gmap - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmap - Programul de cartografiere și aliniere genomice

REZUMAT

gmap [OPŢIUNI...] <FASTA fișiere...>, or pisică | gmap [OPȚIUNI...]

OPŢIUNI

Intrare Opțiuni (trebuie sa include -d or -g)
-D, --dir=director
Directorul genomului. Implicit (după cum este specificat de --cu-gmapdb la programul de configurare)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
Baza de date a genomului. Dacă argumentul este „?” (cu ghilimele), această comandă listează
baze de date disponibile.

-k, --kmer=INT
dimensiunea kmerului de utilizat în baza de date a genomului (valori permise: 16 sau mai puțin). Dacă nu
specificat, programul va găsi cea mai mare dimensiune disponibilă a kmerului din genom
Baza de date

--prelevarea de probe=INT
Eșantionare pentru a fi utilizată în baza de date a genomului. Dacă nu este specificat, programul va găsi
cea mai mică valoare de eșantionare disponibilă în baza de date a genomului în dimensiunea k-mer selectată

-G, --genomul plin
Folosiți genomul complet (toate caracterele ASCII permise; construite explicit în timpul configurării), nu
versiune comprimată

-g, --gseg=nume de fișier
Segmentul genomic furnizat de utilizator

-1, --autoaliniere
Aliniați o secvență față de ea însăși în format FASTA prin stdin (util pentru obținerea
traducerea proteică a unei secvențe de nucleotide)

-2, --pairalign
Aliniați două secvențe în format FASTA prin stdin, prima fiind genomică și a doua
unul fiind ADNc

--cmdline=STRING,ŞIR
Aliniați aceste două secvențe furnizate pe linia de comandă, prima fiind genomică și
al doilea fiind ADNc

-q, --parte=INT/INT
Procesați numai a i-a din fiecare n secvențe, de exemplu, 0/100 sau 99/100 (utilă pentru
distribuirea locurilor de muncă către o fermă de calculatoare).

--input-buffer-size=INT
Dimensiunea tamponului de intrare (programul citește atât de multe secvențe simultan pentru eficiență)
(implicit 1000)

Opțiuni de calcul

-B, --lot=INT
Modul lot (implicit = 2)

Modul Compensează pozițiile genomului
0 vezi nota mmap mmap
1 vezi nota mmap și preîncărcare mmap
(implicit) 2 vezi nota mmap & preload mmap & preload
3 vezi nota alocare mmap și preîncărcare
4 vezi nota alocare alocare
5 extinde alocă alocă

Notă: Pentru o singură secvență, toate structurile de date folosesc mmap
Dacă mmap nu este disponibil și alocare nu este ales, atunci va folosi fileio (foarte lent)

Notă despre --lot și decalaje: extinderea offset-urilor poate fi controlată
independent de către --expand-offsets steag. The --lot=5 opțiunea este echivalentă cu
--lot=4 la care se adauga --expand-offsets=1

--expand-offsets=INT
Dacă se extinde indicele de compensare genomică Valori: 0 (nu, implicit) sau 1 (da).
Expansiunea oferă o aliniere mai rapidă, dar necesită mai multă memorie

--nosplicing
Dezactivează îmbinarea (utilă pentru alinierea secvențelor genomice pe un genom)

--min-intronlength=INT
Lungime minimă pentru un intron intern (implicit 9). Sub această dimensiune, un decalaj genomic
va fi considerată mai degrabă o ștergere decât un intron.

-K, --lungimea intronului=INT
Lungime maximă pentru un intron intern (implicit 200000)

-w, --localsplicedist=INT
Lungime maximă pentru locurile de îmbinare cunoscute la sfârșitul secvenței (implicit 2000000)

-L, --lungime totală=INT
Lungimea totală maximă a intronului (implicit 2400000)

-x, --himera-margine=INT
Cantitatea de secvență nealiniată care declanșează căutarea secvenței rămase
(implicit 30). Permite alinierea citirilor himerice și poate ajuta cu unele
citiri non-himerice. Pentru a opri, setați la zero.

--fără-himere
Dezactivează găsirea himerelor. Același efect ca --himera-margine=0

-t, --nthreads=INT
Numărul de fire de lucru

-c, --chrsubset=şir
Limitați căutarea la un cromozom dat

-z, --direcţie=STRING
Direcția cDNA (sense_force, antisens_force, sense_filter, antisens_filter sau
automat (implicit))

-H, --trimendixoni=INT
Tăiați exonii de sfârșit cu un număr mai mic de potriviri (în nt, implicit 9)

--modul-canonic=INT
Recompensa pentru introni canonici și semi-canonici 0=recompensă scăzută, 1=recompensă mare
(implicit), 2 = recompensă scăzută pentru secvențele cu identitate mare și recompensă mare în caz contrar

--încrucișate
Utilizați o căutare mai sensibilă pentru îmbinarea canonică, care ajută în special pentru
aliniamente între specii și alte cazuri dificile

--allow-close-indels=INT
Permite o inserare și o ștergere aproape una de alta (0=nu, 1=da (implicit), 2=doar
pentru aliniamente de înaltă calitate)

--microexon-spliceprob=PLUTI
Permiteți microexoni numai dacă una dintre probabilitățile locului de îmbinare este mai mare decât aceasta
valoare (implicit 0.95)

--cmetdir=STRING
Director pentru fișierele index de metilcitozină (create folosind cmetindex) (implicit este
locația fișierelor index ale genomului specificate folosind -D, -V, și -d)

--atoidir=STRING
Director pentru fișierele index de editare ARN A-to-I (creat folosind atoiindex) (implicit este
locația fișierelor index ale genomului specificate folosind -D, -V, și -d)

--mod=STRING
Mod de aliniere: standard (implicit), Cmet-Stranded, Cmet-Stranded, Atoi-Stranded,
atoi-necaten, ttoc-stranded sau ttoc-nestranded. Modurile non-standard necesită
să fi rulat anterior programele cmmetindex sau atoiindex (care acoperă și
modurile ttoc) pe genom

-p, --prunelevel
Nivel de tăiere: 0=fără tăiere (implicit), 1 = secvențe slabe, 2 = secvențe repetitive, 3 = secvențe slabe și
repetitiv

Tipuri de ieșire

-S, --rezumat
Afișați numai rezumatul aliniamentelor

-A, --alinia
Afișați aliniamente

-3, --continuu
Afișați alinierea în trei linii continue

-4, --continuu-de-exon
Arată alinierea în trei linii per exon

-Z, --comprima
Ieșire tipărită în format comprimat

-E, --exoni=STRING
Imprimați exoni ("cdna" sau "genomic")

-P, --protein_dna
Imprimați secvența proteinei (ADNc)

-Q, --protein_gen
Imprimați secvența de proteine ​​(genomică)

-f, --format=INT
Alt format pentru ieșire (rețineți și codul -A și -S opțiuni și alte opțiuni enumerate
sub Tipuri de ieșire):
psl (sau 1) = format PSL (BLAT),
gff3_gene (sau 2) = formatul genei GFF3,
gff3_match_cdna (sau 3) = format GFF3 cDNA_match,
gff3_match_est (sau 4) = format GFF3 EST_match,
splicesites (sau 6) = ieșire splicesites (pentru fișierul de îmbinare GSNAP),
introni = ieșire introni (pentru fișierul de îmbinare GSNAP),
map_exons (sau 7) = format hartă exon IIT FASTA,
map_ranges (sau 8) = format de hartă a intervalului IIT FASTA,
coords (sau 9) = coords în format tabel,
sampe = format SAM (setarea bitului paired_read în flag),
samse = format SAM (fără setarea bitului paired_read)

Opțiuni de ieșire

-n, --npaths=INT
Numărul maxim de căi de afișat (implicit 5). Dacă este setat la 1, GMAP nu va raporta
aliniamente himerice, deoarece acestea implică două căi. Dacă doriți o singură aliniere
plus aliniamente himerice, apoi setați acest lucru la 0.

--scor-suboptimal=INT
Raportați numai căile al căror scor se află în această valoare a celei mai bune căi. În mod implicit,
dacă această opțiune nu este furnizată,
programul imprimă toate căile găsite.

-O, --ordonat
Imprimați ieșirea în aceeași ordine ca și intrarea (relevant numai dacă există mai mulți lucrători
fir)

-5, --md5
Imprimați suma de control MD5 pentru fiecare secvență de interogare

-o, --himera-suprapunere
Suprapuneți pentru a afișa, dacă există, la punctul de întrerupere a himerei

--failsonly
Imprimați numai aliniamentele eșuate, cele fără rezultate

--nofails
Excludeți imprimarea aliniamentelor eșuate

-V, --snpsdir=STRING
Director pentru fișierele index SNP (creat folosind snpindex) (implicit este locația
fișierele index ale genomului specificate folosind -D și -d)

-v, --use-snps=STRING
Utilizați baza de date care conține SNP-uri cunoscute (în .iit, construit anterior folosind
snpindex) pentru toleranța la SNP

--ieșire divizată=STRING
Nume de bază pentru ieșire cu mai multe fișiere, separat pentru nomapare,
uniq, mult, (și himeră, dacă --himera-margine este selectat)

--input-eșuat=STRING
Imprimați aliniamente complet eșuate ca format de intrare FASTA sau FASTQ în formatul dat
fişier. Dacă --ieșire divizată este de asemenea dat, acest fișier este generat în plus
la ieșirea din fișierul .nomapping.

--adăugați-ieșire
Cand --ieșire divizată or --failedinput este dat, acest flag va adăuga ieșirea la
fișierele existente. În caz contrar, implicit este de a crea fișiere noi.

--dimensiunea-buffer-de-ieșire=INT
Dimensiunea tamponului, în interogări, pentru firul de ieșire (implicit 1000). Când numărul de
rezultatele care urmează să fie tipărite depășesc această dimensiune, firele de lucru sunt oprite până când
restanța este eliminată

-F, --lungime totală
Să presupunem proteine ​​de lungime completă, începând cu Met

-a, --cdsstart=INT
Traduceți codoni din nucleotida dată (pe baza 1)

-T, --trunchia
Alinierea trunchiată în jurul proteinei de lungime completă, implică Met to Stop -F steag.

-Y, --tolerant
Traduce ADNc cu corecții pentru deplasări de cadre

Opțiuni pentru ieșirea GFF3

--gff3-add-separators=INT
Dacă se adaugă un separator ### după fiecare secvență de interogare Valori: 0 (nu), 1 (da,
Mod implicit)

Opțiuni pentru ieșirea SAM

--no-sam-headers
Nu tipăriți antetele care încep cu „@”

--sam-use-0M
Introduceți 0M în CIGAR între inserțiile și ștergerile adiacente solicitate de Picard,
dar poate provoca erori în alte instrumente

--force-xs-dir
Pentru alinierea ARN-Seq, nu permite XS:A:? când direcția simțului este neclară și
înlocuiește această valoare în mod arbitrar cu XS:A:+. Poate fi util pentru unele programe, cum ar fi
ca butoni, care nu se pot ocupa de XS:A:?. Cu toate acestea, dacă utilizați acest steag,
valoarea raportată a XS:A:+ în aceste cazuri nu va fi semnificativă.

--md-minuscule-snp
În șirul MD, când SNP-urile cunoscute sunt date de -v steag,
afișează nucleotidele diferențiate ca litere mici atunci când acestea,
diferă de referință, dar se potrivesc cu o alelă alternativă cunoscută

--acțiune-dacă-trabuc-eroare
Măsuri de luat dacă există un dezacord între lungimea CIGAR și lungimea secvenței
Valori permise: ignore, warning (implicit), abort

--read-group-id=STRING
Valoare de pus în câmpul ID-ul grupului de citire (RG-ID).

--citește-numele-grupului=STRING
Valoare de pus în câmpul nume grup de citire (RG-SM).

--citește-grup-bibliotecă=STRING
Valoare de pus în câmpul bibliotecii de grup de citire (RG-LB).

--citește-grup-platformă=STRING
Valoare de pus în câmpul bibliotecă de grup de citire (RG-PL).

Opțiuni pentru scoruri de calitate

--protocol-calitatea=STRING
Protocol pentru scorurile de calitate introduse. Valori permise: iluminare (ASCII 64-126)
(echivalentă cu -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (echivalent cu -J 33 -j 0)

Implicit este sanger (fără schimbare de imprimare de calitate)
Fișierele de ieșire SAM ar trebui să aibă scoruri de calitate în protocolul Sanger

Sau puteți specifica schimbarea de tipărire cu acest steag:

-j, --quality-print-shift=INT
Schimbați scorurile de calitate FASTQ cu această sumă în ieșire (implicit este 0 pentru Sanger
protocol; pentru a schimba intrarea Illumina la ieșirea Sanger, selectați -31)

Opțiuni pentru fișierele de hartă externe

-M, --mapdir=director
Director de hartă

-m, --Hartă=iitfile
Fișier hartă. Dacă argumentul este „?” (cu ghilimele),
aceasta listează fișierele de hărți disponibile.

-e, --mapexoni
Harta fiecare exon separat

-b, --mapboth
Raportați hit-uri de la ambele componente ale genomului

-u, --flancare=INT
Afișează hit-uri de flancare (implicit 0)

--print-comentare
Afișați linia de comentarii pentru fiecare accesare

Opțiuni de ieșire de aliniere

-N, --nelungimi
Fără lungimi de intron în aliniere

-I, --invertmode=INT
Mod pentru alinierea la catena genomică (-): 0=Nu inversați cADN-ul (implicit)
1=Inversați cADN-ul și imprimați catena genomică (-) 2=Inversați cADN-ul și imprimați genomica (+)
șuviță

-i, --introngap=INT
Nucleotidele care se afișează la fiecare capăt al intronului (implicit 3)

-l, --lungimea înfăşurării=INT
Lungime de înfășurare pentru aliniere (implicit 50)

Opțiuni de filtrare de ieșire

--min-acoperire-tăiată=PLUTI
Nu tipăriți aliniamente cu acoperire tăiată mai puțin această valoare (implicit=0.0, care
înseamnă că nu există filtrare) Rețineți că aliniamentele himerice vor fi afișate indiferent de acest lucru
filtru

--min-identitate=PLUTI
Nu tipăriți aliniamente cu identitate mai puțin această valoare (implicit=0.0, ceea ce înseamnă nu
filtrare) Rețineți că aliniamentele himerice vor fi afișate indiferent de acest filtru
Opțiuni de ajutor

--Verifica
Verificați ipotezele compilatorului

--versiune
Afișează versiunea

--Ajutor Afișați acest mesaj de ajutor

Alte instrumente ale suitei GMAP se află în /usr/lib/gmap

Utilizați gmap online folosind serviciile onworks.net