gmx-density - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-density - Calculați densitatea sistemului

REZUMAT

densitate gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ei [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[acum] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [- vizuini ] [-ng ] [-[fără]centru]
[-[nu]simm] [-[nu]rudă]

DESCRIERE

GMX densitate calculează densitățile parțiale în casetă, folosind un fișier index.

Pentru densitatea totală a simulărilor NPT, utilizați GMX energie in schimb.

Opțiune -centru realizează împărțirea histogramei în raport cu centrul unui arbitrar
grup, în coordonate absolute cutie. Dacă calculați profile de-a lungul casetei axei Z
dimensiunea bZ, ieșirea ar fi de la -bZ/2 la bZ/2 dacă vă centrați pe baza întregului sistem.
Rețineți că acest comportament sa schimbat în GROMACS 5.0; versiunile anterioare au efectuat doar a
Binning static în (0,bZ) și a mutat ieșirea. Acum calculăm centrul pentru fiecare cadru
și bin în (-bZ/2,bZ/2).

Opțiune -simm simetriază ieşirea în jurul centrului. Aceasta se va porni automat
-centru de asemenea. Opțiune -relativ realizează binning-ul în cutie relativă în loc de absolută
coordonate și scalează rezultatul final cu dimensiunea medie a casetei de-a lungul rezultatului
axă. Acesta poate fi folosit în combinație cu -centru.

Densitățile sunt în kg/m^3 și pot fi, de asemenea, densitățile numerice sau densitățile de electroni
calculat. Pentru densitățile de electroni, un fișier care descrie numărul de electroni pentru fiecare
tipul de atom ar trebui furnizat folosind -ei. Ar trebui să arate așa:

2
atomname = nrelectroni
atomname = nrelectroni

Prima linie conține numărul de linii de citit din fișier. Ar trebui să fie unul
linie pentru fiecare nume unic de atom din sistemul dumneavoastră. Numărul de electroni pentru fiecare atom este
modificat de sarcina sa parțială atomică.

CONSIDERAȚII IMPORTANTE PENTRU BISTRATURI

Unul dintre cele mai comune scenarii de utilizare este calcularea densității diferitelor grupuri
de-a lungul unui dublu strat lipidic, de obicei, axa z fiind direcția normală. Pe scurt
simulări, sisteme mici și dimensiuni de cutie fixe, acest lucru va funcționa bine, dar pentru mai mult
în general, straturile duble lipidice pot fi complicate. Prima problemă că în timp ce ambele
proteinele si lipidele au compresibilitate redusa in volum, lipidele au o suprafata destul de mare
compresibilitate. Aceasta înseamnă că forma cutiei (grosime și suprafață/lipid) va fluctua
substanțial chiar și pentru un sistem complet relaxat. Deoarece GROMACS plasează cutia între
origine și coordonate pozitive, aceasta înseamnă, la rândul său, că un strat dublu centrat în casetă
se va mișca puțin în sus/în jos din cauza acestor fluctuații și vă va murdara profilul. Cel mai usor
modalitatea de a rezolva acest lucru (dacă doriți cuplare de presiune) este să utilizați -centru opțiune care
calculează profilul de densitate în raport cu centrul cutiei. Rețineți că puteți
centrați în continuare pe partea dublu stratificată chiar dacă aveți un sistem complex nesimetric cu a
bistrat și, să zicem, proteine ​​membranare - atunci producția noastră va avea pur și simplu mai multe valori pe una
partea de referință de origine (centrală).

Chiar și calculul centrat va duce la o anumită murdărire a profilurilor de ieșire, cum ar fi
lipidele înseși sunt comprimate și expandate. În cele mai multe cazuri, probabil că doriți acest lucru (din moment ce
corespunde experimentelor macroscopice), dar dacă vrei să te uiți la detalii moleculare
puteți utiliza -relativ opțiunea de a încerca să eliminați și mai multe efecte ale volumului
fluctuații.

În cele din urmă, straturile duble mari care nu sunt supuse unei tensiuni superficiale vor prezenta ondulații
fluctuații, unde se formează „valuri” în sistem. Acesta este un element fundamental
proprietatea sistemului biologic și, dacă comparați cu experimente, probabil că
doriți să includeți efectul de pete de ondulare.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fișier de intrare portabil xdr run

-ei [<.dat>] (electroni.dat) (Opțional)
Fișier de date generice

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.xvg>] (density.xvg)
fișier xvgr/xmgr

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-d (Z)
Luați normala pe membrană în direcția X, Y sau Z.

-sl (50)
Împărțiți cutia în acest număr de felii.

- vizuini (masa)
Densitatea: masă, număr, sarcină, electron

-ng (1)
Numărul de grupuri din care să se calculeze densitățile.

-[fără]centru (Nu)
Efectuați separarea în raport cu centrul cutiei (de schimbare). Util pentru
bistratelor.

-[nu]simm (Nu)
Simetrizați densitatea de-a lungul axei, față de centru. Util pentru
bistratelor.

-[nu]rudă (Nu)
Utilizați coordonatele relative pentru modificarea casetelor și scalați rezultatul după dimensiuni medii.

CUNOSCUT PROBLEME

· Când se calculează densitățile de electroni, se folosesc nume de atom în loc de tipuri. Asta e rău.

Utilizați gmx-density online folosind serviciile onworks.net