EnglezăFrancezăSpaniolă

Rulați servere | Ubuntu > | Fedora > |


Favicon OnWorks

infoaligne - Online în cloud

Rulați infoaligne în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks prin Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS

Aceasta este comanda infoaligne care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS

PROGRAM:

NUME


infoalign - Afișează informații de bază despre o aliniere a secvenței multiple

REZUMAT


infoalign -secvenţă seqset [-matrice matrice] [-refseq şir] -multitudine pluti
-identitate pluti -outfile outfile [-html boolean] -numai boolean -rupere boolean
-Statele Unite ale Americii boolean -Yam boolean -seqlength boolean -lungimea alinierii boolean -goluri boolean
-gapcount boolean -IDcount boolean -simcount boolean -difcount boolean
-Schimbare boolean -greutate boolean -Descriere boolean

infoalign -Ajutor

DESCRIERE


infoalign este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din „Alignment:Multiple,Data retrieve:Sequence data”
grup(e) de comandă.

OPŢIUNI


Intrare secțiune
-secvenţă seqset
Alinierea secvenței care urmează să fie afișată.

-matrice matrice
Acesta este fișierul matricei de scoring folosit la compararea secvențelor. Implicit este
fișierul „EBLOSUM62” (pentru proteine) sau fișierul „EDNAFULL” (pentru secvențe nucleice). Aceste
fișierele se găsesc în directorul „date” al instalării EMBOSS.

-refseq şir
Dacă dați numărul în aliniere sau numele unei secvențe, acesta va fi dus la
fie secvența de referință. Secvența de referință este cea față de care toate
se compară alte secvenţe. Dacă acesta este setat la 0, atunci secvența consens va fi
folosit ca secvență de referință. În mod implicit, secvența consens este utilizată ca
secvență de referință.

Avansat secțiune
-multitudine pluti
Stabiliți o limită pentru procentul de meciuri cu scor pozitiv sub care nu există consens.
Pluralitatea implicită este considerată ca 50% din greutatea totală a tuturor secvențelor din
aliniere. Valoare implicită: 50.0

-identitate pluti
Oferă facilitatea de a seta numărul necesar de identități la o poziție pentru
pentru a da un consens. Prin urmare, dacă acesta este setat la 100%, numai coloane de identități
contribuie la consens. Valoare implicită: 0.0

producție secțiune
-outfile outfile
Dacă introduceți aici numele unui fișier, acest program va scrie detaliile secvenței
în acel fișier.

-html boolean
Valoarea implicită: N

-numai boolean
Aceasta este o modalitate de a scurta linia de comandă dacă doriți să fie doar câteva lucruri
afișat. În loc să specificați: „-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight' pentru a obține numai rezultatul lungimii secvenței,
puteți specifica „-only -seqlength” Valoare implicită: N

-rupere boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-Statele Unite ale Americii boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-Yam boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-seqlength boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-lungimea alinierii boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-goluri boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-gapcount boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-IDcount boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-simcount boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-difcount boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-Schimbare boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-greutate boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

-Descriere boolean
Valoare implicită: @(!$(doar))

Utilizați infoaligne online folosind serviciile onworks.net


Ad


Ad