mauveAligner - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mauveAligner - construind eficient mai multe aliniamente ale genomului

REZUMAT

mauveAligner [opțiuni] ...
nume de fișier>

DESCRIERE

Algoritmii de aliniere mauveAligner și progressiveMauve au fost implementați ca
programe de linie de comandă incluse cu software-ul descărcabil Mauve. Când fugi de la
linia de comandă, aceste programe oferă opțiuni care nu sunt încă disponibile în interfața grafică.

OPŢIUNI

--ieșire=Numele fișierului de ieșire.
Imprimă implicit pe ecran

--mamici Găsiți numai MUM, nu încercați să determinați blocuri local coliniare (LCB)

--fără-recursiune Nu efectuați identificarea recursivă a ancorei (implică
--no-gapped-alignment)

--no-lcb-extensie Dacă determinați LCB-uri, nu încercați să extindeți LCB-urile

--dimensiunea-seminței=Dimensiunea inițială a potrivirii semințelor, implicit este log_2 (lungimea medie a secv.)

--max-extension-iterations=Limitați extensiile LCB la acest număr de încercări,
implicit este 4

--elimină-incluziunile Eliminați incluziunile legate în potrivirile subsetului.

--greutate=Greutatea LCB minimă în perechi de baze per secvență

--match-input=Utilizați fișierul de potrivire specificat în loc să căutați potriviri

--lcb-match-input Indică faptul că fișierul de intrare pentru potriviri conține potriviri care au fost
grupate în LCB-uri

--lcb-input=Utilizați fișierul lcb specificat în loc să construiți LCB-uri (omite LCB
generaţie)

--scratch-path=Pentru genomi mari, utilizați un director pentru stocarea datelor temporare.
Ar trebui să fie dat de două sau mai multe ori cu căi diferite.

--id-matrix=Generați statistici LCB și scrieți-le în fișierul specificat

--mărimea-insulei=Găsiți insule mai mari decât numărul dat

--insula-output=Insulele de ieșire fișierul dat (necesită --dimensiunea-insulei)

--backbone-size=Găsiți întinderi ale coloanei vertebrale mai lungi decât numărul dat de bp

--max-backbone-gap=Permiteți coloana vertebrală să fie întreruptă de goluri de până la această lungime
bp

--backbone-output=Insulele de ieșire fișierul dat (necesită --dimensiunea-insulei)

--acoperire-ieșire=Ieșiți o listă de acoperire în fișierul specificat (- pentru stdout)

--se repetă Generează o hartă repetată. Poate fi specificată o singură secvență

--output-guide-tree=Scrieți un arbore ghid pentru fișierul desemnat

--coliniar Să presupunem că secvențele de intrare sunt coliniare - nu au rearanjamente

Gapped aliniere controale:
--no-gapped-alignment Nu efectuați o aliniere cu goluri

--max-gapped-aligner-length=Numărul maxim de perechi de baze cu care să încercați alinierea
alinierul cu gol

--min-recursive-gap-length=Dimensiunea minimă a spațiilor pe care Mauve le va efectua recursiv
Ancorarea MUM activată (implicit este 200)

Semnat permutare matrice opţiuni:
--permutation-matrix-output=Scrieți LCB-urile ca o matrice de permutare semnată la
fisierul dat

--permutation-matrix-min-weight=Pentru fiecare va fi scrisă o matrice de permutare
set de LCB-uri cu greutate între această valoare și valoarea lui --greutate

Aliniere producție opţiuni:
--alignment-output-dir=Emite un set de fișiere de aliniere (unul per LCB) la a
directorul dat

--alignment-output-format=Selectează formatul de ieșire pentru --alignment-output-dir

--output-alignment=Scrieți o aliniere în format XMFA la fișierul desemnat

Formatele de ieșire de aliniere acceptate sunt: ​​phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Utilizați mauveAligner online folosind serviciile onworks.net