gamgi - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gamgi - interfață grafică de modelare atomistică generală

REZUMAT

gamgi [fișier_1.xml] ... [file_n.xml]

DESCRIERE

gamgi este un pachet de computer pentru a construi, vizualiza și analiza structuri atomice.

OPŢIUNI

file_n.xml este un nume complet precum:

../dat/molecule/flavors/garlic.xml
~/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml
http://www.gamgi.org/dat/molecule/flavors/garlic.xml
ftp://ftp.gamgi.org/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml

Datele obiect și de configurare pot fi amestecate, deci fișier_1.xml ar putea fi un fișier de preferințe, încărcat
înaintea celorlalte fișiere obiect. Pentru a automatiza procedura, trebuie doar să adăugați o linie ca aceasta la
~ / .bashrc:

alias gamgi='gamgi ~/gamgi/my_defaults.xml'

MEDIUL

GAMGI_HELP
Setați această variabilă pentru a informa GAMGI unde sunt fișierele de documentație de ajutor. Pentru
de exemplu, adăugați o linie ca aceasta la ~ / .bashrc :

GAMGI_HELP=~/gamgi/gamgi/doc; exporturile GAMGI_HELP

GAMGI_TEXT
Setați această variabilă pentru ca GAMGI să știe unde sunt fișierele .ttf DejaVu, pentru a reda
fonturi solide. De exemplu, adăugați o linie ca aceasta la ~ / .bashrc:

GAMGI_TEXT=~/gamgi/gamgi/src/io/fonts; exporturile GAMGI_TEXT

BROWSER
Setați această variabilă pentru a informa GAMGI ce browser să lanseze, în cazul în care acesta este ales
pentru a citi Ajutor. De exemplu, adăugați o linie ca aceasta la ~ / .bashrc:

BROWSER=firefox; exporturile BROWSER

AJUTOR

Citiți informațiile introductive cu Ajutor->Start. Răsfoiți documentația la
http://www.gamgi.org/ sau copia sa locală la gamgi/doc/. Utilizați mecanismele de ajutor reunite
sub butonul Ajutor. Abonați-vă la lista de corespondență[e-mail protejat]>.

Contactați autorul la[e-mail protejat]>.

În toate interfețele și formatele, lungimile sunt în angstrom, unghiurile în grade și
numerele zecimale sunt reprezentate cu puncte. Fiecare parametru care poate fi definit într-un
interfața poate fi definită și într-un fișier și invers.

INTERFAȚE

Rotiți, mutați, scalați obiectul selectat apăsând butonul stânga, mijloc, dreapta al mouse-ului.
Exportați obiectul selectat alegând Fișier->Export. Bara de stare arată obiectul selectat
(stânga) și stratul (dreapta).

Pentru a selecta un obiect, alegeți Obiect->Selectați și apăsați peste obiect. Sau alegeți obiectul
clasa din meniul de mai sus, cu butonul din mijloc, înainte de a apăsa pe obiect. Sau apăsați
de două ori Layer, Window sau GAMGI în meniul de mai sus. Când obiectul nu are vizual
reprezentare, apăsați mouse-ul peste zona grafică, pentru a deschide un meniu.

Pentru a selecta un strat, alegeți Strat->Selectați și apăsați cu mouse-ul peste zona grafică, pentru a ieși
un meniu. Sau alegeți clasa de straturi din meniul de mai sus, cu butonul din mijloc, înainte
apăsând mouse-ul peste zona grafică, pentru a deschide un meniu.

Obiectele solide necesită de obicei lumini cu componente difuze și speculare pentru a fi corect
reprezentate în spațiul 3D, altfel arată plate. Obiectele cu fir nu au 3D
reprezentare, astfel încât luminile difuze și speculare nu sunt reflectate, devenind puțin vizibile
atunci când utilizați lumini, cu excepția cazului în care este utilizată o componentă ambientală semnificativă. Adesea merită
desenați obiecte solide și cu fir în diferite straturi, cu și fără lumini.

Când este deschisă un dialog de activitate, pentru a afla cum funcționează, trebuie doar să selectați Ajutor->Actual și altul
va apărea dialogul, explicând semnificația tuturor parametrilor din dialogul sarcinii.

Pentru a vedea explicații detaliate ale interfețelor GAMGI, consultați manualul de referință la
http://www.gamgi.org/interfaces/reference.html, doc/interfaces/reference.html or
Ajutor->Subiect->Interfețe.

FORMATE

GAMGI poate importa fișiere în .xyz și .xml format nativ, selectat automat de fișier
extensie. GAMGI poate exporta fișiere în .ps, .ppm, .jp[e]g, .png, .tif[f], .x3d și nativ
.xml formate, selectate automat de extensia de fișier.

În formatul XML nativ GAMGI, o moleculă de apă poate fi descrisă ca:












Pentru a vedea explicații detaliate ale formatelor GAMGI, consultați manualul de referință la
http://www.gamgi.org/formats/reference.html, doc/formats/reference.html or
Ajutor->Subiect->Formate.

EXEMPLE

Alegeți Ajutor->Tutoriale pentru a obține o listă de proceduri complet descrise, exemplificând cele mai multe
aspecte ale lucrului cu GAMGI.

Utilizați gamgi online folosind serviciile onworks.net