Aceasta este comanda gff2ps care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gff2ps - Produce ieșire grafică PostScript din fișierele GFF.
REZUMAT
gff2ps [opțiuni] -- gff_files
DESCRIERE
Acest program desenează DotPlots pline de culoare din fișiere cu câmpuri de date formatate în gff. The
programul ia ca intrare caracteristicile adnotate pe o secvență genomică în format GFF și
produce o ieșire vizuală în PostScript.
OPŢIUNI
-h Afișează rezumatul opțiunilor.
-H
Afișează doar ajutor pentru opțiunea specificată.
-V Modul detaliat, un raport complet este trimis la eroare standard (se trimite numai implicit
Avertizări).
-v Modul silențios: dezactivați toate avertismentele, niciun mesaj trimis la eroare standard.
-d Scrieți (sau rescrieți dacă există) fișierul personalizat implicit.
-D
Creați un nou fișier personalizat implicit cu numele de fișier dat.
-C
Încărcați fișierul personalizat dat și adăugați fișierul personalizat implicit (.gff2psrc).
-s
Util pentru a modifica dimensiunea paginii (implicit este a4).
-p Comută orientarea paginii la Portret (implicit este Peisaj).
-G
Setează culoarea pentru PRIMUL PLAN (implicit este negru).
-g
Setează culoarea pentru BACKGROUND (implicit este alb).
-P <#> Setează câte pagini sunt necesare pentru a vă împărți rezultatul (implicit este una).
-S <#> Zoom prima nucleotidă (implicit este originea secvenței).
-E <#> Măriți ultima nucleotidă (implicit este lungimea secvenței).
-B <#> Setează blocuri pe pagină (implicit este unul).
-N <#> Setează nucleotide pe linie (implicit este cea mai mare poziție a secvenței de la intrarea gff-
fișiere).
-b Blocuri de la stânga la dreapta și de sus în jos (implicit este mai întâi de sus în jos).
-L Dezactivați Antet (zona Titlu).
-T
Definirea titlului (implicit este introducerea numelui fișierului gff).
-t
Definirea subtitrarii (implicit este niciunul).
-l Nu afișează numerotarea paginilor.
-O Nu afișează data.
-o Nu arată timpul.
-M <#> Numărul de marcaje majore pe linie (implicit 10).
-K <#> Scala de marcaje majore în nucleotide, implicit este lungimea nucleotidelor pentru linii
împărțit la numărul de marcaje majore (vezi opțiunea -T).
-m <#> Numărul de marcaje minore între marcajele majore (implicit 10).
-k <#> Scala semnelor minore în nucleotide implicită este dimensiunea semnelor majore împărțită la
numărul de bifături minore (vezi opțiunea -t).
-w, -f Opriți afișarea elementelor de tip Watson.
-c, -r Opriți afișarea elementelor cu fire inversate (Crick).
-i Opriți afișarea elementelor independente de fire.
-0
Setează culoarea cadrului „0” (implicit este albastru).
-1 Setează culoarea pentru cadrul „1” (implicit este roșu).
-2 Setează culoarea pentru cadrul „2” (implicit este verde).
-3 Setează culoarea cadrului „.” (implicit este portocaliu).
-n Opriți etichetele pentru pozițiile elementelor.
-a Dezactivați linia CopyRight pe diagramă.
MEDIUL VARIABILE
Există trei variabile de mediu care pot fi setate de utilizatori în funcție de preferințele lor:
+ Puteți specifica calea în care GFF2PS poate găsi fișierele implicite cu shell
variabila „GFF2PS_CFDIR”. Valoarea implicită este calea în care rulați GFF2PS.
+ Puteți defini, de asemenea, numele de fișier personalizat implicit care vă va plăcea cu variabila
„GFF2PS_CUSTOMFILE”, numele de fișier implicit al programului pentru fișierul personalizat este „.gff2psrc”.
+ GFF2PS trebuie să scrie câteva fișiere temporare într-un director cu permisiuni pentru curent
utilizator să citească și să scrie. Calea implicită a directorului temporar este setată la „/ tmp /" dar tu poti
atribuiți o cale de director temporară diferită folosind variabila „GFF2PS_TMP”.
Setarea acelor variabile în Bourne-shell (bash):
export GFF2PS_CFDIR="cale"
export GFF2PS_CUSTOMFILE="nume_fișier"
export GFF2PS_TMP="cale"
Folosind un C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR „cale”
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE „nume_fișier”
setenv GFF2PS_TMP „cale”
MESAJ
* Culorile definite sunt:
Culori de bază: alb negru
Culori variabile: gri magenta violet albastru albastru cer cyan verde mare verde verde lime galben
portocaliu rosu maro
Puteți obține cinci nuanțe de culoare din Variable Colors cu „foarte închis”, „întunecat”, „deschis” și
prefixe „foarte ușoare”. Un exemplu: verydarkseagreen darkseagreen seagreen lightseagreen
verde-deschis
* Dimensiunile paginilor definite sunt:
De la A0 la A10, de la B0 la B10, 10x14, executiv, folio, registru, legal, scrisoare, quarto,
declarație și tabloid.
Utilizați gff2ps online folosind serviciile onworks.net
