EnglezăFrancezăSpaniolă

Ad


Favicon OnWorks

ipcress - Online în cloud

Rulați ipcress în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks prin Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS

Aceasta este comanda ipcress care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS

PROGRAM:

NUME


ipcress - Sistem de simulare a experimentului PCR in-silico

REZUMAT


ipcres [ Opțiuni ] <grund dosar> <secventa poteci>

DESCRIERE


ipcres este In-silico PCR Experiment Simulare Ssistem.

Acesta este un instrument pentru simularea experimentelor PCR. Furnizați un fișier care conține primeri
și un set de secvențe și prezice produsele PCR.

Ipcress este similar cu programul e-PCR de la NCBI, dar este mult mai rapid și nu
suferă de probleme de identificare a potrivirilor atunci când există simboluri de ambiguitate lângă primer
se termină.

Dacă furnizați mai multe perechi de primeri împreună, ipcress va simula experimentele PCR în
paralel, permițând simularea la nivel de genom a unui număr mare de experimente. Folosește multe
biblioteci din absolvi instrument de comparare a secvenței.

INTRARE FORMAT


Intrarea pentru ipcress este un fișier simplu delimitat de spațiu alb care descrie un experiment per fiecare
linia. Fiecare linie conține următoarele 5 câmpuri:

id Un identificator pentru acest experiment
primer_A Secvența pentru primul primer
primer_B Secvență pentru al doilea primer
min_product_len Lungimea minimă a produsului de raportat
max_product_len Lungimea maximă a produsului de raportat

Iată un exemplu de linie în acest format:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

REZULTATE FORMAT


Formatul de ieșire descrie un produs PCR pe linie,
și este prefixat de „ipcress:”, urmat de următoarele 11 câmpuri:

ID-ul secvenței Identificatorul secvenței
experiment_id Id. experimentul PCR
lungime_produs Lungimea produsului PCR
primer_5 Primerul 5' (fie A sau B)
poz_5 Poziția amorsei 5’
nepotrivire_5 Numărul de nepotriviri pe primerul 5'
primer_3 |
poz_3 | Aceleași câmpuri pentru primerul 3'
nepotrivire_3 |
descriere O descriere a produsului PCR

Câmpul de descriere este unul dintre următoarele 4 șiruri de caractere:

înainte Produs normal, grund A urmat de B
revcomp Produs normal, primer B urmat de A
single_A Produs prost generat numai de primer_A
single_B Produs prost generat numai de primer_B

Există, de asemenea, o ieșire care poate fi citită de om, care nu este proiectată pentru analiza (vezi:
--destul de jos).

GENERAL OPŢIUNI


Majoritatea argumentelor au forme scurte și lungi. Formele lungi
sunt mai probabil să fie stabile în timp și, prin urmare, ar trebui utilizate în scripturi care
apelați ipcress.

-h | --ajutor scurt
Arată ajutor. Aceasta va afișa un rezumat concis al opțiunilor disponibile, implicite
și valorile setate în prezent.

--Ajutor
Aceasta arată toate opțiunile de ajutor, inclusiv valorile implicite, valoarea setată în prezent,
și variabila de mediu care poate fi utilizată pentru a seta fiecare parametru. Acolo va
să fie un indiciu al opțiunilor care sunt obligatorii. Opțiunile obligatorii au nr
implicit și trebuie să aibă o valoare furnizată pentru ca ipcress să ruleze. Dacă opțiuni obligatorii
sunt folosite în ordine, steagurile lor pot fi sărite din linia de comandă (vezi exemplele
de mai jos). Spre deosebire de această pagină de manual, informațiile din această opțiune vor fi întotdeauna active
până acum cu cea mai recentă versiune a programului.

-v | --versiune
Afișați numărul versiunii. Afișează și alte informații, cum ar fi data construirii
și versiunea glib folosită.

FILE INTRARE OPŢIUNI


-i | --intrare
Datele experimentului PCR în formatul de fișier ipcress descris mai sus.

-s | --secvenţă
Specificați secvențele. Aici pot fi specificate mai multe fișiere, ceea ce reduce FSM
construirea deasupra capului și face ca ipcress să ruleze mai rapid decât rularea procesului
separat.

IPCRESS PARAMETRI


-m | --nepotrivire
Specificați numărul de nepotriviri permise per primer. Permiterea nepotrivirilor se reduce
trebuie construită viteza programului ca un cartier mare de primer și
mai puține experimente pot fi încadrate în memorie înainte de fiecare scanare a secvenței
baze de date.

-M | --memorie
Specificați cantitatea de memorie pe care programul ar trebui să o utilizeze. Cu cât se face mai multă memorie
ipcress disponibil, cu atât va rula mai repede, deoarece pot fi efectuate mai multe experimente PCR
în fiecare scanare a bazelor de date de secvenţe. Aceasta nu include memoria utilizată în timpul
scanarea (pentru stocarea rezultatelor și secvențelor parțiale), deci cantitatea reală de
memoria utilizată va fi puțin mai mare.

-p | --frumos
Afișați rezultatele într-un format care poate fi citit de om, care nu este conceput pentru analizare.

-P | --produse
Afișați produsele PCR ca secvență în format FASTA.

-S | --samanta
Specificați lungimea semințelor pentru cuvântul vecinătate pentru FSM. Dacă se setează la zero,
se folosește grundul complet. Cuvintele mai scurte reduc dimensiunea cartierului, dar
măriți timpul necesar ipcress pentru a filtra potrivirile fals pozitive.

MEDIUL


Nu este documentat încă.

EXEMPLE


ipcres test.ipcres secvenţă.fasta
Acesta este cel mai simplu mod în care ipcress poate fi utilizat.
ipcres dbsts_human.ipcress --secvenţă ncbi30/*.fasta --nepotrivire 1
Comparați un fișier de intrare cu un set de fișiere fasta, permițând o nepotrivire în fiecare
grund.

VERSIUNE


Această documentație însoțește versiunea 2.2.0 a pachetului de exonerare.

Utilizați ipcress online folosind serviciile onworks.net


Servere și stații de lucru gratuite

Descărcați aplicații Windows și Linux

  • 1
    Phaser
    Phaser
    Phaser este o deschidere rapidă, gratuită și distractivă
    cadru de joc HTML5 sursă care oferă
    Redare WebGL și Canvas
    browsere web desktop și mobile. Jocuri
    poate fi co...
    Descărcați Phaser
  • 2
    Motor VASSAL
    Motor VASSAL
    VASSAL este un motor de joc pentru creare
    versiuni electronice ale plăcii tradiționale
    și jocuri de cărți. Oferă suport pentru
    redarea și interacțiunea pieselor de joc,
    și ...
    Descărcați VASSAL Engine
  • 3
    OpenPDF - Furk of iText
    OpenPDF - Furk of iText
    OpenPDF este o bibliotecă Java pentru creare
    și editarea fișierelor PDF cu un LGPL și
    Licență open source MPL. OpenPDF este
    Succesorul LGPL/MPL open source al iText,
    o ...
    Descărcați OpenPDF - Furk of iText
  • 4
    SAGA GIS
    SAGA GIS
    SAGA - Sistem pentru automatizare
    Analize Geoștiințifice - este un Geografic
    Sistemul informatic (GIS) software cu
    capacități imense pentru geodate
    procesare și ana...
    Descărcați SAGA GIS
  • 5
    Caseta de instrumente pentru Java/JTOpen
    Caseta de instrumente pentru Java/JTOpen
    IBM Toolbox for Java / JTOpen este un
    biblioteca de clase Java care acceptă
    programare client/server și internet
    modele către un sistem care rulează OS/400,
    i5/OS, o...
    Descărcați Toolbox pentru Java/JTOpen
  • 6
    D3.js
    D3.js
    D3.js (sau D3 pentru documente bazate pe date)
    este o bibliotecă JavaScript care vă permite
    pentru a produce date dinamice, interactive
    vizualizări în browsere web. Cu D3
    tu...
    Descărcați D3.js
  • Mai mult »

Comenzi Linux

Ad