Aceasta este comanda kalign care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
kalign - realizează alinierea multiplă a secvenţelor biologice.
REZUMAT
kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [Opțiuni]
kalign [-i infile.fasta] [-O outfile.fasta] [Opțiuni]
kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Opțiuni]
DESCRIERE
Kalin este un instrument de linie de comandă pentru a efectua alinierea multiplă a secvențelor biologice. Aceasta
folosește algoritmul de potrivire a șirurilor Muth?Manber, pentru a îmbunătăți atât precizia, cât și viteza
a aliniamentului. Utilizează o abordare globală, de aliniere progresivă, îmbogățită prin folosirea unui
algoritm aproximativ de potrivire a șirurilor pentru a calcula distanțe de secvență și prin încorporare
potriviri locale în alinierea altfel globală.
OPŢIUNI
-s -gpo -gapopen -gap_deschis x
Penalty deschis Gap .
-e -gpe -gap_ext -gapeextensie x
Penalizare pentru extinderea golului.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Penalizări pentru distanța terminală.
-m -primă -bonus_matrice x
O constantă adăugată la matricea de substituție.
-c -fel <intrare, copac, goluri.>
Ordinea în care apar secvențele în alinierea de ieșire.
-g -caracteristică
Selectează modul caracteristică și specifică ce caracteristici vor fi utilizate: de exemplu, toate, maxplp,
STRUCT, PFAM-A?
-același_scor_funcție
Scor pentru alinierea acelorași caracteristici.
-diff_feature_score
Penalizare pentru alinierea diferitelor caracteristici.
-d -distanţă <wu, pereche>
Metoda distantei
-b -copac -ghid-arborele <nj, upgma>
Metoda arborelui ghid.
-z -zcutoff
Parametru utilizat în calculul distanței bazat pe wu-manber.
-i -în -intrare
Numele fișierului de intrare.
-o -afară -ieșire
Numele fișierului de ieșire.
-a -gap_inc
Mărește penalitățile pentru decalaj în funcție de numărul de lacune existente.
-f -format <rapid, msf, aln, clu, macsim>
Formatul de ieșire.
-q -Liniște
Nu imprimați nimic la STDERR. Nu citiți nimic din STDIN.
REFERINȚE
· Timo Lassmann și Erik LL Sonnhammer (2005) Kalin - un multiplu precis și rapid
algoritm de aliniere a secvenței. BMC Bioinformatics 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings și Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
alinierea multiplă de înaltă performanță a secvențelor de proteine și nucleotide permițând
caracteristici externe. Nucleic Acid Research 3:858-865.
AUTORI
Cimbru Lassmann <[e-mail protejat]>
Autorul din amonte al lui Kalin.
Charles Plessy <[e-mail protejat]>
Am scris pagina de manual.
DREPTURI DE AUTOR
Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalin este un software gratuit. Îl puteți redistribui și/sau modifica în conformitate cu termenii
Licența publică generală GNU așa cum este publicată de Free Software Foundation.
Această pagină de manual a fost scrisă de Charles Plessy[e-mail protejat]> pentru Debian(TM)
sistem (dar poate fi folosit de alții). Se acordă permisiunea de a copia, distribui și/sau
modificați acest document în aceleași condiții ca și kalign însuși.
Pe sistemele Debian, textul complet al GNU General Public License versiunea 2 poate fi
gasit in /usr/share/common-licenses/GPL-2.
Utilizați kaalign online folosind serviciile onworks.net
