Aceasta este comanda gt-eval care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gt-eval - Comparați fișierele de adnotare și afișați măsurile de precizie (predicție vs. referință).
REZUMAT
gt eval fişier_referinţă fişier_predicţie
DESCRIERE
-nuc [da|nu]
evaluați nivelul de nucleotide (consumul de memorie este proporțional cu dimensiunea fișierului de intrare)
(implicit: da)
-ltr [da|nu]
evaluează o predicție de retrotranspozon LTR în loc de o predicție de genă (toate
Elementele LTR_retrotransposon sunt considerate a avea o catenă nedeterminată) (implicit:
Nu)
-ltrdelta [valoare]
setați delta permisă pentru marginile LTR să fie considerate egale (implicit: 20)
-v [da|nu]
fie verbos (implicit: nu)
-o [nume de fișier]
redirecționează rezultatul către fișierul specificat (implicit: nedefinit)
-gzip [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat gzip (implicit: nu)
-bzip2 [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat bzip2 (implicit: nu)
-forta [da|nu]
forțați scrierea în fișierul de ieșire (implicit: nu)
-Ajutor
afișați ajutor și ieșiți
-versiune
afișați informații despre versiune și ieșiți
Programul afișează valorile de sensibilitate și specificitate pentru anumite tipuri de caracteristici (de exemplu,
genă, ARNm și exon). Pentru unele tipuri de caracteristici numărul de caracteristici lipsă și greșite ale
este prezentat și acel tip. Prin urmare, „lipsă” înseamnă numărul de caracteristici de acest tip din
„referința” fără suprapunere la o caracteristică de acest tip din „predicție”. Viciu
invers, „greșit” denotă numărul de caracteristici de acest tip din „predicție” fără
se suprapun cu o caracteristică de acest tip din „referință”.
RAPORTAREA GANDACI
Raportați erori la[e-mail protejat]>.
Utilizați gt-eval online folosind serviciile onworks.net
