indexdb_rna - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

indexdb_rna - instrument pentru filtrarea, maparea și alegerea OTU-urilor NGS (indexdb)

REZUMAT

indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [OPȚIUNI]

DESCRIERE

SortMeRNA este un instrument de analiză a secvenței biologice pentru filtrare, cartografiere și alegere OTU
NGS citește. Algoritmul de bază se bazează pe semințe aproximative și permite rapid și
analize sensibile ale secvențelor de nucleotide. Principala aplicație a SortMeRNA este filtrarea
ARNr din datele metatranscriptomice. Aplicațiile suplimentare includ OTU-picking și
atribuirea taxonomiei disponibilă prin QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA ia ca intrare un fișier de citiri (format fasta sau fastq) și unul sau mai multe ARNr
fișiere de bază de date și sortează ARNr-ul și citirile respinse în două fișiere specificate de
utilizator. Opțional, poate oferi aliniamente locale de înaltă calitate ale citirilor de ARNr față de
baza de date ARNr. SortMeRNA funcționează cu date Illumina, 454, Ion Torrent și PacBio și poate
produce aliniamente asemănătoare SAM și BLAST.

OPŢIUNI

OBLIGATORIU OPŢIUNI
--ref STRING, STRING
Fișier de referință FASTA, fișier index
Exemplu:
--ref /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
Dacă treceți mai multe fișiere cu secvențe de referință, separați-le prin „:”
Exemplu:
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

OPTIONAL OPŢIUNI
--rapid BOOL
opțiunea sugerată pentru alinierea a ~99% specii înrudite (implicit: dezactivat)

--sensibil BOOL
opțiune sugerată pentru alinierea ~75-98% specii înrudite (implicit: activat)

--tmpdir STRING
directorul în care să scrieți fișierele temporare

-m INT cantitatea de memorie (în Mbytes) pentru construirea indexului (implicit: 3072)

-L INT lungimea semințelor (implicit: 18)

--max_pos INT
numărul maxim de poziții de stocat pentru fiecare L-mer unic (implicit: 10000, setare
--max_pos 0 va stoca toate pozițiile)

-v BOOL
prolix

-h BOOL
ajutor

Utilizați indexdb_rna online folosind serviciile onworks.net