king-probe - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

king-probe - Evaluați și vizualizați împachetarea interatomică a proteinelor

DESCRIERE

Sintaxă: probe input.pdb >> out.kin

sau: probe [flags] "src pattern" ["target model"] pdbfiles... >> out.kin

Steaguri:
-De sine auto intersecție: src -> src (implicit)

-Ambii intersectează ambele sensuri: src <=> targ

-O singura data intersecție unică: src -> țintă

-Afara suprafața exterioară van der Waals a src (suprafața de contact cu solventul)

-AUTObondrot nume de fișier
citește și procesează un fișier autobondrot

comenzi rapide:

< >la fel ca: -4 h -mc -Aceasta -de sine "altA ogt33"

- IMPACT
la fel ca: < >, dar permite alte steaguri

-SCSurface la fel ca: -cădere brusca -rad1.4 -afară "nu apa"

-Expus
la fel ca: -cădere brusca -rad1.4 -afară (notă: model de consumabile pentru utilizator)

-O suprafață
la fel ca: -cădere brusca -rad0.0 -adăugați 1.4 -afară "nu apa"

-ACCES
la fel ca: -cădere brusca -rad0.0 -adăugați 1.4 -afară (notă: model de consumabile pentru utilizator)

-SCAN0 la fel ca: -4 h -mc -de sine "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 la fel ca: -4 h -o singura data "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(nu apă ogt33)"

-DUMPAtominfo
numărați atomii din selecție: src

(rețineți că AMBELE și O dată necesită două modele în timp ce

OUT, SELF și DUMPATOMINFO necesită un singur model)

-Implicit
hidrogeni impliciti

-Explicit
hidrogeni expliciți (implicit)

-Densitate#
setați densitatea punctelor (implicit 16 puncte/mp A)

-Rază#.#
setați raza sondei (implicit 0.25 A)

-ADDvdw#.#
offset adăugat la razele Van der Waals (implicit 0.0)

-SCALEvdw#.# factor de scară pentru razele Van der Waals (implicit 1.0)

-COSCale#.#
scară C=O carbon Van der Waals razele (implicit 0.94)

- Spike desenați vârful în loc de puncte (implicit)

- Spike#.#
setați scara de vârf (implicit=0.5)

-NOSpică
desenați doar puncte

-HBRegular#.# suprapunere maximă pentru obligațiuni H obișnuite (implicit=0.6)

-HBÎncărcat#.# suprapunere maximă pentru obligațiuni H taxate (implicit=0.8)

-A pastra păstrați atomi neselectați (implicit)

-Cădere brusca aruncă atomi neselectați

-Limită limitați punctele cu bump la distanța maximă atunci când vă sărutați (implicit)

-Fara limita
nu limitați punctele cu bump

-Obiectiv adăugați cuvântul cheie pentru lentile în fișierul kin

-NOLENs
nu adăugați cuvântul cheie pentru obiectiv în fișierul kin (implicit)

-MC includ interacțiuni mainchain->mainchain

-HET-uri includeți puncte în grupurile HET non-apă (implicit)

-NOHET-urile
excludeți puncte la grupurile HET non-apă

-APE
include puncte la apă (implicit)

-ACUM
excludeți punctele la apă

-WAT2wat
arată puncte între ape

-DUMPH2O
include apa H? vectorlist în ieșire

-4 h extinde eliminarea punctelor lanțului de legătură la 4 pentru H (implicit)

-3 limitați eliminarea punctelor din lanțul de legătură la 3

-2 limitați eliminarea punctelor din lanțul de legătură la 2

-1 limitați eliminarea punctelor din lanțul de legătură la 1

-IGNORA drop explicit „pattern”: ignorați atomii selectați după model

-DOCHO
recunosc CH..O Hbonds

-CHO#.#
factor de scară pentru scorul CH..O Hbond (implicit=0.5)

-PolarH
utilizați raze scurte de hidrogeni polari (implicit)

-NOPolarH
nu scurtați razele hidrogenului polar

-NOFACEhbond nu identificați HBbonduri la fețele aromatice

-Nume „nume” specifică numele grupului („puncte”) implicit

-DOMMASTER
numele grupului folosit ca master suplimentar={nume} pe liste

-NOGroup
nu generați instrucțiunea @group în formatul .kin

-KINimagină
adăugați declarația @kinemage 1 în partea de sus a ieșirii în format .kin

-Numărătoare
produce un număr de puncte - nu o listă de puncte

-Neformat
scoateți informații despre puncte brute

nume:pat:tip:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMAT
informații despre punct de ieșire formate pentru afișare în O

-XVFORMAT
informații despre punctele de ieșire formatate pentru afișare în XtalView

-O LINIE
scoateți o linie:contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
puncte de culoare în funcție de intervalul (implicit)

-ATOMcolor
puncte de culoare după tipul de atom

-BASEculoare
puncte de culoare în funcție de tipul de bază al acidului nucleic

-COLORBase
puncte de culoare după gol și tipul de bază al acidului nucleic

- OUTCOLOR „nume” specifică culoarea punctului pentru - AFARA (implicit „gri”)

- GAPgreutate#
setați greutatea pentru golurile de notare (implicit 0.25)

-Greutate BMP# setați o scară relativă pentru denivelările de punctaj (implicit 10.0)

-HBGreutate#
setați o scară relativă pentru notarea legăturilor H (implicit 4.0)

-DIVScăzut#.#
Diviziune pentru categoriile Bump (implicit -0.4)

-DIVRidicat#.#
Diviziune pentru categoriile de contact (implicit 0.25)

-MINOCcupanta#.#
Ocuparea sub aceasta este egală cu zero (implicit 0.02)

-Element
adăugați butoane principale pentru diferite elemente în ieșirea kin

-NOHBOUT
nu scoateți contacte pentru HBonds

-NOCLASHOUT
nu scoateți contacte pentru ciocniri

-NOVDWOUT
nu scoateți contacte pentru interacțiunile van der Waals

-NUMAI BADOUT
onlybadout iese ciocniri proaste (contacte suprapuse severe)

-REZUMAT
ieșire lista rezumată de contacte și confruntări

-O LINIE
listă rezumată de ieșire pe o linie

- NOTIFICARI
nu afișați simbolul cu numele reziduului în timpul procesării

-STDBOND-uri
presupunem doar modele standard de lipire în reziduurile standard

-NEPARENT
nu leagă hidrogenii pe baza tabelului de atomi grei părinte

-SEGID utilizați câmpul PDB SegID pentru a discrimina între reziduuri

-OLDU generează stil vechi -u ieșire: kissEdge2BullsEye etc

- Verboză
modul verbos (implicit)

-Referinţă
afișează șirul de referință

-Schimbări
afișează o listă cu modificările programului

-Liniște modul silențios

-Ajutor afișați notificarea de ajutor extinsă (include alte semnalizări)

-VERSIUNE
versiunea cu o linie la stdout

Elemente de model: (trebuie puse între ghilimele pe linia de comandă)

FILE# în fișierul #

MODEL# în modelul #

CHAINaa
în cadrul lanțului a

SEGaaaa
identificatorul de segment aaaa (unde _ reprezintă gol)

ALTa conformație alternativă a

ATOMaaaa
numele atomului aaaa (unde _ reprezintă gol) (se folosesc toate cele 4 caractere, astfel încât H ar fi
ATOM_H__)

RESaaa reziduu aaa

# reziduu #

#a reziduu #, introduceți a

#-# interval de reziduuri # (introduceți codurile ignorate)

un tip de reziduu cu coduri cu o literă (de ex. y)

aaa tip de reziduu prin coduri cu trei litere (de ex. tyr)

TOATE, PROTEINE, MC, SC, BAZĂ, ALPHA, BETA, AZOT, CARBON,
OXIGEN, SULF, FOSFOR, HIDROGEN, METAL, POLAR,
NONPOLAR, ÎNCĂRCAT, DONATOR, ACEPTOR, AROMATICE, METIL, HET, APA, ADN, ARN

toți sau un subset al atomilor

OLT# Ocupare mai mică de # (procent întreg)

OGT# Ocupare mai mare de # (procent întreg)

BLT# Valoare B mai mică decât # (întreg)

BGT# Valoare B mai mare decât # (întreg)

INSa Introduceți codul a (unde _ reprezintă necompletat)

ÎN #.# DE #.#, #.#, #.#
atomi la distanță de punct

Modelele pot fi combinate în liste separate prin virgulă, cum ar fi „trp,phe,tyr” care înseamnă
TRP sau PHE sau TYR.

Modelele care sunt separate de spații libere trebuie să fie toate adevărate, cum ar fi „chainb 1-5” care înseamnă
reziduurile de la 1 la 5 din lanțul B.

De asemenea, puteți grupa modele cu paranteze, puteți separa mai multe modele cu |
însemnând „sau” și alegeți complementul cu NOT ca în „nu fișier1” adică nu în
dosarul 1.

Un fișier autobondrot este similar cu alte fișiere de intrare PDB, dar include informații
identificarea atomilor supuşi rotaţiilor şi altor transformări.

Exemplu de fragment de fișier autobondrot care arată rotația legăturii Calpha-Cbeta și un periodic
funcţie de penalizare la torsiune pentru această rotaţie

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Comenzile Autobondrot folosesc două puncte pentru a separa valorile Transformări:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # manechin

Funcții de polarizare:
COS:scale:phaseOffset:frecvență POLY:scale:offset:polinomialDegree CONST:valoare

Ramificare:
SALVARE și RESTAURARE sau „(” și „)”

(de exemplu, pentru a roti fiecare Chi și metilurile pentru izoleucină

secvența este: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Setați orientarea: GO:angle1:angle2:... Includeți fișiere: @filename Comentarii:
# text de comentariu

probe: versiunea 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word

Utilizați king-probe online folosind serviciile onworks.net