hhblits - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

hhblits - metodă rapidă de detectare a omologiei pentru a căuta iterativ într-o bază de date HMM

REZUMAT

hhblits -i întrebare [Opțiuni]

DESCRIERE

HHblits versiunea 2.0.16 (ianuarie 2013): secvență iterativă fulgerătoare bazată pe HMM-HMM
căutare HHblits este un instrument sensibil, de uz general, iterativ de căutare a secvenței care
reprezintă atât secvențe de interogare, cât și de baze de date prin HMM-uri. Puteți căuta bazele de date HHblits
începând cu o singură secvență de interogare, o aliniere a secvenței multiple (MSA) sau un HMM.
HHblits tipărește o listă clasificată a bazei de date HMM/MSA și poate genera, de asemenea, un MSA prin
fuzionarea bazei de date semnificative HMM/MSA în interogarea MSA.

Remmert M., Biegert A., Hauser A. și Soding J. HHblits: iterativ fulgerător
căutarea secvenței proteinelor prin alinierea HMM-HMM. Nat. Metode 9:173-175 (2011) (C)
Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
intrare/interogare: aliniere cu o singură secvență sau cu secvențe multiple (MSA) în a3m, a2m sau
Format FASTA sau HMM în format hhm

poate fi „stdin” sau „stdout” peste tot.

OPŢIUNI

-d
numele bazei de date (de ex. uniprot20_29Feb2012) (implicit=)

-n [1,8] număr de iterații (implicit=2)

-e [0,1] Limită de valoare E pentru includerea în alinierea rezultatului (def=0.001)

Intrare aliniere format:
-M a2m folosește A2M/A3M (implicit): majuscule = Potrivire; minuscule = Inserare;

' -' = Șterge; '.' = goluri aliniate la inserții (pot fi omise)

-M primul
utilizați FASTA: coloanele cu reziduuri în prima secvență sunt stări de potrivire

-M [0,100]
utilizați FASTA: coloanele cu mai puțin de X% lacune sunt stări de potrivire

producție opţiuni:
-o
scrieți rezultatele în format standard în fișier (implicit= )

-oa3m
scrieți rezultatul MSA cu potriviri semnificative în format a3m

-opsi
scrieți rezultatul MSA al potrivirilor semnificative în format PSI-BLAST

-ohhm
scrieți fișierul HHM pentru rezultatul MSA al potrivirilor semnificative

-oalis
scrieți MSA-uri în format A3M după fiecare iterație

-Ofas
scrieți aliniamente perechi ale potrivirilor semnificative în format FASTA Analog pentru
ieșire în format a3m și a2m (de ex -Oa3m)

-qhhm
scrieți fișierul HHM de intrare de interogare al ultimei iterații (implicit=dezactivat)

-seq
max. numărul de secvențe de interogări/șabloane afișate (implicit=1)

-aliw
numărul de coloane pe linie din lista de aliniere (implicit=80)

-p [0,100]
probabilitate minimă în rezumatul și lista de aliniere (implicit=20)

-E [0,inf[
valoarea E maximă în rezumatul și lista de aliniere (implicit=1E+06)

-Z
numărul maxim de rânduri în lista rezumată a rezultatelor (implicit=500)

-z
numărul minim de rânduri în lista rezumată a rezultatelor (implicit=10)

-B
numărul maxim de aliniamente în lista de alinieri (implicit=500)

-b
numărul minim de aliniamente în lista de alinieri (implicit=10)

Opțiuni de prefiltru

-fara filtrare
dezactivați toți pașii de filtrare

-noaddfilter
dezactivați toți pașii de filtrare (cu excepția prefiltrării rapide)

-nodbfilter
dezactivați filtrarea suplimentară a HMM-urilor prefiltrate

-noblockfilter cautare matrice completa in Viterbi

-maxfilt
numărul maxim de accesări permise pentru a trece al doilea prefiltru (implicit=2)

Opțiunile de filtrare aplicate la MSA interogări, MSA baze de date și MSA rezultat

-toate arată toate secvențele din rezultatul MSA; nu filtrați rezultatul MSA

-id [0,100] identitate maximă de secvență perechi (def=90)

-dif [0,inf[
filtrați MSA-urile selectând cele mai diverse seturi de secvențe, păstrând cel puțin atâtea
secvențe în fiecare bloc MSA de lungime 50 (def=1000)

-cov [0,100] acoperire minimă cu secvența principală (%) (def=0)

-qid [0,100] identitate de secvență minimă cu secvența principală (%) (def=0)

-qsc [0,100] scor minim pe coloană cu secvența principală (implicit=-20.0)

-neff [1,inf]
diversitatea țintă a alinierii secvențelor multiple (implicit=dezactivat)

HMM-HMM aliniere opţiuni:
-norealign
NU realiniați hit-urile afișate cu algoritmul MAC (def=realiniere)

-Mact [0,1[
prag de probabilitate posterior pentru realinierea MAC (def=0.350) Controale parametrilor
lăcomie de aliniere: 0:global >0.1:local

-glob/-loc
utilizați modul de aliniere global/local pentru căutare/clasare (def=local)

-realign_max
realinierea max. accesări (implicit=1000)

-alt
să apară la aceste multe alinieri alternative semnificative (def=2)

-premerge combina accesări pentru a interoga MSA înainte de a alinia accesările rămase (def=3)

-schimb [-1,1]
compensare scor profil-profil (def=-0.03)

-ssm {0,...,4}
0: fără scor ss 1,2: scor ss după sau în timpul alinierii [implicit=2] 3,4: ss
punctaj după sau în timpul alinierii, prezis vs. prezis

-ssw [0,1]
greutatea scorului ss (def=0.11)

Decalaj costa opţiuni:
-gapb [0,inf[
Amestec de pseudonumăr de tranziție (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Combinație de pseudonumăr de tranziție pentru decalaj deschis (implicit=0.15)

-gape [0,1.5]
Amestec de pseudonumăr de tranziție pentru decalajul extins (def=1.00)

-gapf ]0,inf]
factor de creștere/reducere a penalității de deschidere a decalajului pentru ștergeri (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
factor de creștere/reducere a penalizării de deschidere a decalajului pentru inserții (def=0.60)

-gaf ]0,inf]
factor de creștere/reducere a decalajului extinde penalizarea pentru ștergeri (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
factor de creștere/reducere a decalajului extinde penalizarea pentru inserții (def=0.60)

-exq [0,inf[ penalizare (biți) pentru golurile de capăt aliniate la reziduurile de interogare (def=0.00)

-egt [0,inf[ penalizare (biți) pentru golurile de capăt aliniate la reziduurile șablonului (def=0.00)

Pseudoconte (buc) opţiuni:
-pcm {0,...,2}
dependența de poziție a amestecului de computer „tau” (modul computer, implicit = 2) 0: nu se numără pseudo:
tau = 0 1: constant tau = a 2: dependent de diversitate: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: numărul de secvențe efective în MSA local în jurul coloanei i)

-pca [0,1] amestec de pseudonumăr total (def=1.0)

-pcb [1,inf[ Valoarea pragului Neff pentru -pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] extincție exponent c pentru -pcm 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
PREFILTER pseudocount amestec (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ pragul PREFILTER pentru Neff (def=1.8)

Specific contextului pseudo-numărări:
-nocontxt
utilizați matrice de substituție în loc de pseudonumărări specifice contextului

-contxt fișier de context pentru calcularea pseudonumărărilor specifice contextului
(implicit=./data/context_data.lib)

-cslib
fișier de stare a coloanei pentru prefiltrarea rapidă a bazei de date (implicit=./data/cs219.lib)

Prezice structura secundara

-adaugă adăugați o structură secundară prezisă cu PSIPRED pentru a rezulta MSA

-psipred director cu executabile PSIPRED (implicit=)

-psipred_date
director cu date PSIPRED (implicit=)

Altele opţiuni:
-v
mod verbos: 0: fără ieșire pe ecran 1: doar avertismente 2: verbos (def=2)

-neffmax ]1,20] sări peste iterații de căutare ulterioare când diversitatea Neff de interogare MSA

devine mai mare decât neffmax (implicit=10.0)

-CPU
numărul de procesoare de utilizat (pentru SMP-uri cu memorie partajată) (implicit=2)

-scoruri scrieți scorurile pentru toate comparațiile pe perechi în fișier

-atab scrieți toate aliniamentele în aspect tabelar în fișier

-maxres
numărul maxim de coloane HMM (def=15002)

-maxmem [1,inf[ memorie maximă disponibilă în GB (def=3.0)

EXEMPLE

hhblits -i query.fas -o query.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i query.fas -o query.hhr -oa3m query.a3m -n 1 -d ./uniprot20

Descărcați baze de date de laftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

Utilizați hhblits online folosind serviciile onworks.net