idba - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

idba_hybrid - Iterativ de Bruijn Graph Assembler pentru date de secvențiere hibridă

REZUMAT

idba_hibrid -r citeste.fa -o output_dir [--referinţă ref.fa]

DESCRIERE

IDBA-Tran este un asamblator iterativ de citire scurtă De Bruijn Graph De Novo pentru transcriptom.
Este un asamblator de novo bazat doar pe citiri de secvențiere a ARN. IDBA-Tran folosește local
asamblare pentru a reconstrui k-mers lipsă în transcrierile slab exprimate și apoi utilizează
tăiere progresivă pe contigs pentru a separa graficul în componente. Fiecare componentă
corespunde unei gene în majoritatea cazurilor și nu conține multe transcrieri. O euristică
algoritmul bazat pe citirile de la capătul perechilor este apoi utilizat pentru a găsi izoformele.

OPŢIUNI

-o, --afara arg (=out)
directorul de ieșire

-r, --citit arg
fișier de citire rapidă (<=128)

--read_level_2 arg
citirile de tip paired-end fasta pentru schele de nivel al doilea

--read_level_3 arg
citirile de tip paired-end fasta pentru schele de nivel al treilea

--read_level_4 arg
se citește rapid pentru schele de nivel al patrulea

--read_level_5 arg
se citește rapid pentru schele de nivel cinci

-l, --citit_delung arg
fișier rapid de citire lungă (>128)

--referinţă arg
genomului de referință

--nurcă arg (=20)
valoarea k minimă (<=124)

--maxk arg (=100)
valoarea k maximă (<=124)

--Etapa arg (=20)
increment de k-mer al fiecărei iterații

--inner_mink arg (=10)
valoarea k minimă interioară

--pas_interior arg (=5)
increment interior al k-mer

--prefix arg (=3)
lungimea prefixului folosită pentru a construi tabelul sub k-mer

--min_count arg (=2)
multiplicitatea minimă pentru filtrarea k-mer la construirea graficului

--min_support arg (=1)
suport minim în fiecare iterație

--num_threads arg (=0)
numărul de fire

--seed_kmer arg (=30)
dimensiunea seed kmer pentru aliniere

--min_contig arg (=200)
dimensiunea minimă a contig

--min_region arg (=500)
dimensiunea minimă a regiunii din genomul de referință

--asemănătoare arg (=0.95)
similaritate pentru aliniere

--max_mismatch arg (=3)
nepotrivire maximă a corectării erorilor

--min_perechi arg (=3)
număr minim de perechi

--max_gap arg (=50)
decalajul maxim în referință

--no_local
nu utilizați asamblarea locală

--no_acoperire
nu repetați asupra acoperirii

--nu_corect
nu face corecturi

--pre_corecție
efectuați pre-corecția înainte de asamblare

Utilizați idba online folosind serviciile onworks.net