gmx-energy - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-energy - Scrie energii în fișiere xvg și afișează medii

REZUMAT

gmx energy [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-viola [<.xvg>]] [- perechi [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-oten [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[acum] [-xvg ] [-[fără taxa]
[-fetemp ] [-zero ] [-[nu]sumă] [-[nu]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[no]mutot] [-ocolire ]
[-[nu]aver] [-nmol ] [-[fără]fluct_props]
[-[nu]driftcorr] [-[nu]fluc] [-[nu]orinst] [-[no]ovec]
[-aflen ] [-[nu]normalizeze] [-P ]
[-fitfn ] [-beginfit ] [-endfit ]

DESCRIERE

GMX energie extrage componente de energie sau date de reținere a distanței dintr-un fișier energetic. The
utilizatorului i se solicită să selecteze în mod interactiv termenii de energie doriti.

Media, RMSD și deriva sunt calculate cu precizie deplină din simulare (vezi
manual tipărit). Deriva este calculată prin efectuarea unei potriviri cu cel puțin pătrate a datelor la a
linie dreapta. Deriva totală raportată este diferența dintre potrivirea la prima și la ultima
punct. O estimare a erorii a mediei este dată pe baza mediilor unui bloc de peste 5 blocuri
folosind mediile de precizie completă. Estimarea erorii poate fi efectuată pe mai multe blocuri
lungimi cu opțiunile -nbmin și -nbmax. notițe că în majoritatea cazurilor dosarele energetice
conține medii pentru toți pașii MD sau pentru mai multe puncte decât numărul de cadre în
dosar energetic. Acest lucru face ca GMX energie statisticile rezultate mai precise decât .xvg
ieșire. Când mediile exacte nu sunt prezente în dosarul energetic, statisticile au menționat
de mai sus sunt pur și simplu peste valorile energetice unice, per cadru.

Termenul de fluctuație oferă RMSD în jurul valorii de potrivire a celor mai mici pătrate.

Unele proprietăți dependente de fluctuație pot fi calculate cu condiția termenilor de energie corecti
sunt selectate și că opțiunea din linia de comandă -fluct_props este dată. Următoarele
proprietățile vor fi calculate:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│Proprietate │ Termeni energetici necesari │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Capacitatea termică C_p (NPT sims): │ Entalpie, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Capacitatea de căldură C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Coeficient de dilatare termică. (NPT): │ Entalpie, Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Compresibilitate izotermă: │ Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Modul de vrac adiabatic: │ Vol, Temp │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

Întotdeauna trebuie să setați numărul de molecule -nmol. Calculele C_p/C_v fac nu
include orice corecții pentru efectele cuantice. Folosește GMX dos program dacă aveți nevoie de asta (și
tu faci).

Cand -viola opțiunea este setată, se înregistrează media de timp a încălcărilor și se realizează
media temporală și suma instantanee a încălcărilor sunt recalculate. În plus, rulează
distanțele medii în timp și instantanee dintre perechile selectate pot fi reprezentate grafic cu
- perechi opțiune.

Opţiuni -ora, -ort, -oda, -odr și -odt sunt utilizate pentru analiza datelor de reținere a orientării.
Primele două opțiuni grafică orientarea, ultimele trei abaterile
orientări din valorile experimentale. Opțiunile care se termină cu „a” reprezintă graficul
medie în timp în funcție de reținere. Opțiunile care se termină cu „t” solicită
utilizator pentru numerele etichetelor de reținere și trasează datele în funcție de timp. Opțiune -odr
grafică abaterea RMS în funcție de reținere. Când rularea a folosit timpul sau ansamblul
reținere de orientare medie, opțiune -orinst poate fi folosit pentru a analiza instantanee,
nu orientări şi abateri mediate de ansamblu în locul timpului şi ansamblului
medii.

Opțiune -oten trasează valorile proprii ale tensorului de ordin molecular pentru fiecare orientare
experiment de reținere. Cu optiune -ovec de asemenea, sunt reprezentați graficii proprii.

Opțiune -odh extrage și trasează datele despre energia liberă (diferențele hamiltoiene și/sau
derivat hamiltonian dhdl) din ener.edr fișier.

cu - taxa se calculează o estimare pentru diferența de energie liberă cu un gaz ideal
stat:

Delta A = A(N,V,T) - A_gaz ideal(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_gaz ideal(N,p,T) = kT ln( )

unde k este constanta lui Boltzmann, T este stabilit de -fetemp iar media este peste ansamblu
(sau timpul într-o traiectorie). Rețineți că acest lucru este, în principiu, corect numai atunci când faceți o medie
asupra întregului ansamblu (Boltzmann) și folosind energia potențială. Acest lucru permite, de asemenea
o estimare a entropiei folosind:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_gaz ideal(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_gaz ideal(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Când este specificat un al doilea fișier energetic (-f2), se calculează o diferență de energie liberă:

dF = -kT ln( _A) ,

unde E_A și E_B sunt energiile din primul și al doilea fișier energetic și media
este peste ansamblul A. Media curentă a diferenței de energie liberă se imprimă la a
fișier specificat de -ravg. notițe că energiile trebuie să fie calculate ambele din același
traiectorie.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.edr>] (ener.edr)
Dosar energetic

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Opțional)
Dosar energetic

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Opțional)
Fișier de intrare portabil xdr run

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.xvg>] (energy.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-viola [<.xvg>] (violaver.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

- perechi [<.xvg>] (perechi.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-oten [<.xvg>] (oriten.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-[fără taxa (Nu)
Faceți o estimare gratuită a energiei

-fetemp (300)
Temperatura de referință pentru calculul energiei libere

-zero (0)
Scădeți o energie de punct zero

-[nu]sumă (Nu)
Însumați termenii de energie selectați în loc să-i afișați pe toți

-[nu]dp (Nu)
Imprimați energii cu înaltă precizie

-nbmin (5)
Numărul minim de blocuri pentru estimarea erorilor

-nbmax (5)
Numărul maxim de blocuri pentru estimarea erorilor

-[no]mutot (Nu)
Calculați momentul dipolar total din componente

-ocolire (0)
Omite numărul de cadre între punctele de date

-[nu]aver (Nu)
Tipăriți, de asemenea, media exactă și rmsd stocate în cadrele de energie (doar când 1 termen
este solicitat)

-nmol (1)
Numărul de molecule din proba dvs.: energiile sunt împărțite la acest număr

-[fără]fluct_props (Nu)
Calculați proprietățile pe baza fluctuațiilor de energie, cum ar fi capacitatea de căldură

-[nu]driftcorr (Nu)
Util numai pentru calculele proprietăților de fluctuație. Deriva în
observabilele vor fi scăzute înainte de a calcula proprietățile de fluctuație.

-[nu]fluc (Nu)
Calculați autocorelarea fluctuațiilor de energie, mai degrabă decât energia în sine

-[nu]orinst (Nu)
Analizați datele de orientare instantanee

-[no]ovec (Nu)
De asemenea, graficați vectorii proprii cu -oten

-aflen (-1)
Lungimea ACF-ului, implicit este jumătate din numărul de cadre

-[nu]normalizeze (da)
Normalizați ACF

-P (0)
Ordinea polinomului Legendre pentru ACF (0 indică niciunul): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nici unul)
Funcția Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit (0)
Momentul în care se începe potrivirea exponențială a funcției de corelare

-endfit (-1)
Timpul în care se încheie potrivirea exponențială a funcției de corelare, -1 este până la
capăt

Utilizați gmx-energy online folosind serviciile onworks.net