opțiuni]
repetare-potrivire [Opțiuni]
alerga-mummer1 <fastareferință><fastainterogare>[-r]
alerga-mummer3 <fastareferință><multi-fastainterogare>
arată-aliniază [Opțiuni]<refID><qryID>

Intrarea este ieșirea .delta a programului „nucmer” sau „promer” transmis pe
Linie de comanda.

Ieșirea este la stdout și constă din toate aliniamentele dintre interogare și referință
secvențe identificate pe linia de comandă.

NOTĂ: Nu se face nicio sortare în mod implicit, prin urmare aliniamentele vor fi ordonate așa cum se găsesc în
cel intrare.
show-coords [Opțiuni]
show-snps [Opțiuni]
show-tiling [Opțiuni]

DESCRIERE

OPŢIUNI

Toate instrumentele (cu excepția golurilor) respectă opțiunile -h, --help, -V și --version așa cum ar fi
aştepta. Acest ajutor este excelent și face aceste pagini de manual practic învechite.
combineMUM-uri Combină MUM-urile în prin extinderea meciurilor în afara capetelor și între MUM.
este un fișier fasta al secvenței de referință. este un multi-
fișier fasta al secvențelor potrivite cu referința

-D Ieșire numai pentru a elimina pozițiile diferite
si personaje
-n Permite potriviri numai între nucleotide, adică ACGT-uri
-N num Meciuri de pauză la sau mai multe non-ACGT consecutive
Etichetă -q Folosită pentru a eticheta potrivirea interogării
-r tag Folosit pentru a eticheta potrivirea referințelor
-S Ieșire toate diferențele în șiruri
-t Interogarea etichetă se potrivește cu antetul interogării fasta
-v num Setează nivelul de probă pentru ieșire suplimentară
-W fișier Resetați numele fișierului de ieșire implicit cu errors.gaps
-x Nu scoateți fișiere .cover
-e Setați limitarea ratei de eroare la e (de exemplu, 0.02 este două procente)
dnadiff Rulați analiza comparativă a două seturi de secvențe folosind nucmer și asociatul acestuia
utilitare cu parametrii recomandați. Consultați documentația MUMmer pentru mai multe detalii
descrierea ieșirii. Produce următoarele fișiere de ieșire:

.raport - Rezumatul aliniamentelor, diferențelor și SNP-urilor
.delta - Ieșire standard de aliniere a numărului
.1delta - aliniere 1-la-1 de la filtru-delta -1
.mdelta - alinierea M-la-M din delta-filter -m
.1coords - coordonate 1-la-1 din show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - coordonatele M-la-M din show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP-uri din show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Puncte de întrerupere ref clasificate din show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Puncte de întrerupere qry clasificate din show-diff -qH .mdelta
.unref - ID-uri și lungimi de referință nealiniate (dacă este cazul)
.unqry - ID-uri și lungimi de interogare nealiniate (dacă este cazul)

OBLIGATORIU:
reference Setați referința de intrare nume de fișier multi-FASTA
interogare Setați interogarea de intrare nume de fișier multi-FASTA
or
fișier delta Fișier de aliniere .delta nefiltrat de la nucmer

OPȚIUNI:
-d|delta Furnizează un fișier delta precalculat pentru analiză
-h
--help Afișează informații de ajutor și ieși
-p|prefix Setează prefixul fișierelor de ieșire (implicit „out”)
-V
--version Afișează informațiile despre versiune și ieși

vizualizarea hartii
-h
--help Afișează informații de ajutor și ieși
-m|mag Setează mărirea la care este redată figura,
aceasta este o opțiune pentru fig2dev care este folosită pentru a genera
fișierele PDF și PS (implicit 1.0)
-n|num Setează numărul de fișiere de ieșire utilizate pentru partiția
ieșire, aceasta este pentru a evita generarea de fișiere care sunt de asemenea
mare pentru afișare (implicit 10)
-p|prefix Setează prefixul fișierului de ieșire
(implicit „PROMER_graph sau NUCMER_graph”)
-v
--verbose Înregistrare verbală a fișierelor procesate
-V
--version Afișează informațiile despre versiune și ieși
-x1 coord Setați limita inferioară de coordonate a afișajului
-x2 coord Setați limita superioară de coordonate a afișajului
-g|ref Dacă fișierul de intrare este furnizat de „mgaps”, setați
ID-ul secvenței de referință (așa cum apare în prima coloană
din fișierul de coords UTR/CDS)
-I Afișează numele secvențelor de interogare
-I Afișează numele genelor de referință
comediant Găsiți și scoateți (la stdout) pozițiile și lungimea tuturor suficient de lungi
potriviri maxime ale unui subșir în și

-mum calculează potrivirile maxime care sunt unice în ambele secvențe
-mumcand la fel ca -mumreference
-mumreference calculează potrivirile maxime care sunt unice în
secvența de referință, dar nu neapărat în secvența de interogare
(Implicit)
-maxmatch calculează toate potrivirile maxime, indiferent de unicitatea lor
-n se potrivește numai cu caracterele a, c, g sau t
pot fi cu litere mari sau mici
-am stabilit lungimea minimă a unui meci
dacă nu este setată, valoarea implicită este 20
-b calculează potrivirile complementare înainte și inversă
-r calculează doar potrivirile de complement invers
-s arată subșirurile care se potrivesc
-c raportează poziția de interogare a unei potriviri de complement invers
raportat la secvența de interogare inițială
-F forță formatul de ieșire pe 4 coloane, indiferent de numărul de
intrări ale secvenței de referință
-L arată lungimea secvențelor de interogare pe linia antetului
nuncmer
nucmer generează aliniamente de nucleotide între două intrări mutli-FASTA
fișiere. Sunt generate două fișiere de ieșire. Listele de fișiere de ieșire .cluster
grupuri de potriviri între fiecare secvență. Fișierul .delta listează fișierul
distanța dintre inserții și ștergeri care produc punctaj maxim
aliniamente între fiecare secvență.

OBLIGATORIU:
Referință Setați referința de intrare pentru numele fișierului multi-FASTA
Interogare Setați interogarea de intrare nume de fișier multi-FASTA

--mum Utilizați potriviri de ancorare care sunt unice în ambele referințe
și interogare
--mumcand La fel ca --mumreference
--mumreference Utilizați potriviri de ancorare care sunt unice în referință
dar nu neapărat unic în interogare (comportament implicit)
--maxmatch Utilizați toate potrivirile ancoră, indiferent de unicitatea lor

-b|breaklen Setează distanța la care va încerca o extensie de aliniere
extindeți regiunile cu scor slab înainte de a renunța (implicit 200)
-c|mincluster Setează lungimea minimă a unui grup de potriviri (implicit 65)
--[no]delta Comută la crearea fișierului delta (implicit --delta)
--depend Tipăriți informațiile despre dependență și ieșiți
-d|diagfactor Setați factorul de separare a diferenței diagonale de grupare
(implicit 0.12)
--[no]extend Comută pasul de extensie a clusterului (implicit --extend)
-f
--forward Folosiți numai componenta directă a secvențelor de interogare
-g|maxgap Setați distanța maximă dintre două potriviri adiacente în a
cluster (implicit 90)
-h
--help Afișează informații de ajutor și ieși
-l|minmatch Setează lungimea minimă a unei singure potriviri (implicit 20)
-o
--coords Generați automat codurile originale NUCmer1.1
fișier de ieșire folosind programul „show-coords”.
--[no]optimize Comutați optimizarea scorului de aliniere, adică dacă o aliniere
extensia ajunge la sfârșitul unei secvențe, va reveni înapoi
pentru a optimiza scorul de aliniere în loc de a termina
alinierea la sfârșitul secvenței (implicit --optimize)
-p|prefix Setează prefixul fișierelor de ieșire (implicit „out”)
-r
--reverse Utilizați numai complementul invers al secvențelor de interogare
--[no]simplificați Simplificați aliniamentele prin eliminarea clusterelor umbrite. Întoarce-te
această opțiune este dezactivată dacă aliniați o secvență la sine pentru a căuta
pentru repetări (implicit --simplificare)

promer
promer generează alinieri de aminoacizi între două intrări de ADN multi-FASTA
fișiere. Sunt generate două fișiere de ieșire. Listele de fișiere de ieșire .cluster
grupuri de potriviri între fiecare secvență. Fișierul .delta listează fișierul
distanța dintre inserții și ștergeri care produc punctaj maxim
aliniamente între fiecare secvență. Intrarea ADN este tradusă în toate cele 6
cadre de citire pentru a genera ieșirea, dar coordonatele de ieșire
referiți la intrarea originală de ADN.

OBLIGATORIU:
Referință Setați fișierul ADN de referință multi-FASTA de intrare
Interogare Setați fișierul ADN multi-FASTA de interogare de intrare

--mum Utilizați potriviri de ancorare care sunt unice în ambele referințe
și interogare
--mumcand La fel ca --mumreference
--mumreference Utilizați potriviri de ancorare care sunt unice în referință
dar nu neapărat unic în interogare (comportament implicit)
--maxmatch Utilizați toate potrivirile ancoră, indiferent de unicitatea lor

-b|breaklen Setează distanța la care va încerca o extensie de aliniere
extinde regiunile cu scor slab înainte de a renunța, măsurat în
aminoacizi (implicit 60)
-c|mincluster Setează lungimea minimă a unui grup de potriviri, măsurată în
aminoacizi (implicit 20)
--[no]delta Comută la crearea fișierului delta (implicit --delta)
--depend Tipăriți informațiile despre dependență și ieșiți
-d|diagfactor Setați factorul de separare a diferenței diagonale de grupare
(implicit .11)
--[no]extend Comută pasul de extensie a clusterului (implicit --extend)
-g|maxgap Setați distanța maximă dintre două potriviri adiacente în a
cluster, măsurat în aminoacizi (implicit 30)
-l|minmatch Setează lungimea minimă a unui singur meci, măsurată în amino
acizi (implicit 6)
-m|masklen Setează lungimea maximă de mascare a suportului de cărți, măsurată în amino
acizi (implicit 8)
-o
--coords Generați automat originalul PROmer1.1 „.coords”
fișier de ieșire folosind programul „show-coords”.
--[no]optimize Comutați optimizarea scorului de aliniere, adică dacă o aliniere
extensia ajunge la sfârșitul unei secvențe, va reveni înapoi
pentru a optimiza scorul de aliniere în loc de a termina
alinierea la sfârșitul secvenței (implicit --optimize)

-p|prefix Setează prefixul fișierelor de ieșire (implicit „out”)
-x|matrix Setați numărul matricei de aliniere la 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] sau 3 [BLOSUM 80] (implicit 2)
repetare-potrivire Găsiți toate potrivirile exacte maxime în
-E Utilizați căutarea exhaustivă (lentă) pentru a găsi potriviri
-f Numai fir înainte, nu utilizați complement invers
-n # Setează lungimea minimă a potrivirii exacte la #
-t Ieșiți numai repetări tandem
-V # Setați nivelul de tipărire detaliate (depanare) la #
arată-aliniază
-h Afișează informații de ajutor
-q Sortați aliniamentele după coordonatele de început a interogării
-r Sortați aliniamentele după coordonatele de început de referință
-w int Setați lățimea ecranului - implicit este 60
-x int Setați tipul matricei - implicit este 2 (BLOSUM 62),
alte opțiuni includ 1 (BLOSUM 45) și 3 (BLOSUM 80)
notă: are efect numai asupra alinierii aminoacizilor
show-coords
-b Îmbină aliniamentele suprapuse, indiferent de potrivire dir
sau cadru și nu afișează nicio informație de identitate.
-B Comutați ieșirea în format btab
-c Includeți informații privind acoperirea procentuală în rezultat
-d Afișează direcția de aliniere în direcția suplimentară
Coloane FRM (implicit pentru promer)
-g Opțiune depreciată. Vă rugăm să utilizați „delta-filter” în schimb
-h Afișează informații de ajutor
-H Nu tipăriți antetul de ieșire
-Plutesc Setează identitatea procentuală minimă pentru afișare
-k Knockout (nu afișați) aliniamente care se suprapun
o altă aliniere într-un cadru diferit cu mai mult de 50%
din lungimea lor și au o similitudine procentuală mai mică
sau sunt mai mici de 75% din dimensiunea celuilalt aliniament
(doar promer)
-l Includeți informațiile despre lungimea secvenței în rezultat
-L long Setați lungimea minimă de aliniere pentru afișare
-o Adnotă aliniamente maxime între două secvențe, de ex
suprapuneri între secvențele de referință și de interogare
-q Sortați liniile de ieșire după ID-uri și coordonate de interogare
-r Sortați liniile de ieșire după ID-uri de referință și coordonate
-T Comutați ieșirea în format delimitat de tabulatori

Intrarea este ieșirea .delta a programului „nucmer” sau „promer” transmis pe
Linie de comanda.

Ieșirea este la stdout și constă dintr-o listă de coordonate, identitate procentuală și altele
informatii utile cu privire la datele de aliniere continute in fisierul .delta folosit ca
intrare.

NOTĂ: Nu se face nicio sortare în mod implicit, prin urmare aliniamentele vor fi ordonate așa cum au fost găsite
în intrare.
show-snps
-C Nu raportați SNP-uri din aliniamente cu un ambiguu
cartografiere, adică raportați numai SNP-urile în care [R] și [Q]
coloanele sunt egale cu 0 și nu scot aceste coloane
-h Afișează informații de ajutor
-H Nu tipăriți antetul de ieșire
-Eu nu raportez indels
-l Includeți informații despre lungimea secvenței în rezultat
-q Sortați liniile de ieșire după ID-urile de interogare și pozițiile SNP
-r Sortați liniile de ieșire după ID-uri de referință și pozițiile SNP
-S Specificați ce aliniamente să raportați prin trecere
'show-coords' linii la stdin
-T Comută la formatul delimitat de tabulatori
-x int Includeți x caractere din contextul SNP din jur în
ieșire, implicit 0

Intrarea este ieșirea .delta fie a programului nucmer, fie a programului promer transmis la comandă
linia.

Ieșirea este la stdout și constă dintr-o listă de SNP-uri (sau substituții de aminoacizi pentru
promer) cu poziții și alte informații utile. Ieșirea va fi sortată implicit cu -r
iar coloana [BUFF] se va referi întotdeauna la secvența ale cărei poziții au fost sortate.
Această valoare specifică distanța de la acest SNP până la cea mai apropiată nepotrivire (sfârșitul alinierii,
indel, SNP, etc) în aceeași aliniere, în timp ce coloana [DIST] specifică distanța
de la acest SNP până la cel mai apropiat capăt al secvenței. SNP-uri pentru care sunt coloanele [R] și [Q].
mai mare decât 0 trebuie evaluat cu prudență, deoarece aceste coloane specifică numărul de
alte aliniamente care se suprapun acestei poziții. Utilizați -C pentru a vă asigura că SNP-urile sunt raportate numai de la
regiuni unice de aliniere.

show-tiling
-a Descrieți calea de tiling prin imprimarea delimitată de tabulatori
coordonatele regiunii de aliniere la stdout
-c Să presupunem că secvențele de referință sunt circulare și permiteți
tiled contigs pentru a acoperi originea
-g int Setați decalajul maxim între aliniamentele grupate [-1, INT_MAX]
O valoare de -1 va reprezenta infinitul
(numer implicit = 1000)
(promer implicit = -1)
-i float Setează identitatea procentuală minimă la tile [0.0, 100.0]
(numer implicit = 90.0)
(promer implicit = 55.0)
-l int Setează lungimea minimă contig pentru a raporta [-1, INT_MAX]
O valoare de -1 va reprezenta infinitul
(implicit comun = 1)
-p fișier Afișează o pseudo moleculă a interogării contig la „fișier”
-R Faceți față contig-urilor repetitive plasându-le aleatoriu
într-una dintre locațiile lor de copiere (implică -V 0)
-t fișier Afișează o listă contig în stil TIGR pentru fiecare secvență de interogare
care se potrivește suficient cu referința (non-circulară)
-u fișier Afișează coordonatele regiunii de aliniere delimitate de tabulatori
a contig-urilor inutilizabile la „fișier”
-v float Setați acoperirea contig minimă la țiglă [0.0, 100.0]
(nucmer default = 95.0) suma aliniamentelor individuale
(promer default = 50.0) extinderea regiunii sintenice
-V float Setează diferența minimă de acoperire contig [0.0, 100.0]
adică diferența necesară pentru a determina o aliniere
este „mai bună” decât o altă aliniere
(nucmer default = 10.0) suma aliniamentelor individuale
(promer default = 30.0) extinderea regiunii sintenice
-x Descrieți calea de tiling prin imprimarea contig XML
conectarea informațiilor la stdout

Intrarea este ieșirea .delta a programului numeric, rulat pe secvențe de date foarte asemănătoare sau
ieșirea .delta a programului promer, rulează pe date secvențe divergente.

Ieșirea este la stdout și constă din locația estimată a fiecărei interogări de aliniere
contig așa cum este mapat la secvențele de referință. Aceste coordonate fac referire la întinderea
întregul contig de interogare, chiar și atunci când doar un anumit procent din contig a fost de fapt
aliniat (cu excepția cazului în care este utilizată opțiunea -a). Coloanele sunt, început în ref, sfârșit în ref, distanță până la
următorul contig, lungimea acestui contig, acoperirea alinierii, identitatea, orientarea și ID
respectiv.

Utilizați combineMUMs online folosind serviciile onworks.net