Aceasta este comanda glam2 care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
glam2 - Alinierea locală întreruptă a motivelor
REZUMAT
glam2 [Opțiuni] alfabet my_seqs.fa
Un alt alfabet decât p or n este interpretat ca numele unui fișier alfabetic.
DESCRIERE
GLAM2 este un pachet software pentru găsirea motivelor în secvențe, de obicei aminoacizi sau
secvențe de nucleotide. Un motiv este un model de secvență care se repetă: exemplele tipice sunt
Cutia TATA și motivul de prenilare CAAX. Principala inovație a GLAM2 este că permite
inserţii şi ştergeri în motive.
OPŢIUNI (MOD IMPLICIT SETĂRI)
-h
Afișați toate opțiunile și setările lor implicite.
-o
Fisier de iesire (stdout).
-r
Numărul de rulări de aliniere (10).
-n
Încheiați fiecare rulare după atâtea iterații fără îmbunătățiri (10000).
-2
Examinați ambele fire - complement înainte și invers.
-z
Numărul minim de secvențe în aliniere (2).
-a
Număr minim de coloane aliniate (2).
-b
Numărul maxim de coloane aliniate (50).
-w
Numărul inițial de coloane aliniate (20).
-d
Dosar amestec Dirichlet.
-D
Pseudocount de ștergere (0.1).
-E
Pseudocount fără ștergere (2.0).
-I
Pseudonumăr de inserții (0.02).
-J
Pseudonumăr fără inserare (1.0).
-q
Greutatea pentru abundența de reziduuri generice versus setul de secvență specifică (1e + 99).
-t
Temperatura initiala (1.2).
-c
Factorul de răcire pe n iterații (1.44).
-u
Limita inferioară a temperaturii (0.1).
-p
Imprimați informații despre progres la fiecare iterație.
-m
Mișcări de eșantionare în coloană per mutare de eșantionare a site-ului (1.0).
-x
Algoritmul de eșantionare a site-ului: 0= RAPID 1=LENT 2=FFT (0).
-s
Sămânță pentru numere pseudoaleatoare (1).
Utilizați glam2 online folosind serviciile onworks.net