hmmer - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

HMMER - profil HMM-uri pentru analiza secvenței biologice

REZUMAT

hmmalign
Aliniați secvențele la un profil

hmmbuild
Construiți profil(e) din mai multe alinieri de secvențe

hmmconvert
Convertiți fișierul de profil în diferite formate HMMER și non-HMMER

hmmemit
Exemple de secvențe dintr-un profil

hmmfetch
Preluați profilul HMM(e) dintr-un fișier

hmmpgmd
Daemon folosit pentru serverul web hmmer.org, pentru căutarea phmmer-, hmmsearch- și hmmscan-like

hmmpress
Pregătiți o bază de date HMM pentru hmmscan

hmmscan
Căutați secvențe de proteine ​​într-o bază de date de profil de proteine

hmm căutare
Căutați profil(e) de proteine ​​în baza de date de secvențe de proteine

hmmsim
Colectați distribuțiile scorurilor de profil pe secvențe aleatorii

hmmstat
Statistici rezumate pentru un fișier de profil

jackhmmer
Căutare iterativă a unei secvențe de proteine ​​față de o bază de date de secvențe de proteine

nhmmer
Căutați secvențe de nucleotide, aliniere sau profiluri față de o secvență de nucleotide
Baza de date

nhmmscan
Căutați secvențe de nucleotide într-o bază de date de profil de nucleotide

phmmer
Căutați o secvență(e) de proteine ​​într-o bază de date de secvențe de proteine

DESCRIERE

HMMER este o suită de mai multe programe pentru alinierea secvenței biologice și baza de date
căutarea omologiei. Utilizează modele probabilistice numite „modele Markov de profil ascunse”
(HMM-uri de profil) pentru a reprezenta omologii evolutivi probabili ai unei singure secvențe sau a
alinierea multiplă a unei familii de secvențe. O cale principală de cercetare este îmbunătățirea
modele predictive evolutive în HMMER pentru a putea recunoaște și alinia cu precizie
omologi din ce în ce mai îndepărtați, îndepărtați în timp.

HMMER este, de asemenea, folosit ca instrument organizațional, pentru a grupa numărul în creștere exponențială de
secvențe biologice într-un set mult mai mic de familii de secvențe bine adnotate. Nou
secvențele pot fi adnotate prin comparație cu bazele de date de familie de secvențe curate ale
profiluri HMMER preconstruite, în plus sau în loc de comparație cu întreaga secvență
Bază de date. Baze de date precum Pfam, SMART și TIGRfams, printre altele, se bazează pe acest
principiu.

HMMER este utilizat în trei moduri principale: pentru a căuta într-o bază de date secvențe noi omologi ai a
secvență sau o familie de secvențe; pentru a căuta într-o bază de date de profil (cum ar fi Pfam) pentru a găsi ceea ce se știe
familie căreia îi aparține o secvență de interogare sau ce domenii are; și să construiască automat
aliniamente multiple mari (adică cu un număr efectiv nelimitat de secvențe) folosind a
profil reprezentativ al unei familii de secvențe.

Să presupunem că aveți o aliniere a secvenței multiple a unei familii de secvențe de interes și dvs
doresc să caute o bază de date de secvențe pentru omologi suplimentari. The hmmbuild programul se construiește
profil(e) din aliniament(e) multiple. The hmm căutare programul caută profil(uri) de proteine
față de o bază de date cu secvențe de proteine ​​și nhmmer caută profil(uri) de nucleotide împotriva a
baza de date cu secvențe de nucleotide.

Să presupunem că aveți o singură secvență de interes și doriți să căutați o bază de date de secvențe
pentru omologi suplimentari. The phmmer programul caută o singură secvență de proteine ​​împotriva a
baza de date cu secvențe de proteine. The jackhmmer programul face același lucru, dar în mod iterativ --
omologii detectați într-o rundă anterioară sunt încorporați într-un profil nou, iar cel nou
profilul este căutat din nou. phmmer este folosit ca BLASTP și jackhmmer este folosit ca a
proteina PSI-BLAST. The nhmmer programul caută o singură secvență de nucleotide împotriva a
secvența de nucleotide.

Să presupunem că aveți secvențe pe care doriți să le analizați folosind un profil HMM bazat pe HMMER
baza de date precum Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk). hmmpress programul formatează un profil HMM
fișier plat (cum ar fi fișierul pe care l-ați descărca de la Pfam) într-o bază de date binară HMMER.
hmmscan programul caută secvențe de proteine ​​în baza de date. The nhmmscan
programul poate căuta în mod similar secvența(e) de nucleotide într-o bază de date presată de
profile de nucleotide, cum ar fi de la Dfam (http://dfam.janelia.org).

Să presupunem că doriți să aliniați o mulțime de secvențe. Puteți construi un mic ușor de gestionat
alinierea unui set reprezentativ de secvențe, construiți un profil cu hmmbuild, și folosiți
hmmalign program pentru a alinia orice număr de secvențe la acel profil.

HMMER include, de asemenea, câteva instrumente auxiliare pentru lucrul cu baze de date de profil mari.
hmmfetch preia unul sau mai multe profiluri dintr-o bază de date. hmmstat imprimă statistici rezumate
despre un fișier de profil.

Pentru compatibilitate cu alte programe software de profil și versiuni anterioare ale HMMER,
hmmconvert programul convertește profilurile în alte câteva formate. Intenționăm să adăugăm mai mult suport
pentru alte formate de-a lungul timpului.

hmmemit programul generează (simulează) secvențe „omoloage” prin eșantionare din a
profil. De asemenea, poate genera o secvență „consens”.

hmmsim programul este un simulator folosit pentru colectarea de statistici despre distribuțiile scorurilor
pe secvențe aleatorii.

Fiecare program are propria pagină de manual.

Utilizați hmmer online folosind serviciile onworks.net