Aceasta este comanda hmmalign care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
hmmalign - aliniază secvențele la un profil HMM
REZUMAT
hmmalign [Opțiuni]
DESCRIERE
Efectuați o aliniere multiplă a tuturor secvențelor din prin alinierea lor
individual la profilul HMM în . Noua aliniere este trimisă către stdout in
Formatul Stockholm.
ar trebui să conțină doar un singur profil. Dacă conține mai multe, doar primul
va fi utilizat profilul din fișier.
Fie or (dar nu ambele) poate fi „-” (liniuță), ceea ce înseamnă că citiți acest lucru
intrare de la stdin mai degrabă decât un dosar.
Secvențele în sunt aliniate în modul de aliniere locală unihit. Prin urmare ei
ar trebui deja cunoscut că conține doar un singur domeniu (sau un fragment din unul). The
alinierea optimă poate atribui unele reziduuri ca neomolog (stări N și C), în care
în cazul în care aceste reziduuri sunt încă incluse în alinierea rezultată, dar împinse spre exterior
margini. Pentru a elimina aceste reziduuri neomoloage nealiniate din rezultat, consultați --tunde
opțiune.
OPŢIUNI
-h Ajutor; imprimați un scurt memento cu privire la utilizarea liniei de comandă și toate opțiunile disponibile.
-o Direcționați alinierea de ieșire către fișier , mai degrabă decât la stdout.
--mapali
Îmbinați alinierea existentă în fișier în rezultat, unde este exact
aceeași aliniere care a fost folosită pentru a construi modelul . Acest lucru se face folosind a
harta coloanelor de aliniere la pozițiile de profil consens care este stocată în
. Alinierea multiplă în va fi reprodus exact în ea
coloane de consens (așa cum sunt definite de profil), dar alinierea afișată în
coloanele de inserare pot fi modificate, deoarece inserările referitoare la un profil sunt
considerate prin convenție drept date nealiniate.
--tunde Tăiați reziduurile neomogene (alocate stărilor N și C în aliniamentele optime)
din rezultatul de ieșire de aliniere multiplă.
--amino
Specificați că toate secvențele în sunt proteine. În mod implicit, tipul alfabetului este
autodetectat din privire la compoziția reziduurilor.
--dna Specificați că toate secvențele în sunt ADN-uri.
--rna Specificați că toate secvențele în sunt ARN-uri.
--informat
Declarați că intrarea este în format . Formate de fișiere de secvență acceptate
includ FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm și SELEX. Implicit este să
detectează automat formatul fișierului.
--outformat
Specificați că alinierea multiplă de ieșire este în format . În prezent,
Formatele de fișiere de secvențe de aliniere multiple acceptate includ doar Stockholm și SELEX.
Utilizați hmmalign online folosind serviciile onworks.net
