gmx-anaeig - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-anaeig - Analizează vectorii proprii/modurile normale

REZUMAT

gmx anaeig [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-v2 [<.trr/.cpt/...>]]
[-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-eig [<.xvg>]] [-eig2 [<.xvg>]]
[-comp [<.xvg>]] [-rmsf [<.xvg>]] [-proiect [<.xvg>]]
[-2d [<.xvg>]] [-3d [<.gro/.g96/...>]]
[-filtează [<.xtc/.trr/...>]] [-extr [<.xtc/.trr/...>]]
[-peste [<.xvg>]] [-inpr [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-tu ] [-[acum] [-xvg ]
[-primul ] [-ultimul ] [-ocolire ] [-max ]
[-nframes ] [-[nu]divizat] [-[fără]entropie]
[-temp ] [-nevskip ]

DESCRIERE

GMX anaeig analizează vectorii proprii. Vectorii proprii pot fi dintr-o matrice de covarianță (GMX
covar) sau a unei analize a modurilor normale (GMX nmeig).

Când o traiectorie este proiectată pe vectori proprii, toate structurile sunt montate pe structură
în fișierul vector propriu, dacă este prezent, altfel la structura din fișierul de structură.
Când nu este furnizat niciun fișier de intrare de rulare, periodicitatea nu va fi luată în considerare. Cel mai
analizele sunt efectuate pe vectori proprii -primul la -ultimul, dar cand -primul este setat la -1 tu
va fi solicitat pentru o selecție.

-comp: reprezentați grafic componentele vectorului per atom de vectori proprii -primul la -ultimul.

-rmsf: reprezentați grafic fluctuația RMS per atom de vectori proprii -primul la -ultimul (necesită -eig).

-proiect: calculați proiecțiile unei traiectorii pe vectori proprii -primul la -ultimul.
proiecțiile unei traiectorii pe vectorii proprii ai matricei sale de covarianță se numesc
componentele principale (compu-uri). Este adesea util să verificați conținutul cosinus al computerului,
întrucât pc-urile difuziei aleatoare sunt cosinus cu numărul de perioade egal cu jumătate
indexul pc. Conținutul cosinus al computerului poate fi calculat cu programul GMX
analiza.

-2d: calculați o proiecție 2d a unei traiectorii pe vectori proprii -primul și -ultimul.

-3d: calculați o proiecție 3d a unei traiectorii pe primii trei vectori proprii selectați.

-filtează: filtrați traiectoria pentru a afișa numai mișcarea de-a lungul vectorilor proprii -primul la -ultimul.

-extr: calculați cele două proiecții extreme de-a lungul unei traiectorii pe structura medie
și interpolează -nframes cadre între ele sau setați-vă propriile extreme cu -max.
vector propriu -primul va fi scris dacă nu -primul și -ultimul au fost stabilite în mod explicit, în
caz în care toți vectorii proprii vor fi scrieți în fișiere separate. Identificatorii lanțului vor fi
adăugat la scrierea a .pdb fișier cu două sau trei structuri (puteți folosi rasmol -nmrpdb la
vezi un astfel de .pdb fişier).

suprapune calcule între covarianță analiză
Notă: analiza ar trebui să utilizeze aceeași structură de potrivire

-peste: calculați suprapunerea subspațială a vectorilor proprii din fișier -v2 cu vectori proprii
-primul la -ultimul în dosar -v.

-inpr: calculați o matrice de produse interne între vectorii proprii în fișiere -v și -v2. Toate
vectorii proprii ai ambelor fișiere vor fi utilizați dacă nu -primul și -ultimul au fost stabilite în mod explicit.

Cand -v, -eig, -v2 și -eig2 sunt date, un singur număr pentru suprapunerea dintre
se generează matrice de covarianță. Formulele sunt:

diferenta = sqrt(tr((sqrt(M1) - sqrt(M2))^2))
suprapunere normalizată = 1 - diferență/sqrt(tr(M1) + tr(M2))
suprapunerea formei = 1 - sqrt(tr((sqrt(M1/tr(M1)) - sqrt(M2/tr(M2)))^2))

unde M1 și M2 sunt cele două matrice de covarianță și tr este urma unei matrice. The
numerele sunt proporționale cu suprapunerea rădăcinii pătrate a fluctuațiilor. The
suprapunerea normalizată este numărul cel mai util, este 1 pentru matrici identice și 0 când
subspațiile eșantionate sunt ortogonale.

Cand -entropie flag primește o estimare a entropiei va fi calculată pe baza
Abordare cvasiarmonică și bazată pe formula lui Schlitter.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Traiectorie de precizie completă: trr cpt TNG

-v2 [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec2.trr) (Opțional)
Traiectorie de precizie completă: trr cpt TNG

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opțional)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opțional)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

-eig [<.xvg>] (eigenval.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-eig2 [<.xvg>] (eigenval2.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-comp [<.xvg>] (eigcomp.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-rmsf [<.xvg>] (eigrmsf.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-proiect [<.xvg>] (proj.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-2d [<.xvg>] (2dproj.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-3d [<.gro/.g96/...>] (3dproj.pdb) (Opțional)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp

-filtează [<.xtc/.trr/...>] (filtrat.xtc) (Opțional)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-extr [<.xtc/.trr/...>] (extreme.pdb) (Opțional)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-peste [<.xvg>] (overlap.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-inpr [<.xpm>] (inprod.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-tu (ps)
Unitate pentru valorile timpului: fs, ps, ns, us, ms, s

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-primul (1)
Primul vector propriu pentru analiză (-1 este selectat)

-ultimul (-1)
Ultimul vector propriu pentru analiză (-1 este până la ultimul)

-ocolire (1)
Analizați doar fiecare nr-al-lea cadru

-max (0)
Maximul pentru proiecția vectorului propriu pe structura medie, max=0 dă
extreme

-nframes (2)
Numărul de cadre pentru ieșirea extreme

-[nu]divizat (Nu)
Împărțiți proiecții cu vectori proprii în care timpul este zero

-[fără]entropie (Nu)
Calculați entropia conform formulei cvasiarmonice sau a metodei lui Schlitter.

-temp (298.15)
Temperatura pentru calculele de entropie

-nevskip (6)
Numărul de valori proprii de ignorat atunci când se calculează entropia datorată cvasiarmonicii
apropiere. Când faceți o potrivire de rotație și/sau translație înainte de
analiza covarianței, obțineți 3 sau 6 valori proprii care sunt foarte aproape de zero și
care nu trebuie luate în considerare la calcularea entropiei.

Utilizați gmx-anaeig online folosind serviciile onworks.net