indigo-depict - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

indigo-depict - utilitate de redare a moleculei și a reacției

REZUMAT

indigo-reprezentare în fișier.{mol,rxn,cml,smi} fişier de ieşire.{png,svg,pdf} [parametrii]

indigo-reprezentare infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [parametrii]

indigo-reprezentare infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [parametrii]

indigo-reprezentare - ZÂMBETE fişier de ieşire.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [parametrii]

indigo-reprezentare -Ajutor

DESCRIERE

indigo-reprezentare este folosit pentru reprezentarea moleculelor.

OPŢIUNI

indigo-reprezentare poate citi fișierele de intrare sau codul SMILES din intrarea standard. Acestea pot fi
urmată de unul sau mai mulți dintre următorii parametri.

-w
Lățimea imaginii în pixeli

-h
Înălțimea imaginii în pixeli

-legătură
Lungimea medie a legăturii în pixeli

-margini
Margini orizontale și verticale, în pixeli. În mod implicit, nu există marje

-grosime
Setați factorul de grosime relativă. Implicit este 1.0

-lățimea liniei
Setați factorul de lățime a liniei de legătură. Implicit este 1.0

-eticheta
Setați modul de afișare a etichetei atomului. Implicit este terminal-hetero

-hidro
Afișați hidrogenii impliciti. Implicit este on

-[de]arom
Forța [de]aromatizare

-stereo
Modul de afișare a stereogrupurilor. Implicit este vechi

-cdbwsa
Centrați legăturile duble care au o legătură stereo adiacentă (dezactivată implicit)

-interogare Tratați intrarea ca moleculă de interogare sau reacție (dezactivată implicit)

-inteligenta
Tratați intrarea ca o moleculă de interogare sau o reacție SMARTS (dezactivată implicit)

-idfield
Câmpul SDF/RDF să fie pus în locul lui „%s” în numele fișierelor salvate (implicit este
moleculă/numărul de reacție)

-catalizatori
Amplasarea catalizatorilor de reacție prin săgeată. Implicit este deasupra si dedesubt

-cometariu
Comentariu text care trebuie pus deasupra moleculei sau reacției. Nicio valoare implicită

-commentoffset
Spațiu vertical (în pixeli) între comentariu și structură

-câmp de comentarii
Utilizați câmpul SDF/RDF specificat ca comentariu

-nume comentariu
Utilizați numele moleculei/reacției ca comentariu

-comentează
Factor de dimensiune a fontului comentariului de text în raport cu grosimea legăturii. Implicit este 6

-commentpos
Poziția comentariului text (în jos în mod implicit)

-comentarii <0..1>
Alinierea comentariului de text, o valoare flotantă: 0 = stânga, 0.5 = centru, 1 = corect

-colorare
Activați/dezactivați colorarea. Implicit este on

-hlgros
Activați evidențierea cu linii groase și caractere aldine

-hlcolor
Activați evidențierea cu culoare. Valorile componentelor trebuie să fie în intervalul [0 .. 255]

-bgcolor
Setați culoarea de fundal. Valorile componentelor trebuie să fie în intervalul [0 .. 255]

-culoare de bază
Setați culoarea implicită de prim plan. Valorile componentelor trebuie să fie în intervalul [0 .. 255]

-aamcolor
Setați culoarea indicilor AAM. Valorile componentelor trebuie să fie în intervalul [0 .. 255]

-dsgcolor
Setați culoarea grupurilor de date. Valorile componentelor trebuie să fie în intervalul [0 .. 255]

-comentare culoare
Setează culoarea comentariului. Valorile componentelor trebuie să fie în intervalul [0 .. 255]

-numerele atomice
Afișați numerele de atomi (doar în scopuri de depanare)

- numere de obligațiuni
Afișați numerele obligațiunilor (numai în scopuri de depanare)

- bazat pe unul singur
Începeți indicii de atom și de legătură de la unul. Implicit este de la zero

-Ajutor Tipăriți acest mesaj de ajutor

EXEMPLE

indigo-reprezentare infile.mol outfile.png -colorare de pe -arom
indigo-reprezentare baza de date.sdf molecule_%s.png -idfield cdbregno -grosime 1.1
indigo-reprezentare baza de date.smi baza de date.sdf
indigo-reprezentare - CC.[O-][*-]([O-])=O interogare.png -interogare
indigo-reprezentare - OCO>>CC(C)N reactie.rxn

Utilizați indigo-depict online folosind serviciile onworks.net