geom - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

geom - analizează o intrare de geometrie moleculară în coordonate carteziene.

DESCRIERE

Programul geom citește un set de coordonate carteziene și determină din ele legătura
distanțe (Bohr și angstrom), unghiuri de legătură, unghiuri de torsiune, unghiuri în afara planului
(opțional), momente de inerție și constante de rotație.

DOSARE NECESARE

input.dat - Fișier de intrare
și una dintre următoarele:
geom.dat - fișier de geometrie
file11.dat - fișier geometrie/gradient în format PSI

DOSARE GENERAT

geom.out - fișier care conține analiza

INTRARE OPŢIUNI

geom programul are următoarele opțiuni:

-h Tipăriți informații de ajutor (aceste opțiuni).

-ași [nume de fișier]
Citiți intrarea într-un format de ieșire ACES, fiecare linie constând din atomic
simbol, număr atomic și coordonate carteziene (în Bohr). Argumentul opțional
este numele fișierului de intrare geometrie, care este implicit geom.dat.

-qchem [nume de fișier]
Citiți intrarea într-un format de ieșire QCHEM, fiecare linie constând din atom
numărul, simbolul atomic și coordonatele carteziene (în Angstroms). Opționalul
argument este numele fișierului de intrare geometrie, care este implicit geom.dat.

-xyz [nume de fișier]
Citiți intrarea într-un format de ieșire XYZ. Prima linie conține numărul de
atomi și a doua linie este o linie de comentariu. Rândurile ulterioare conțin fiecare
simbol atomic și coordonate carteziene XY și Z (în Angstromi). Opționalul
argument este numele fișierului de intrare geometrie, care este implicit geom.dat.

-oop Tipăriți unghiuri în afara planului, unde unghiul abcd este definit ca unghiul format
prin vectorul ad și planul definit de atomii b, c și d.

DO_OOP = boolean
La fel ca comutatorul din linia de comandă -oop descris mai sus.

IZOTOPI = matrice of reale/șiruri
Folosit pentru a specifica masele care vor fi utilizate în calculul centrului de masă și
constante de rotație. Este furnizată o matrice pentru fiecare izotopomer de calculat.
Matricele pot amesteca numere în virgulă mobilă cu șiruri care desemnează izotopi.
Dacă această matrice nu este dată și fișierul11.dat este prezent, atunci masele vor fi
obtinut prin conversia numerelor atomice din fisier11. Dacă masele nu sunt date de
ISOTOPII sau prin fișierul 11, atunci nu se vor calcula cantități legate de masă.

-g [nume de fișier]
Citiți coordonatele carteziene dintr-un fișier altul decât fișierul11.dat. Dacă un nume de fișier nu este
dat, implicit este geom.dat. Se presupune că fișierul alternativ este într-un format
similar cu cel al geom.dat al lui PSI. Deoarece astfel de fișiere nu conțin numere atomice,
momentele de inerţie şi constantele de rotaţie nu se calculează dacă această opţiune
este folosit.

READ_GEOM = boolean
Această opțiune din input.dat spune geom pentru a citi geometria din geom.dat în PSI
format geom.dat.

-a Imprimați parametrii pentru toate distanțele perechilor.

PRINT_ALL_DIST = boolean
La fel ca -a steag descris mai sus.

-d distanţă
Imprimați numai parametrii care implică perechi de atomi care sunt mai mici decât distanţă Bohr
separat (valoarea implicită este 4.0 bohr).

PRINT_DISTANCE = valoare
La fel ca -d flag descris mai sus.

-angstrom
Coordonatele de intrare sunt în angstroms, nu bohr.

ANGSTROM = boolean
If TRUE, coordonatele de intrare sunt în angstroms în loc de bohr. Valoarea implicită este
FALS.

Următorul exemplu este pentru calcularea informațiilor geometrice pentru apă cu
mai mulți izotopi diferiți. Geometria este citită din geom.dat mai degrabă decât din
fisier11.dat.

geom: (
read_geom = adevărat
izotopi = (
(OHH)
(CIUDAT)
(O18 1.007825 1.007825)
))

5 iunie, 1998 geom(1)

Utilizați geom online folosind serviciile onworks.net