e-PCR - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

e-PCR — Găsiți site-uri marcate cu secvențe (STS) în secvențele ADN

REZUMAT

e-PCR [-hV] [opțiuni-posix] stsfile [fasta ...] [opțiuni de compatibilitate]

DESCRIERE

Programul înlocuiește explozia în locația perechilor de primeri de pe genom care ar putea
rezultă un produs PCR.

OPŢIUNI

opțiunile posix sunt:

-m=## Marja (implicit 50)

-w=## Mărimea cuvintelor (implicit 7)

-n=## Nepotriviri maxime permise (implicit 0)

-g=## Indelări maxime permise (implicit 0)

-f=## Folosiți ## cuvinte neconcordante, încet dacă ##>1

-o=## Setați fișierul de ieșire

-t=## Setați formatul de ieșire:

1 - clasic, gama (pos1..pos2)

2 - clasic, punct de mijloc

3 - tabelar

4 - tabelar cu aliniere în comentarii (lent)

-d=##-## Setați intervalul de dimensiuni prestabilit (implicit 100-350)

-p=+- Activați/dezactivați postprocesarea accesărilor

-v=## Steaguri de verbozitate

-a=a|f Folosiți aliniamente presize (doar dacă goluri> 0), încet

a - Întotdeauna sau f - ca alternativă

-x=+- Folosiți mascarea cu litere mici la capătul 5' a primerilor (implicit -)

-u=+- Cu majuscule toate primerele (implicit -)

compat-options (duplicate posix-options) sunt

M=## Marja (implicit 50)

W=## Mărimea cuvintelor (implicit 7)

N=## Numărul de nepotriviri permise (implicit 0)

G=## Indelări maxime permise (implicit 0)

F=## Folosiți ## cuvinte discontinue

O=## Setați fișierul de ieșire la ##

T=## Setați formatul de ieșire (1..3)

D=##-## Setați intervalul de dimensiuni implicite

P=+- Afișări postprocesare activate/dezactivate

V=## Steaguri de verbozitate

A=a|f Folosiți aliniamente presize (doar dacă goluri> 0), încet

a - Întotdeauna sau f - ca alternativă

X=+- Folosiți mascarea cu litere mici la capătul 5' a primerilor (implicit -)

U=+- Cu majuscule toate primerele (implicit -)

- mijlocul La fel ca T=2

Pentru informații despre alte opțiuni, sunați e-PCR fara nicio optiune.

Utilizați e-PCR online folosind serviciile onworks.net