Aceasta este comanda mcmc_analysis care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
mcmc_analysis - Analiza MCMC
REZUMAT
mcmc_analysis [OPŢIUNI] MCMC-date ...
DESCRIERE
Acest program citește ieșirea MCMC, dintr-unul sau mai multe fișiere, din programele din BEEP
pachet. Este important ca aceleași coloane să fie prezente în fiecare fișier de intrare.
Formatul de intrare:
Ieșire din iterațiile MCMC pe format
Unde
este logaritmul probabilității în format flotant
este un spațiu alb pentru tabele care separă câmpurile
este un număr întreg pentru ordinalul iterației
este o listă de câmpuri separate prin punct și virgulă care conțin
parametrii MCMC.
Parametrii MCMC sunt introduși și denumiți de prima linie din fișier,
care este pe format
# L N [ ( )]+
Numele ar trebui să fie unice, dar nu trebuie să fie. The este unul
of
pluti
logfloat
întreg
copac
ortologie perechi
și folosit pentru a deduce cum să analizați și să analizați restul liniilor.
Format de iesire:
Un raport despre rularea MCMC, cu estimări posterioare ale parametrilor.
OPŢIUNI
-b [FLOAT|INT]
Procentul (0 <= x <1) sau numărul (x este întreg >= 1) al intrării care urmează să fie
aruncat ca ardere. Implicit: 0.1.
-p STRING
Trasează parametrul numit . Ieșirea este pe două coloane, numărul iterației și
valoarea parametrului în iterație.
-i STRING
Ignorați parametrul numit. Consultați linia antetului din ieșirea MCMC pentru numele coloanelor. Tu
poate denumi mai multe coloane simultan folosind un format delimitat prin virgulă (de exemplu -i
Lungime, Nume). Nu sunt permise spații între numele coloanelor.
-t Ieșiți LaTex pentru analiză.
-l Numărați și raportați numărul de mostre din fișierul de intrare.
-mp NT Numărul maxim de puncte de reprezentat.
-sp Indicați în mod explicit punctele din diagrame.
-coda Fișier de ieșire pentru pachetul CODA în R
-codatrees
La fel ca -coda, dar include parametrii arborelui. Fiecare arbore este scos ca un ID întreg
(ordinea de vizitare în lanț, 1,2,...). Asigurați-vă că utilizați -i pentru a ascunde orice copac
conținând lungimi/timpi/rate.
-P Lanțuri paralele. Aceasta implică faptul că sunt listate mai multe fișiere de mostre (paralele).
URL-ul
Pagina de pornire a prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
Utilizați mcmc_analysis online folosind serviciile onworks.net
