EnglezăFrancezăSpaniolă

Ad


Favicon OnWorks

linzi - Online în cloud

Rulați linsi în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks prin Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS

Aceasta este comanda linsi care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS

PROGRAM:

NUME


mafft - Program de aliniere multiplă pentru secvențe de aminoacizi sau nucleotide

REZUMAT


mafft [Opțiuni] intrare [> producție]

asa de intrare [> producție]

ginsi intrare [> producție]

einsi intrare [> producție]

fftnsi intrare [> producție]

fftns intrare [> producție]

nwns intrare [> producție]

nwnsi intrare [> producție]

mafft-profil group1 group2 [> producție]

intrare, group1 și group2 trebuie să fie în format FASTA.

DESCRIERE


MAFFT este un program de aliniere a secvențelor multiple pentru sisteme de operare asemănătoare Unix. Ofera
o serie de metode de aliniere multiple.

Orientat spre precizie metode:
· L-INS-i (probabil cel mai precis; recomandat pentru <200 secvențe; rafinare iterativă
metodă care încorporează informații locale de aliniere perechi):

mafft --localpair --maxiterare 1000 intrare [> producție]

asa de intrare [> producție]

· G-INS-i (potrivit pentru secvențe de lungimi similare; recomandat pentru <200 secvențe;
metoda iterativă de rafinare care încorporează informații globale de aliniere în perechi):

mafft --globalpair --maxiterare 1000 intrare [> producție]

ginsi intrare [> producție]

· E-INS-i (potrivit pentru secvențe care conțin regiuni mari nealiniabile; recomandat pentru
<200 secvențe):

mafft --ep 0 --genafpair --maxiterare 1000 intrare [> producție]

einsi intrare [> producție]

Pentru E-INS-i, --ep 0 se recomandă opțiunea pentru a permite goluri mari.

Orientat spre viteza metode:
· FFT-NS-i (metoda de rafinare iterativă; numai două cicluri):

mafft --retree 2 --maxiterare 2 intrare [> producție]

fftnsi intrare [> producție]

· FFT-NS-i (metoda de rafinare iterativă; max. 1000 de iterații):

mafft --retree 2 --maxiterare 1000 intrare [> producție]

· FFT-NS-2 (metoda rapidă; progresivă):

mafft --retree 2 --maxiterare 0 intrare [> producție]

fftns intrare [> producție]

· FFT-NS-1 (foarte rapid; recomandat pentru >2000 secvente; metoda progresiva cu un
arbore ghid):

mafft --retree 1 --maxiterare 0 intrare [> producție]

· NW-NS-i (metoda de rafinare iterativă fără aproximare FFT; numai două cicluri):

mafft --retree 2 --maxiterare 2 --nofft intrare [> producție]

nwnsi intrare [> producție]

· NW-NS-2 (rapid; metoda progresivă fără aproximarea FFT):

mafft --retree 2 --maxiterare 0 --nofft intrare [> producție]

nwns intrare [> producție]

· NW-NS-PartTree-1 (recomandat pentru ~10,000 până la ~50,000 de secvențe; metodă progresivă
cu algoritmul PartTree):

mafft --retree 1 --maxiterare 0 --nofft --parttree intrare [> producție]

De la grup la grup aliniamente

mafft-profil group1 group2 [> producție]

sau:

mafft --maxiterare 1000 --samanta group1 --samanta group2 /dev/null [> producție]

OPŢIUNI


Algoritm
--auto
Selectează automat o strategie adecvată dintre L-INS-i, FFT-NS-i și FFT-NS-2,
în funcție de dimensiunea datelor. Implicit: dezactivat (întotdeauna FFT-NS-2)

--6merpair
Distanța este calculată pe baza numărului de 6meri partajați. Implicit: activat

--globalpair
Toate aliniamentele pe perechi sunt calculate cu algoritmul Needleman-Wunsch. Mai mult
precis, dar mai lent decât --6merpair. Potrivit pentru un set de aliniabil global
secvente. Se aplică până la ~200 de secvențe. O combinație cu --maxiterate 1000
este recomandat (G-INS-i). Implicit: dezactivat (se utilizează distanța de 6 metri)

--localpair
Toate aliniamentele pe perechi sunt calculate cu algoritmul Smith-Waterman. Mai exact
dar mai lent decât --6merpair. Potrivit pentru un set de secvențe aliniabile local.
Se aplică până la ~200 de secvențe. O combinație cu --maxiterate 1000 este
recomandat (L-INS-i). Implicit: dezactivat (se utilizează distanța de 6 metri)

--genafpair
Toate aliniamentele perechi sunt calculate cu un algoritm local cu generalizat
costul decalajului afin (Altschul 1998). Mai precis, dar mai lent decât --6merpair. Potrivit
când sunt de așteptat lacune interne mari. Se aplică până la ~200 de secvențe. A
se recomandă combinarea cu --maxiterate 1000 (E-INS-i). Implicit: oprit (6mer
se folosește distanța)

--fastapair
Toate aliniamentele pe perechi sunt calculate cu FASTA (Pearson și Lipman 1988). FASTA este
necesar. Implicit: dezactivat (se utilizează distanța de 6 metri)

--weighti număr
Factorul de ponderare pentru termenul de consistență calculat din aliniamente pe perechi. Valabil
când oricare dintre --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair sau --blastpair este
selectat. Implicit: 2.7

--retree număr
Arborele ghid este construit număr ori în stadiul progresiv. Valabil cu o distanta de 6m.
Implicit: 2

--maxiterare număr
număr se realizează cicluri de rafinare iterativă. Implicit: 0

--fft
Utilizați aproximarea FFT în alinierea grup-la-grup. Implicit: activat

--nofft
Nu utilizați aproximarea FFT în alinierea grup-la-grup. Implicit: dezactivat

--niciun scor
Scorul de aliniere nu este verificat în etapa de rafinare iterativă. Implicit: dezactivat (scor
este bifat)

--memsave
Utilizați algoritmul Myers-Miller (1988). Implicit: pornit automat când
lungimea de aliniere depășește 10,000 (aa/nt).

--parttree
Utilizați o metodă rapidă de construire a copacilor (PartTree, Katoh și Toh 2007) cu distanța de 6 metri.
Recomandat pentru un număr mare (> ~10,000) de secvențe sunt introduse. Implicit: dezactivat

--dpparttree
Algoritmul PartTree este utilizat cu distanțele bazate pe DP. Puțin mai precis și
mai lent decât --parttree. Recomandat pentru un număr mare (> ~10,000) de secvențe sunt
intrare. Implicit: dezactivat

--fastaparttree
Algoritmul PartTree este utilizat cu distanțele bazate pe FASTA. Puțin mai precis
și mai lent decât --parttree. Recomandat pentru un număr mare (> ~10,000) de secvențe
sunt introduse. Este necesar FASTA. Implicit: dezactivat

--partsize număr
Numărul de partiții din algoritmul PartTree. Implicit: 50

--mărimea grupului număr
Nu faceți alinierea mai mare decât număr secvente. Valabil numai cu --*parttree
Opțiuni. Implicit: numărul de secvențe de intrare

Parametru
--op număr
Penalizare de deschidere a golului la alinierea grup-la-grup. Implicit: 1.53

--ep număr
Valoare de compensare, care funcționează ca o penalizare pentru extinderea decalajului, pentru alinierea de la un grup la altul.
Implicit: 0.123

--lop număr
Penalizare de deschidere a golului la alinierea locală pe perechi. Valabil când --localpair sau
Opțiunea --genafpair este selectată. Implicit: -2.00

--lep număr
Valoarea offset la alinierea locală pe perechi. Valabil când --localpair sau --genafpair
este selectată opțiunea. Implicit: 0.1

--lex număr
Penalizare de extindere a golului la alinierea locală pe perechi. Valabil când --localpair sau
Opțiunea --genafpair este selectată. Implicit: -0.1

--LOP număr
Penalizare de deschidere a golului pentru a sări peste aliniament. Valabil când opțiunea --genafpair este
selectat. Implicit: -6.00

--LEXP număr
Penalizare pentru extinderea golului pentru a omite alinierea. Valabil când opțiunea --genafpair este
selectat. Implicit: 0.00

--bl număr
BLOSUM număr se utilizează matricea (Henikoff și Henikoff 1992). număr=30, 45, 62 sau 80.
Implicit: 62

--jtt număr
JTT PAM număr (Jones et al. 1992) este utilizată matricea. număr>0. Implicit: BLOSUM62

--tm număr
PAM transmembranar număr (Jones et al. 1994) este utilizată matricea. număr>0. Mod implicit:
BLOSUM62

--aamatrix matrixfile
Utilizați o matrice de punctaj AA definită de utilizator. Formatul de matrixfile este la fel cu cel al
EXPLOZIE. Ignorat atunci când sunt introduse secvențe de nucleotide. Implicit: BLOSUM62

--fmodel
Încorporați informațiile despre compoziția AA/nuc în matricea de scor. Implicit: dezactivat

producție
--clustalout
Format de ieșire: format clustal. Implicit: dezactivat (format fast)

--inputorder
Ordinea de ieșire: aceeași ca și intrare. Implicit: activat

--reordonare
Ordine de ieșire: aliniat. Implicit: dezactivat (inputorder)

--treeout
Arborele de ghidare este scos la intrarefișier .tree. Implicit: dezactivat

--Liniște
Nu raportați progresul. Implicit: dezactivat

Intrare
--nuc
Să presupunem că secvențele sunt nucleotide. Implicit: automat

--amino
Să presupunem că secvențele sunt aminoacizi. Implicit: automat

--samanta alinierea1 [--samanta alinierea2 --samanta alinierea3 ...]
Alinierea semințelor date în aliniere_n (format fast) sunt aliniate cu secvențele în
intrare. Alinierea în fiecare sămânță este păstrată.

Utilizați linsi online folosind serviciile onworks.net


Servere și stații de lucru gratuite

Descărcați aplicații Windows și Linux

  • 1
    Phaser
    Phaser
    Phaser este o deschidere rapidă, gratuită și distractivă
    cadru de joc HTML5 sursă care oferă
    Redare WebGL și Canvas
    browsere web desktop și mobile. Jocuri
    poate fi co...
    Descărcați Phaser
  • 2
    Motor VASSAL
    Motor VASSAL
    VASSAL este un motor de joc pentru creare
    versiuni electronice ale plăcii tradiționale
    și jocuri de cărți. Oferă suport pentru
    redarea și interacțiunea pieselor de joc,
    și ...
    Descărcați VASSAL Engine
  • 3
    OpenPDF - Furk of iText
    OpenPDF - Furk of iText
    OpenPDF este o bibliotecă Java pentru creare
    și editarea fișierelor PDF cu un LGPL și
    Licență open source MPL. OpenPDF este
    Succesorul LGPL/MPL open source al iText,
    o ...
    Descărcați OpenPDF - Furk of iText
  • 4
    SAGA GIS
    SAGA GIS
    SAGA - Sistem pentru automatizare
    Analize Geoștiințifice - este un Geografic
    Sistemul informatic (GIS) software cu
    capacități imense pentru geodate
    procesare și ana...
    Descărcați SAGA GIS
  • 5
    Caseta de instrumente pentru Java/JTOpen
    Caseta de instrumente pentru Java/JTOpen
    IBM Toolbox for Java / JTOpen este un
    biblioteca de clase Java care acceptă
    programare client/server și internet
    modele către un sistem care rulează OS/400,
    i5/OS, o...
    Descărcați Toolbox pentru Java/JTOpen
  • 6
    D3.js
    D3.js
    D3.js (sau D3 pentru documente bazate pe date)
    este o bibliotecă JavaScript care vă permite
    pentru a produce date dinamice, interactive
    vizualizări în browsere web. Cu D3
    tu...
    Descărcați D3.js
  • Mai mult »

Comenzi Linux

Ad