Aceasta este comanda gt-ltrharvest care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gt-ltrharvest - Prezice retrotranspozoni LTR.
REZUMAT
gt ltrharvest [opțiune ...] -index
DESCRIERE
-index [şir]
specificați numele indexului matricei de sufixe îmbunătățite (obligatoriu) (implicit: nedefinit)
-gamă [Începe capăt]
specificați intervalul în secvențele de intrare în care sunt căutate perechile LTR (implicit:
[0..0])
-samanta [valoare]
specificați lungimea minimă a semințelor pentru repetări exacte (implicit: 30)
-minlenltr [valoare]
specificați lungimea minimă pentru fiecare LTR (implicit: 100)
-maxlenltr [valoare]
specificați lungimea maximă pentru fiecare LTR (implicit: 1000)
-mindistltr [valoare]
specificați distanța minimă a pozițiilor de pornire LTR (implicit: 1000)
-maxdistltr [valoare]
specificați distanța maximă a pozițiilor de pornire LTR (implicit: 15000)
-asemănătoare [valoare]
specificați pragul de similaritate în intervalul [1..100%] (implicit: 85.000000)
-mintsd [valoare]
specificați lungimea minimă pentru fiecare TSD (implicit: 4)
-maxtsd [valoare]
specificați lungimea maximă pentru fiecare TSD (implicit: 20)
-motiv [şir]
specificați 2 nucleotide startmotif + 2 nucleotide endmotiv: ** (implicit: nedefinit)
-motivis [valoare]
specificați numărul maxim de nepotriviri în motiv [0,3] (implicit: 4)
-vic [valoare]
specificați numărul de nucleotide (la stânga și la dreapta) care vor fi căutate
pentru TSD-uri și/sau motive în jurul limitei 5' și 3' a retrotranspozonilor LTR preziși
(implicit: 60)
-suprapuneri [...]
specificați nu|cel mai bun|toate (implicit: cel mai bun)
-xdrop [valoare]
specificați xdropbelowscore pentru alinierea extensiei (implicit: 5)
-mat [valoare]
specificați scorul de potrivire pentru alinierea extensiei (implicit: 2)
-mis [valoare]
specificați scorul de nepotrivire pentru alinierea extensiei (implicit: -2)
-in interior [valoare]
specificați scorul de inserții pentru alinierea extensiei (implicit: -3)
-del [valoare]
specificați scorul de ștergere pentru alinierea extensiei (implicit: -3)
-v [da|nu]
modul verbos (implicit: nu)
-tabout [da|nu]
Arăta vechi ieșire tabelară în loc de GFF3 pe stdout (implicit: da)
-seqids [da|nu]
utilizați descrieri de secvență în loc de numere de secvență în ieșirea GFF3 (implicit: nu)
-md5 [da|nu]
adăugați hash-uri MD5 la seqid-uri în ieșirea GFF3 (implicit: nu)
-putere lungă [da|nu]
motiv suplimentar/ieșire TSD (implicit: nu)
-afară [şir]
specificați numele fișierului de ieșire FASTA (implicit: nedefinit)
-outinner [şir]
specificați numele fișierului de ieșire FASTA pentru regiunile interioare (implicit: nedefinit)
-gff3 [şir]
specificați numele fișierului de ieșire GFF3 (implicit: nedefinit)
-decalaj [valoare]
offset adăugat la coordonatele GFF3 (implicit: 0)
-scanare [da|nu]
scanați indexul secvențial în loc să îl mapați în memorie în întregime (implicit: da)
-Ajutor
afișați ajutorul pentru opțiunile de bază și ieșiți
-ajutor+
afișați ajutorul pentru toate opțiunile și ieșiți
-versiune
afișați informații despre versiune și ieșiți
ADIŢIONAL INFORMAŢII
Pentru informații detaliate, consultați manualul ltrharvest.
RAPORTAREA GANDACI
Raportați erori la[e-mail protejat]>.
Utilizați gt-ltrharvest online folosind serviciile onworks.net
