Aceasta este comanda edialigne care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
edialign - Alinierea multiplă locală a secvenţelor
REZUMAT
edialign -secvente seqset -nucmode listă -revcomp boolean [-suprapunerew selecţie]
[-legătura listă] [-maxfragl întreg] -fragmat boolean -fragsim întreg
[-score-ul boolean] [-prag pluti] -masca boolean -dostele boolean
-starnum întreg -outfile outfile -outseq seqoutall
edialign -Ajutor
DESCRIERE
edialign este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul(e) de comenzi „Aliniere:Multiple”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secvente seqset
Suplimentar secțiune
-nucmode listă
Mod de aliniere a secvenței de acid nucleic (simplu, tradus sau mixt) Valoare implicită: n
-revcomp boolean
Valoarea implicită: N
-suprapunerew selecţie
În mod implicit, ponderile de suprapunere sunt utilizate când Nseq =<35, dar puteți seta acest lucru la „da” sau
„nu” Valoare implicită: implicită (când Nseq =< 35)
-legătura listă
Metodă de grupare pentru a construi un arbore de secvență (UPGMA, legătură minimă sau maximă
linkage) Valoare implicită: UPGMA
-maxfragl întreg
Valoare implicită: 40
-fragmat boolean
Valoarea implicită: N
-fragsim întreg
Valoare implicită: 4
-score-ul boolean
Valoarea implicită: N
-prag pluti
Valoare implicită: 0.0
producție secțiune
-masca boolean
Valoarea implicită: N
-dostele boolean
Valoarea implicită: N
-starnum întreg
Valoare implicită: 4
-outfile outfile
-outseq seqoutall
Utilizați edialigne online folosind serviciile onworks.net
