findknownsnps - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

findknownsnps - executabil principal pentru snpomatic

REZUMAT

findknownsnps Opțiuni

DESCRIERE

findknownsnps este principalul executabil pentru snpomatic Software.

OPŢIUNI

Aceste opțiuni controlează dacă rezultatul este scris în fișiere, ieșire standard sau direct
către un pager de om.

--genome=GENOME_FILE
Fișier FASTA cu cromozomi (obligatoriu)

--fasta=FASTA_FILE
Fișierul FASTA cu citiri Solexa (obligatoriu, cu excepția cazului în care se utilizează --fastq sau --index)

--fasta=FASTA_FILE
Fișierul FASTA cu citiri Solexa (obligatoriu, cu excepția cazului în care se utilizează --fastq sau --index)

--fastq=FASTQ_FILE
Fișier FASTQ cu citiri Solexa (obligatoriu, cu excepția cazului în care se utilizează --fasta sau --index)

--fastq2=FASTQ_FILE2
Fișier FASTQ cu citiri Solexa (opțional; read mate)

--nono=NUME FIȘIER
Fișier cu o listă de nume citite (!) de ignorat (opțional)

--regions=REGION_FILE
Fișier de regiune pentru găsirea de noi SNP (opțional) [DEPRECAT]

--snps=SNP_FILE
Fișier SNP simplu (opțional)

--gff=GFF_FILE
Fișier GFF cu SNP (opțional)

--uniqueness=FIȘIER
Produceți un fișier de date de unicitate pentru referință; nu sunt necesare citiri Solexa; implică
--shortcuts (Opțional)

--pileup=FIȘIER
Emite o stivuire completă în acel fișier (opțional)

--cigar=FILE
Alinierea ieșirilor în format CIGAR (opțional)

--gffout=FIȘIER
Ieșiri citiri în format GFF (opțional)

--coverage=NUME FIȘIER
Ieșiri (de adâncime mare) date de acoperire (opțional)

--wobble=NUME FIȘIER
Afișează o listă de variații posibile (opțional; numai citiri asociate) [SUB
CONSTRUCTIE]

--fragmentplot=NUME FIȘIER
Emite o diagramă a distribuției dimensiunii fragmentului într-un fișier (opțional)

--snpsinreads=NUME FIȘIER
Afișează o listă de citiri care conțin SNP-uri cunoscute într-un fișier (opțional)

--indelplot=NUME FIȘIER
Produce date indel într-un fișier (opțional)

--inversions=NUME FIȘIER
Pentru citirile împerecheate, scrie potrivirile citite indicând inversiuni într-un fișier (opțional)

--faceaway=NUME FIȘIER
Pentru citirile împerecheate, scrierile potrivirilor citite care „fața departe” unul față de celălalt într-un fișier
(Opțional)

--sqlite=NUME FIȘIER
Creează un fișier text sqlite cu date de aliniere [EXPERIMENTAL] (opțional)

--sam=NUME FIȘIER
Creează un fișier de aliniere SAM (opțional)

--spancontigs=NUME FIȘIER
Emite perechi de citire în care „jumătate” citește harta în mod unic pentru diferite contigs (opțional)

--bins=FILE_PREFIX
Produce citiri Solexa fără potrivire, cu potrivire unică și cu mai multe potriviri în fișiere cu prefix
(Opțional)

--binmask=MASCA
Mască de 1 și 0 pentru a opri recipientele individuale. Comandă: fără potrivire, potrivire unică,
multi-meci, IUPAC. Exemplu: 0100 creează numai coșul cu potriviri unice. (optional;
implicit: 1111)

--pereche=NUMĂR
Pentru citirile în pereche, lungimea primei părți a citirii (obligatoriu pentru perechi
citeste)

--fragment=NUMĂR
Pentru citirile pereche, lungimea medie a fragmentului (obligatoriu pentru citirile pereche)

--variance=NUMĂR
Pentru citirile pereche, variația lungimii fragmentului de ambele părți (opțional;
implicit: 1/4 din dimensiunea fragmentului)

--wobblemax=NUMĂR
Numărul maxim de nepotriviri pentru wobble (opțional; implicit 2; vezi --wobble)

--mspi=NUMĂR
Număr maxim de SNP-uri pe index cromozomial (opțional; implicit: 8)

--index=NUME FIȘIER
Nume fișier index (indexul va fi creat dacă nu există; opțional)

--shortcuts
Va procesa toate regiunile crozozomiale, chiar și cele cu multe repetări (opțional; nr
valoare)

--snpsonly
Numai listele SNP găsite în acumulare (opțional; fără valoare)

--chromosome=NUME
Îndepărtează toți cromozomii, cu excepția NAME înainte de rulare (opțional)

--index_from=NUMBER
Începe indexarea la această poziție pe toți cromozomii (opțional)

--index_to=NUMBER
Oprește indexarea la această poziție pe toți cromozomii (opțional)

--chop=NUMĂR
Pentru citirile pereche, dacă una, dar nu cealaltă se potrivește, scurtați-l pe cealaltă NUMĂR
baze (optional)

--index1=NUMĂR
Lungimea indexului intern 1 (opțional; implicit: 10)

--index2=NUMĂR
Lungimea indexului intern 2 (opțional; implicit: 16)

--memory_save=NUMĂR
Indexează genomul la fiecare NUMĂR de poziții; economisește memorie și timp de rulare, dar poate
au efecte secundare ciudate (opțional)

--multimatch
Pune o citire cu potrivire multiplă într-o poziție aleatorie (opțional) [împerecheată în prezent
doar citeste]

--meci unic
Efectuează doar funcții de ieșire suplimentare pentru potriviri individuale (opțional) [în prezent
numai citiri asociate]

--foum Pentru citirile pereche, cel puțin o citire trebuie să se potrivească în mod unic în genom (force one
potrivire unică) (opțional)

--nepotrivire
Numărul de nepotriviri permise în afara indexului (index1+index2) (opțional)

--rpa=NUME FIȘIER
Scrie toate aliniamentele perechilor citite într-un fișier (opțional)

decembrie 2015 GĂSIȚI CUNOAȘTE NPS(1)

Utilizați findknownsnps online folosind serviciile onworks.net