Aceasta este comanda genome-music-galaxyp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
genome music galaxy - Rulați succesiv suita completă de instrumente MuSiC.
VERSIUNE
Acest document descrie genom music galaxy versiunea 0.04 (2016-01-01 la 23:10:18)
REZUMAT
genom music galaxy [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--reference-sequence=? --maf-file=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--clinical-corelation-matrix-file=?]
Acest instrument ia ca parametri toate informațiile necesare pentru a rula instrumentele individuale. Un
exemplu de utilizare este:
... redare muzica \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--gena-tip-date-genetice
NECESARE ARGUMENTE
bam-list Text
Lista delimitată de file cu fișiere BAM [nume_probă normal_bam tumor_bam]
pachet de ieșire Text
Locație în care Galaxy ar dori să fie salvat pachetul de ieșiri muzicale
roi-file Text
Lista delimitată de tabulatori de ROI [chr start stop gene_name]
secvență-referință Text
Calea către secvența de referință în format FASTA
maf-file Text
Lista mutațiilor folosind specificațiile TCGA MAF v2.3
cale-dosar Text
Fișier delimitat de tabulatori cu informații despre cale
OPTIONAL ARGUMENTE
output-dir
Director în care vor fi scrise fișierele de ieșire și subdirectoarele
Valoarea implicită „” dacă nu este specificată
fisier-date-numerice-clinice Text
Tabel de eșantioane (y) față de categoria de date clinice numerice (x)
fişier-date-categorice-clinice Text
Tabel de mostre (y) vs. categoria de date clinice categorice (x)
fişier-matrice-mutaţie Text
Opțional, stocați matricea eșantion-vs-genă utilizată în timpul calculelor.
permutări Număr
Numărul de permutări utilizate pentru a determina valorile P
normal-min-adâncime Întreg
Adâncimea minimă de citire pentru a considera o bază BAM normală ca fiind acoperită
tumoră-min-adâncime Întreg
Adâncimea minimă de citire pentru a considera o bază Tumor BAM ca fiind acoperită
min-mapq Întreg
Calitatea minimă de cartografiere a citirilor de luat în considerare pentru contorizarea adâncimii de citire
show-sărit boolean
Raportați fiecare mutație omisă, nu doar câte
Valoarea implicită „false” (--noshow-skipped) dacă nu este specificată
a omis-o boolean
Faceți „fals” săriți în emisiune
gene-de-ignorare Text
Lista de gene delimitată prin virgulă de ignorat pentru ratele de mutație de fundal
bmr Număr
Rata de mutație de fundal în regiunile vizate
max-proximitate Text
Distanța maximă AA între 2 mutații
bmr-modifier-file Text
Listă delimitată de tabulatori de valori per genă care modifică BMR înainte de testare [gene_name
bmr_modifier]
metoda-test-date-numerice Text
Fie „cor” pentru corelația Pearson, fie „wilcox” pentru testul Wilcoxon Rank-Sum pentru
date clinice numerice.
Valoarea implicită „cor” dacă nu este specificată
skip-low-mr-genes boolean
Omiteți testarea genelor cu MR mai mici decât MR de fundal
Valoarea implicită „adevărată” dacă nu este specificată
noskip-low-mr-genes boolean
Faceți skip-low-mr-genes „false”
max-fdr Număr
Rata maximă permisă de descoperire falsă pentru ca o genă să fie considerată un SMG
Valoarea implicită „0.2” dacă nu este specificată
tip-date-genetice Text
Datele din fișierul matrice trebuie să fie date de tip „genă” sau „variantă”.
wu-anteturi de adnotare boolean
Utilizați acest lucru pentru a utiliza anteturile în format de adnotare Wustl implicit
nowu-anteturi-adnotare boolean
Faceți wu-annotation-headers „false”
bmr-grupuri Întreg
Numărul de grupuri de probe cu BMR comparabile
Valoarea implicită „1” dacă nu este specificată
trunchieri separate boolean
Grupați mutațiile truncaționale ca o categorie separată
Valoarea implicită „false” (--noseparate-truncations) dacă nu este specificată
nasseparate-trunchieri boolean
Faceți trunchieri separate „false”
merge-concurrent-muts boolean
Mutațiile multiple ale unei gene din aceeași probă sunt tratate ca 1
Valoarea implicită „false” (--nomerge-concurrent-muts) dacă nu este specificată
nomerge-concurrent-muts boolean
Faceți merge-concurrent-muts „false”
săriți fără codare boolean
Omiteți mutațiile necodante din fișierul MAF furnizat
Valoarea implicită „adevărată” dacă nu este specificată
noskip-non-coding boolean
Faceți săriți fără codare „fals”
sari-tacut boolean
Omite mutațiile silențioase din fișierul MAF furnizat
Valoarea implicită „adevărată” dacă nu este specificată
noskip-tăcut boolean
Faceți skip-silent „fals”
min-mut-gene-pe-cale Întreg
Căile cu mai puține gene mutante decât acestea vor fi ignorate
Valoarea implicită „1” dacă nu este specificată
fișier-model-glm Text
Fișier care descrie tipul de model, variabila de răspuns, covarianțele etc. pentru GLM
analiză. (Vezi descrierea).
procesoare Întreg
Numărul de procesoare de utilizat în SMG (necesită pachetele „foreach” și „doMC” R)
Valoarea implicită „1” dacă nu este specificată
aa-gamă Întreg
Setați cât de apropiată este o potrivire „aproape” atunci când căutați aminoacid lângă hit-uri
Valoarea implicită „2” dacă nu este specificată
nuc-gama Întreg
Setați cât de apropiată este o potrivire „aproape” atunci când căutați poziția nucleotidelor în apropierea rezultatelor
Valoarea implicită „5” dacă nu este specificată
referință-construire Text
Puneți fie „Build36” fie „Build37”
Valoarea implicită „Build37” dacă nu este specificată
show-hituri-cunoscute boolean
Când o descoperire este nouă, arătați AA cunoscut în acea genă
Valoarea implicită „adevărată” dacă nu este specificată
hituri necunoscute boolean
Faceți „false” hit-urile cunoscute
glm-clinic-date-file Text
Trăsături clinice, profiluri mutaționale, alte date clinice mixte (vezi DESCRIEREA).
use-maf-in-glm boolean
Setați acest indicator pentru a utiliza matricea de variante creată din fișierul MAF ca intrare de variantă la
Analiza GLM.
Valoarea implicită „false” (--nouse-maf-in-glm) dacă nu este specificată
nouse-maf-in-glm boolean
Faceți ca use-maf-in-glm să fie „fals”
omimaa-dir Cale
folderul bazei de date cu mutații de aminoacizi omim
cosmic-dir Cale
folderul bazei de date cu mutații de aminoacizi cosmici
prolix boolean
porniți pentru a afișa o ieșire de lucru mai mare
Valoarea implicită „adevărată” dacă nu este specificată
noverbose boolean
Faceți verbis „fals”
fisier-matrice-corelatie-clinica Text
Opțional, stocați matricea eșantion-vs-genă utilizată intern în timpul calculelor.
DESCRIERE
Această comandă poate fi folosită pentru a rula toate instrumentele de analiză MuSiC pe un set de date. Vă rog
consultați instrumentele individuale pentru descrierea suplimentară a parametrilor.
AUTORI
Thomas B. Mooney, MS
CREDITE
Vă rugăm să vedeți creditele pentru genom-muzică(1).
Utilizați genome-music-galaxyp online folosind serviciile onworks.net
