Aceasta este comanda corect_abundances care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
corect_abundances - rulați pasul de corecție a asemănării abundenței genomului
REZUMAT
corecte_abundenţe NUME
DESCRIERE
Rulați pasul de corecție a similitudinii.
Notă: Deși este posibil să rulați cartografii de citire manual sau să creați similitudini
matrice manual, vă recomandăm insistent să utilizați scripturile Python furnizate „run_mappers.py”
și „create_similarity_matrix.py”.
OPŢIUNI
NUME: Numele fișierului fișierului de nume; fișierul cu nume de text simplu ar trebui să conțină un nume per
linia. Numele este folosit ca identificator în întregul algoritm.
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți
-m SMAT, --matrice-asemănări=SMAT
Calea către fișierul matricei de similaritate. Matricea de similaritate trebuie creată cu aceeași
Fișierul NAMES. [implicit: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --samfiles=SAM
Model care indică fișierele SAM create de mapper. Substituent pentru nume
este „%s”. [implicit: ./SAM/%s.sam]
-b BOOT, --bootstrap-samples=BOOTĂ
Setați numărul de mostre de bootstrap. Utilizați 1 pentru a dezactiva bootstrapping [implicit: 100]
-o Afară, --ieșire=OUT
Fișier de ieșire text simplu care conține rezultatele. [implicit: ./results.txt]
Utilizați corect_abundances online folosind serviciile onworks.net
