HPCdaligner - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

HPCdaligner - generează un script pentru a rula daligner(1)

REZUMAT

HPCdaligner [-vbAI] [-kint(14)] [-wint(6)][-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-edublu (.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-murmări]+ [-dalint(4)] [-gradint(25)] cale:db|baraj
[primul:int[-ultimul:int]]

DESCRIERE

HPCdaligner scrie un script shell UNIX la ieșirea standard care constă dintr-o secvență
de comenzi care rulează efectiv daligner(1) pe toate perechile de blocuri ale unei baze de date divizate
și apoi le sortează și le îmbină extern folosind LAsort(1) și LAmerge(1) într-o colecție
a fișierelor de aliniere cu nume cale.#.las unde # variază de la 1 la numărul de blocuri
baza de date este împărțită în. Aceste fișiere sortate dacă sunt concatenate prin spune LAcat(1) ar conține
toate aliniamentele în ordine sortată (de a-read, apoi b-read și așa mai departe). Mai mult, toate
Se garantează că suprapunerile pentru o dată a-read nu vor fi împărțite între fișiere, astfel încât unul poate fi rulat
analizoare de artefacte sau corectarea erorilor pe fiecare fișier sortat în paralel.

Baza de date trebuie să fi fost divizată anterior de DBsplit(1) și toți parametrii, cu excepția
-v, -dal, și -grad, sunt transmise la apelurile către daligner(1). Valorile implicite pentru
acești parametri sunt ca pentru daligner(1). -v flag, pentru modul verbose, este de asemenea transmis
toate apelurile către LAsort(1) și LAmerge(1). -dal și -grad opțiunile sunt descrise mai târziu.

Pentru o bază de date împărțită în N sub-blocuri, apelurile către daligner(1) va produce în total
2TN^2 .las fișiere presupunând daligner rulează cu fire T. Acestea vor fi apoi sortate și
fuzionate în N^2 fișiere .las sortate, câte unul pentru fiecare pereche de blocuri. Acestea sunt apoi îmbinate în
ceil(log_deg N) faze în care numărul de fișiere scade geometric în -grad până la
există 1 fișier pe rând din matricea de blocuri N x N. Deci la sfârșit se are N sortat .las
fișiere care, atunci când sunt concatenate, ar da un singur fișier mare de suprapunere sortat.

-dal opțiunea (implicit 4) oferă numărul dorit de comparații de blocuri per apel către
daligner(1). Unele trebuie să conțină dal-1 comparații, iar prima dal-2 comparații de bloc
cu atât mai puțin, dar cel HPCdaligner „planificatorul” face tot posibilul pentru a oferi o încărcătură medie de
dal comparații de bloc per comandă. The -grad opțiunea (implicit 25) oferă numărul maxim
de fișiere care vor fi îmbinate într-un singur LAmerge(1) comanda. Planificatorul face cel mai mult
chiar arbore k-ary de îmbinări, unde numărul de niveluri este ceil(log_deg N).

Dacă numerele întregi primul și ultimul lipsesc, atunci scriptul produs este pentru fiecare bloc din
baza de date. Dacă primul este prezent, atunci HPCdaligner produce un script incremental care
compară blocuri primul prin ultimul (ultimul = primul dacă nu sunt prezente) unul împotriva celuilalt şi
toate blocurile anterioare de la 1 la primul-1 și apoi actualizează progresiv fișierele .las pentru
blocurile 1 prin primul-1 și creează fișierele .las pentru blocuri primul prin ultimul.

Fiecare linie de comandă UNIX scoasă de către HPCdaligner poate fi un lot (folosim &&
operator pentru a combina mai multe comenzi într-o singură linie pentru a face acest lucru). Dependente intre
locurile de muncă pot fi menținute pur și simplu prin rularea mai întâi a tuturor daligner(1) locuri de muncă, apoi toate
joburile de sortare inițiale și apoi toate joburile din fiecare fază a sortării de îmbinare externă. Fiecare
dintre aceste faze este separată printr-o linie de comentarii informative pentru scripting
comoditate.

Utilizați HPCdaligner online folosind serviciile onworks.net