gmx-rmsf - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-rmsf - Calculați fluctuațiile atomice

REZUMAT

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-bou [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-dir [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[acum] [-xvg ] [-[no]res]
[-[nu]anis] [-[nu]potrivit]

DESCRIERE

GMX rmsf calculează fluctuația pătratică medie (RMSF, adică abaterea standard) a
pozițiile atomice din traiectorie (furnizate cu -f) după montarea (opțional) la a
cadru de referință (furnizat cu -s).

Cu opțiunea -oq valorile RMSF sunt convertite în valori ale factorului B, care sunt scrise în a
.pdb fișier cu coordonatele, ale fișierului de structură, sau ale a .pdb dosar când -q is
specificat. Opțiune -bou scrie factorii B într-un fișier cu coordonatele medii.

Cu optiunea -od abaterea medie pătratică în raport cu structura de referință
este calculată.

Cu optiunea -anis, GMX rmsf va calcula factorii de temperatură anizotropi și apoi
va scoate, de asemenea, coordonatele medii și a .pdb fișier cu înregistrări ANISOU (corespunzător cu
il -oq or -bou opțiune). Vă rugăm să rețineți că valorile U sunt dependente de orientare, deci înainte
în comparație cu datele experimentale, ar trebui să verificați dacă vă potriviți experimentului
coordonate.

Atunci când o .pdb fișierul de intrare este transmis programului și -anis steag este setat o corelație
va fi creat graficul Uij, dacă sunt prezenți factori de temperatură anizotropi în
.pdb fișier.

Cu opțiunea -dir matricea medie MSF (3x3) este diagonalizată. Aceasta arată direcțiile
în care atomii fluctuează cel mai mult și cel mai puțin.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Opțional)
Fișier banca de date proteine

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Opțional)
Fișier banca de date proteine

-bou [<.pdb>] (xaver.pdb) (Opțional)
Fișier banca de date proteine

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-dir [<.log>] (rmsf.log) (Opțional)
Fișier jurnal

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-[no]res (Nu)
Calculați mediile pentru fiecare reziduu

-[nu]anis (Nu)
Calculați factorii de temperatură anizotropi

-[nu]potrivit (da)
Faceți o suprapunere a celor mai mici pătrate înainte de a calcula RMSF. Fără asta trebuie să faci
asigurați-vă că structura de referință și traiectoria se potrivesc.

Utilizați gmx-rmsf online folosind serviciile onworks.net