freecontact - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

freecontact - predictor rapid de contact cu proteine

REZUMAT

freecontact [OPȚIUNE]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | contact liber
--parprof evfold > contacts.out

freecontact --ali=ALIFIL --aply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --densitate=NUM --cov20=BOOL
--estimate-ivcov=BOOL --gapth=NUM --icme-timeout=NUM --input-format=[plat|xml]
--mincontsep=NUM --output-format=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-weight=NUM --rho=NUM --fire=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

DESCRIERE

FreeContact este un predictor de contact pentru reziduuri de proteine ​​optimizat pentru viteză. FreeContact poate
funcţionează ca un drop-in accelerat pentru predictorii de contact publicati EVfold-mfDCA of
DS. Marks și colab. (2011) [1] și PSICOV a lui D. Jones și colab. (2011) [2].

FreeContact este accelerat de o combinație de instrucțiuni vectoriale, fire multiple și
implementare mai rapidă a părților cheie. În funcție de aliniere, viteze de 8 ori sau mai mari
Sunt posibile.

Este necesară o aliniere suficient de mare pentru rezultate semnificative. Ca minim, an
alinierea cu un număr efectiv de secvențe (după ponderare) mai mare decât lungimea
trebuie utilizată secvența de interogare. Alinieri cu zeci de mii de secvențe (eficiente).
sunt considerate aport bun.

jackhmmer(1) sau hhblits(1) poate fi folosit pentru a genera aliniamentele, de exemplu.

[1] PLoS One. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 decembrie.
Structura 3D a proteinei calculată din variația secvenței evolutive. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Bioinformatică. 2012 ian 15;28(2):184-90. Epub 2011 nov 17. PSICOV: precis
predicția contactului structural folosind estimarea covarianței inverse rare pe multiplu mare
alinieri de secvențe. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Intrare
Sunt acceptate următoarele formate:

plat
Se utilizează următorul format simplu de fișier de intrare:

# querystart=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
SEQUENTĂ DE ÎNTREBĂRI CUNOGAPSORINSERȚII
-ALINIAT---SECVENȚA--CU-GAPS-----
ALTA-ALINIE------------SECVENTA

Liniile de antet „#” sunt opționale. Liniile de antet sunt folosite pentru a calcula reziduurile de contact
numere și pentru a căuta reziduurile de interogare respective pentru anumite formate de ieșire.

Dacă nu este definită nicio interogare, prima secvență din aliniere este folosită ca interogare
secvenţă. Secvența de interogare nu trebuie să conțină lacune în aliniere.

Toate rândurile de aliniere trebuie să aibă aceeași lungime și pot conține numai
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] este mapat la [D], [Z] este mapat la [E], [JOUX] sunt
mapat la [X]. [X] se potrivește numai pentru întregul program.

Aliniamentele de intrare A2M pot fi convertite în formatul de mai sus folosind
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln poate fi folosit pentru a conducta direct aliniamentul
la contact liber.

xml Document XML cu unulhttp://rostlab.org/freecontact/xsd„/>
element, definit în schema FreeContact [4] derivată din BioXSD [5].

Exemplu: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

producție
Formatul original de ieșire EVfold-mfDCA sau PSICOV este utilizat în mod implicit atunci când respectivul
profilul parametrului este selectat.

evfold (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + scor de contact norma corectată (CN).
| | | | + scor de informații reciproce (MI).
| | | + codul reziduului de aminoacizi de contact
| | + număr de reziduuri de contact
| + codul reziduului de aminoacizi de contact
+ număr de reziduuri de contact

Contactele sunt sortate după numărul de reziduuri.

pfrmat_rr (PSICOV)
Formatul CASP de predicție a separării reziduurilor-reziduuri (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + scor de contact
| | +-+ interval [Å] a distanței Cb-Cb prezisă pentru perechea de reziduuri
| | (C-alfa pentru glicine)
| | Aceste două câmpuri sunt invariante în rezultat.
| + număr de reziduuri de contact
+ număr de reziduuri de contact

Contactele sunt sortate pe scor, descrescător.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

bioxsd
Document XML cu unulhttp://rostlab.org/freecontact/xsd„/>
element, definit în schema FreeContact [4] derivată din BioXSD [5].

Exemplu: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Notă: deoarece BioXSD este în curs de dezvoltare activă în colaborare cu FreeContact,
Schema FreeContact poate fi de fapt derivată dintr-o versiune care nu este încă disponibilă la [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

Este posibil ca rezultatul să nu afișeze toate contactele posibile.

REFERINȚE

Trimis. FreeContact: predicție rapidă și gratuită a contactului direct reziduuri-reziduuri.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

OPŢIUNI

-a [ --threads ] arg
Fire de utilizare [0-). 0 înseamnă cât nuclee.

--apply-gapth arg
Când este adevărat, excludeți coloanele și rândurile cu reziduuri cu o frecvență a intervalului ponderat > --decalaj
din matricea de covarianță [Boolean].

-c [ --clustpc ] arg
Procent de grupare BLOSUM [0-100].

--cov20 arg
Dacă este adevărat, lăsați un aminoacid în afara matricei de covarianță, făcându-l nesupradeterminat
[Boolean].

-d [ --density ] arg
Densitatea matricei de precizie țintă [0-1]. A stabilit 0 pentru a nu controla densitatea.

--depanare
Activați depanarea.

--estimate-ivcov arg
Utilizați estimarea matricei de covarianță inversă în loc de inversarea matricei [Boolean].

-f [ --ali ] arg (=-)
Fișier de aliniere [cale]. Dacă „-”, intrare standard. Mod implicit: '-'.

-g [ --gapth ] arg
Pragul de frecvență ponderat (0-1).

-h [ --ajutor]
Produceți acest mesaj de ajutor.

-i [ --input-format ] arg (=plat)
Format de intrare [plat|xml].

--icme-timeout arg (=1800)
Timeout estimarea matricei de covarianță inversă în secunde [0-). Se aplică fiecărei versiuni
suna independent. Dacă are loc un timeout, programul se iese cu stare 2.

--mincontsep arg
Separarea perechilor de reziduuri de contact minimă în funcție de secvență dată în aminoacizi ca
(ji>=arg). 1 pentru reziduurile adiacente. [1-).

-o [ --output-format ] arg
Format de ieșire [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=implicit)
Profil parametru (opțional) [implicit|evfold|psicov]. Profilul implicit este evfold.

Argumentele liniei de comandă pot fi folosite pentru a suprascrie valorile profilului.

evfold
Declanșează modul de compatibilitate EVfold-mfDCA [1].

psihov
Declanșează modul de compatibilitate PSICOV [2].

psicov-sd
Declanșează PSICOV [2] mod implicit sensibil: rho implicit fix, fără control al densității.

-w [ --pscount-weight ] arg
Greutate pseudocontor [0-1].

-p [ --pseudocnt ] arg
Pseudocontor [0-).

--pep
Imprimați parametrii efectivi pe eroare standard. Utilizați această opțiune pentru a vedea ce parametri
contact liber(1) se execută în detaliu. Acest lucru este util mai ales atunci când --parprof
opțiunea este utilizată în combinație cu alte opțiuni.

--rho arg
Valoarea inițială a parametrului de regularizare Glasso [0-). Dacă este negativ, alegeți valoarea
în mod automat.

--quiet arg (=0)
Tipăriți nimic altceva decât mesaje de eroare pentru eroarea standard. Nu afectează --depanare.

--veczw arg
Utilizați ponderarea secvenței vectorizate atunci când este disponibilă [Boolean].

--versiune
Versiune tipărită.

EXIT STAREA

0 Nicio eroare - succes.

1 Eroare nespecificată.

2 Un timeout (vezi --icme-timeout) s-a produs.

EXEMPLE

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

NOTE

Pentru performanțe optime, utilizați software-ul ATLAS (Automatically Linear Algebra Software)
bibliotecă compilat on il maşină unde se rulează Freecontact.

Utilizați freecontact online folosind serviciile onworks.net