Aceasta este comanda gmt-music-pfamp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmt music pfam - Adăugați adnotare Pfam la un fișier MAF
VERSIUNE
Acest document descrie gmt music pfam versiunea 0.04 (2016-01-01 la 23:10:19)
REZUMAT
gmt music pfam --maf-file=? --output-file=? --reference-build=?
... muzica pfam \
--maf-file myMAF.tsv \
--output-file myMAF.tsv.pfam
NECESARE ARGUMENTE
maf-file Text
Lista mutațiilor folosind specificația TCGA MAF v2.3
fisier de iesire Text
Ieșiți fișierul MAF cu o coloană suplimentară care raportează domeniile de adnotare Pfam
referință-construire Text
Opțiunile sunt „Build36” sau „Build37”. Acest parametru asigură adnotarea adecvată a
valori valide ale domeniilor:
build36
build37
Valoarea implicită „Build37” dacă nu este specificată
DESCRIERE
Această comandă adaugă Pfam Domains la o coloană la sfârșitul unui fișier MAF.
Acest instrument preia un fișier MAF, determină locația fiecărei variante din acesta și apoi îl folosește
o căutare rapidă pentru a prelua toate domeniile de adnotare Pfam pe care varianta le traversează. A
coloana este atașată la sfârșitul fișierului MAF de intrare numit „Pfam_Annotation_Domains” unde
rezultatele sunt enumerate. „NA” este listat dacă nu sunt găsite domenii Pfam.
Utilizați gmt-music-pfamp online folosind serviciile onworks.net
