Aceasta este comanda loadPulses care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
loadPulses - încărcare informații despre impulsuri de secvențiere
REZUMAT
încărcarePulsuri basFileName cmpFileName [Opțiuni]
DESCRIERE
încărcarePulsuri încarcă informații despre impulsuri de secvențiere, cum ar fi distanța sau calitatea între impulsuri
informații în fișierul cmp.h5. Acest lucru vă permite să analizați cinetica și calitatea
informații prin coloana de aliniere.
OPŢIUNI
basFileName
Intrarea {bas,pls}.h5 sau input.fofn.
cmpFileName
Fișierul cmp.h5 în care să încărcați informații despre puls.
- metrica valoare
O listă de valori separate prin virgulă (fără spații).
Opțiunile valide sunt:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Light, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex
Opțiunile implicite sunt:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
Ieșiți dacă lipsesc câmpuri de date din intrarea bas.h5 sau pls.h5 care sunt
necesar pentru a încărca o valoare. Defualt este un avertisment.
-citit
Încărcați informații despre puls prin citire, mai degrabă decât prin stocarea în tampon.
-bymetric
Încărcați informații despre puls în funcție de metrică și nu de citire. Aceasta folosește mai multă memorie decât
-citit, dar poate fi mai rapid.
-maxElements valoare
Setați o limită pentru dimensiunea fișierului pls/bas cu care să vă stocați -bymetric (valoare implicită:
maxim int). Utilizare -citit dacă limita este depăşită.
-maxMemory valoare
Setați o limită (în GB) pentru memorie pentru a stoca datele -bymetric (valoare implicită: 4
GB). Utilizare -citit dacă limita este depăşită.
-metaNElements valoare
Setați numărul de elemente în memoria cache de metadate pentru citirea fișierului bas/bax/pls.h5.
-rawNElementsvaloare
Setați numărul de elemente în memoria cache a datelor brute pentru citirea fișierului bas/bax/pls.h5.
-rawChunkSize valoare
Setați dimensiunea unei părți a memoriei cache a datelor brute pentru citirea fișierului bas/bax/pls.h5.
Utilizați loadPulses online folosind serviciile onworks.net
