gmx-solvate - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-solvate - Solvați un sistem

REZUMAT

solvat gmx [-cp [<.gro/.g96/...>]] [-cs [<.gro/.g96/...>]]
[-p [<.top>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-cutie ]
[-rază ] [-scară ] [-coajă ]
[-maxsol ] [-[roman]

DESCRIERE

GMX solvat poate face unul dintre cele 2 lucruri:

1) Generați o cutie de solvent. Specifica -cs și -cutie. Sau specificați -cs și -cp cu
fișier de structură cu o cutie, dar fără atomi.

2) Solvați o configurație de dizolvat, de exemplu o proteină, într-o baie de molecule de solvent. Specifica
-cp (solut) și -cs (solvent). Caseta specificată în fișierul de coordonate solute (-cp) este
folosit, cu excepția cazului în care -cutie este setat. Dacă doriți ca soluția să fie centrată în casetă, programul
GMX editconf are opțiuni sofisticate pentru a modifica dimensiunile cutiei și a centra solutul.
Moleculele de solvent sunt îndepărtate din cutia unde distanța dintre orice atom al
moleculele de dizolvat și orice atom al moleculei de solvent este mai mică decât suma
razele van der Waals ale ambilor atomi. O bază de date (vdwradii.dat) ale razelor van der Waals este
citite de program, iar razele rezultate scalate cu -scară. Dacă nu se găsesc razele în
baza de date, aceleatomi li se atribuie distanța (pre-scalată). -rază.

Solventul implicit este apa de încărcare punctuală simplă (SPC), cu coordonatele de la
$GMXLIB/spc216.gro. Aceste coordonate pot fi folosite și pentru alte modele de apă cu trei locații,
întrucât o scurtă echilibrare va elimina micile diferențe dintre modele. Alte
sunt acceptați și solvenți, precum și solvenți amestecați. Singura restricție la solvent
tipurile este că o moleculă de solvent constă dintr-un singur reziduu. Informațiile despre reziduuri
în fișierele de coordonate este utilizat și, prin urmare, ar trebui să fie mai mult sau mai puțin consistent. În
practica aceasta înseamnă că două molecule de solvent ulterioare în fișierul de coordonate de solvent
ar trebui să aibă un număr diferit de reziduuri. Cutia de solut este construită prin stivuirea
coordonatele citite din fișierul de coordonate. Aceasta înseamnă că aceste coordonate ar trebui să fie
Echilibrat în condiții periodice la limită pentru a asigura o bună aliniere a moleculelor pe
interfețe de stivuire. The -maxsol opțiunea adaugă pur și simplu doar prima -maxsol solvent
molecule și omite restul care s-ar fi încadrat în cutie. Acest lucru poate crea o
gol care poate cauza probleme mai târziu. Alege-ți volumul cu înțelepciune.

reglaj -coajă mai mare decât zero va plasa un strat de apă cu grosimea specificată
(nm) în jurul solutului. Sugestie: este o idee bună să puneți proteina în centrul unei cutii
mai întâi (folosind GMX editconf).

În cele din urmă, GMX solvat va elimina opțional linii din fișierul de topologie în care a
numărul de molecule de solvent este deja adăugat și se adaugă o linie cu numărul total de
molecule de solvent în fișierul de coordonate.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-cp [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (Opțional)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp TPR

-cs [<.gro/.g96/...>] (spc216.gro) (Bibliotecă)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp TPR

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare/ieșire:

-p [<.top>] (topol.top) (Opțional)
Fișier de topologie

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp

Alte opțiuni:

-cutie (0 0 0)
Dimensiunea cutiei (în nm)

-rază (0.105)
Distanța implicită van der Waals

-scară (0.57)
Factor de scară pentru a multiplica razele Van der Waals din baza de date în
share/gromacs/top/vdwradii.dat. Valoarea implicită de 0.57 produce o densitate apropiată de
1000 g/l pentru proteinele din apă.

-coajă (0)
Grosimea stratului de apă opțional din jurul solutului

-maxsol (0)
Numărul maxim de molecule de solvent de adăugat dacă se potrivesc în cutie. Dacă zero
(implicit) aceasta este ignorată

-[roman (Nu)
Păstrați vitezele de dizolvat și solvent de intrare

CUNOSCUT PROBLEME

· Moleculele trebuie să fie întregi în configurațiile inițiale.

Utilizați gmx-solvate online folosind serviciile onworks.net