mincreshape - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mincreshape - decupează o hiperslabă dintr-un fișier minc (cu reordonarea dimensiunilor)

REZUMAT

mincreshape [ ] .mnc .mnc

DESCRIERE

Mincreshape's sarcina principală este să tăiați un hyperslab dintr-un fișier minc și să îl puneți într-un fișier nou
fișier minc. „Ce este o hiperslabă?”, întrebați. Este pur și simplu o cutie multidimensională specificată
cu un indice de pornire (un vector care oferă o coordonată voxel) și un vector de numărare (un număr de
voxeli de-a lungul fiecărei axe). O singură felie dintr-un volum este o hiperslabă (cu un număr de 1
în direcția feliei), un bloc mic scos dintr-un volum mare este o hiperslabă, a
un singur volum de ecou dintr-un set de date RMN cu ecouri multiple este un hyperslab, un punct de timp dintr-un
achiziția dinamică este o hiperslabă - ați înțeles ideea. Verificați -start, -numara și
-dimrange opțiuni pentru mai multe detalii despre cum să faceți acest lucru (și uitați-vă la exemple!). daca tu
trageți doar un punct de-a lungul unei dimensiuni, aveți opțiunea de a face
dimensiunea dispare, deci mincreshape vă oferă capacitatea de a reduce dimensionalitatea
un fișier minc. De asemenea, nu sunteți constrâns să specificați o hiperslabă care se află numai în interior
fișierul de intrare, vă puteți extinde dincolo de limitele dimensiunilor din fișierul de intrare și
în plus, puteți da un număr care va inversa datele de-a lungul unei dimensiuni.

De parcă toate acestea nu ar fi de ajuns, mincreshape are capacitatea de a reordona dimensiunile. Cel mai
Cazul evident este conversia unei imagini transversale într-o imagine coronală. Dar puteți tasta a
lista de nume de dimensiuni pentru a obține o ordine arbitrară a dimensiunilor.

Vrei mai mult!?! Bine bine. Mincreshape face toate operațiunile ICV din biblioteca minc
disponibil pe linia de comandă. Pentru cei cărora le plac lucrurile definite, un ICV este o imagine
variabilă de conversie (nu mă întrebați de ce am numit-o așa) care, practic, vă permite să spuneți
date cum va arăta. Cu alte cuvinte, face o grămadă de conversii pentru tine.
Aceste conversii includ schimbarea tipului, intervalului și normalizarea valorilor voxelului,
extinderea sau contractarea imaginilor (prin duplicare voxel sau mediere) pentru a da un specificat
dimensiunea imaginii și conversia imaginilor vectoriale în scalare.

Ca să nu te încurci, hai să-ți spun clar aici: mincreshape face toate
Mai întâi conversiile ICV și apoi se aplică chestiile de recomandă hiperslab și dimensiuni
rezultatul acela. Deci, dacă doriți să le amestecați împreună (cum ar fi -imgsize, -start, -numara),
mai întâi să-ți fie clar în cap.

Bine, ține-ți locul: iată o listă de opțiuni.

OPŢIUNI

Rețineți că opțiunile pot fi specificate sub formă abreviată (atâta timp cât sunt unice) și
poate fi dat oriunde pe linia de comandă.

General Opțiuni

-2 Creați fișiere de ieșire în format MINC 2.0.

- clobber
Suprascrieți un fișier existent.

-noclobber
Nu suprascrieți un fișier existent (implicit).

-verbos
Imprimați informațiile despre progres pentru fiecare bucată de date copiată (implicit). O bucată
variază în dimensiune, în mare parte, în funcție de dacă re-comandați dimensiunile sau nu și
cât de mare este permis să fie tamponul intern.

-Liniște Nu tipăriți informații despre progres.

-max_chunk_size_in_kb mărimea
Specificați dimensiunea maximă a memoriei tampon de copiere (în kbytes). Implicit este 4096 kbytes
(4meg).

Imagine convertire Opțiuni (pixel tip și gamă):

Valoarea implicită pentru tip, semn și interval valid este de a folosi cele ale fișierului de intrare. Dacă tipul este
specificat, atunci atât semnul, cât și intervalul valid sunt setate la valoarea implicită pentru acel tip. Dacă semnul este
specificat, atunci intervalul valid este setat la valoarea implicită pentru tip și semn.

-tip fișier
Nu faceți nicio conversie de tip (implicit).

-octet Stocați voxelii de ieșire în format întreg de 8 biți.

-mic de statura Stocați voxelii de ieșire în format întreg de 16 biți.

-int Stocați voxelii de ieșire în format întreg de 32 biți.

-lung Inlocuit de -int.

-pluti Stocați voxelii de ieșire în format de virgulă mobilă pe 32 de biți.

-dubla
Stocați voxelii de ieșire în format de virgulă mobilă pe 64 de biți.

-semnat
Scrieți valorile ca numere întregi cu semn (implicit pentru scurt și lung). Ignorat pentru
tipuri de virgulă mobilă.

-nesemnat
Scrieți valorile ca numere întregi fără semn (implicit pentru octet). Ignorat pentru plutire
tipuri de puncte.

-gamă_validă minute max
specifică intervalul valid de valori ale voxelului de ieșire în reprezentarea lor întreagă.
Implicit este intervalul complet pentru tip și semn. Această opțiune este ignorată pentru
valori în virgulă mobilă.

-gamă_imagine minute max
Normalizați imaginile la o valoare reală minimă și maximă dată (nu valoarea voxelului).

-normaliza
Normalizați imaginile la minim și maxim real pentru întregul fișier de intrare.

-nenormalizeze
Nu normalizați imaginile (implicit).

-nopixfill
Nu convertiți valorile în afara intervalului în fișierul de intrare, doar copiați-le.

-pixfill
Înlocuiți valorile în afara intervalului din fișierul de intrare cu cea mai mică valoare posibilă (implicit).

-pixfillvalue valoare
Specificați o nouă valoare a pixelilor pentru a înlocui valorile în afara intervalului în fișierul de intrare.

Imagine convertire Opțiuni (dimensiune direcţie și mărimea):

-scalar
Conversia imaginilor vectoriale în imagini scalare (o imagine vectorială este una cu dimensiune_vectorală
ca dimensiune care variază cel mai rapid). Dimensiunea vectorială este eliminată, iar valorile sunt
mediat.

-noscalar
Nu convertiți imagini vectoriale în imagini scalare (implicit).

+direcție
Întoarceți imaginile pentru a oferi o valoare pozitivă a pasului pentru axele spațiale. Rețineți că răsturnarea
axelor spațiale se aplică doar „dimensiunilor imaginii”. Acestea sunt cele două cele mai rapide
dimensiuni variabile (non-vectorale) în fișier. Dacă doriți să răsturnați o non-imagine
dimensiune, o puteți converti într-o dimensiune de imagine cu -dimsize dimname= -1 (
-1 înseamnă că nu schimbați cu adevărat dimensiunea). Consultați exemplele.

-direcţie
Întoarceți imaginile pentru a oferi o valoare negativă a pasului pentru axele spațiale.

-orice direcție
Nu răsturnați imaginile de-a lungul axelor spațiale (implicit).

+xdirecție
Întoarceți imaginile pentru a da valoarea xspace:step pozitivă (de la stânga la dreapta).

-xdirecție
Întoarceți imaginile pentru a da valoare negativă xspace:step (de la dreapta la stânga).

-xanydirectie
Nu răsturnați imaginile de-a lungul axei x.

+ydirecție
Întoarceți imaginile pentru a oferi o valoare pozitivă pentru yspace:step (de la spate la anterior).

-ydirecția
Întoarceți imaginile pentru a da valoare negativă yspace:step (anterior spre posterior).

-Yanydirection
Nu răsturnați imaginile de-a lungul axei y.

+zdirecție
Întoarceți imaginile pentru a da o valoare pozitivă pentru zspace:step (inferioară la superioară).

-zdirecție
Întoarceți imaginile pentru a da o valoare negativă zspace:step (de la superioară la inferioară).

-zanydirection
Nu răsturnați imaginile de-a lungul axei z.

-aspect
Păstrați raportul de aspect la redimensionarea imaginilor. Aceasta înseamnă că voxelii sunt replicați
(sau mediat) de același număr de ori de-a lungul fiecărei dimensiuni a imaginii.

-nokeepaspect
Nu forțați păstrarea raportului de aspect la redimensionarea imaginilor (implicit).

-imgsize mărimea
Specificați dimensiunea dorită a imaginii (utilizată dacă -dimensiunea rândurilor or -colsize nu li se acordă).

-dimensiunea rândurilor mărimea
Specificați numărul dorit de rânduri din imagine.

-colsize mărimea
Specificați numărul dorit de coloane din imagine.

-dimsize dimensiune=mărimea
Specificați dimensiunea unei dimensiuni numite (dimensiune=mărimea). Rețineți că doar redimensionarea
se aplică „dimensiunilor imaginii” - de obicei cele două care variază cel mai rapid (non-vector)
dimensiuni. Pentru a redimensiona dimensiunea, toate dimensiunile care variază cel mai rapid până la
dimensiunea numită sunt transformate în dimensiuni de imagine, iar acestea sunt apoi afectate de
opțiunile de direcție. Numele și dimensiunea dimensiunii trebuie să fie într-o singură linie de comandă
argument, deci dacă folosiți spații (ceea ce este în regulă), nu uitați să folosiți ghilimele pentru a le ascunde
din coajă.

reprofilare opţiuni:

-transversal
Scrieți felii transversale.

-sagital
Scrieți feliile sagitale.

-coronal
Scrieți feliile coronale.

- tulburare dim1,dim2,dim3, ...
Specificați ordinea dimensiunilor, unde slab? sunt denumirile dimensiunilor. Poti sa dai
mai puține dimensiuni decât există în fișier: se presupune că acestea variază cel mai rapid
dimensiuni în fișierul de ieșire (deci -transversal este exact echivalent cu - tulburare
zspace,yspace,xspace). Din nou, sunt permise spații între nume, dar nu uitați
ascunde-le de coajă cu ghilimele.

-dimrange vag=Începe[,conta]
Specificați intervalul de indice de dimensiune pentru dimensiune vag. Dacă conta lipsește sau
0, atunci se consideră că înseamnă 1, dar eliminați dimensiunea din fișierul de ieșire (a
numărul de 1 va păstra o dimensiune de mărime 1). Un negativ conta înseamnă inversarea datelor
de-a lungul acelei dimensiuni – în acest caz Începe specifică cea mai mare coordonată voxel
pentru dimensiunea (-dimrange xspațiu=3,-3 oferă o versiune inversată a
-dimrange xspațiu=1,3). Opțiunile -start și -numara oferi o modalitate alternativă de
specifica aceleasi informatii.

-start coord0,coord1,coord2, ...

Specifică colțul de pornire al hyperslabului (coordonatele merg de la cea mai lentă variație
dimensiunea cea mai rapidă). Dacă sunt date mai puține coordonate decât dimensiunile există în
fișier, atunci se presupune că se aplică celor mai lente dimensiuni variabile și
coordonatele rămase sunt setate la 0. Vezi -dimrange pentru mai multe detalii. Ambii -start și
-numara dați vectori care corespund dimensiunilor fișierului de intrare după imagine
au fost aplicate opțiunile de conversie (ICV).

-numara size0,size1,size2, ...
Specifică lungimile marginilor hiperslabului de citit (coordonatele merg de la cea mai lentă variație
dimensiunea cea mai rapidă). Dacă sunt date mai puține dimensiuni decât dimensiunile existente în fișier,
apoi se presupune că se aplică dimensiunilor variabile cele mai lente și celor rămase
dimensiunile sunt setate la dimensiunea completă a dimensiunii. Vedea -dimrange pentru mai multe detalii.
Ambele -start și -numara dați vectori care corespund dimensiunilor fișierului de intrare după
au fost aplicate opțiunile de conversie a imaginii (ICV).

Dispărut de date opţiuni:

- fără umplere
Utilizați valoarea zero pentru punctele din afara volumului de intrare (implicit).

-completati Utilizați o valoare de umplere pentru punctele din afara volumului de intrare (valoare minimă posibilă).

-valoare de umplere valoare
Specificați o valoare de umplere pentru punctele din afara volumului de intrare (aceasta este o valoare reală,
nu o valoare de pixeli).

General Opțiuni pentru toate comenzi:

-Ajutor Imprimați rezumatul opțiunilor din linia de comandă și ieșiți.

-versiune
Tipăriți numărul versiunii programului și ieșiți.

EXEMPLE:

Să presupunem că avem un volum cu dimensiunile zspace, yspace, xspace (acesta este transversal)
și mărimile 128, 256, 256. Dacă vrem să obținem felia 40 din el (păstrând coordonatele
informații pentru dimensiunea zspace), atunci putem folosi

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,1

Alternativ, am putea folosi

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

Sau simplu

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40 -count 1

Dacă am dori să scăpăm de dimensiunea zspace, am putea folosi

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,0

Să scoatem un bloc din mijloc și să-l răsturnăm de-a lungul xspace:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-start 40,10,240 -numara 1,200,-200

Dar de ce să ne reținem? Să ieșim din limite:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-începe 40,-100,340 -numărare 1,200,-200

Dacă doriți un volum sagital, utilizați acesta:

mincreshape original.mnc nou.mnc -sagittal

Ce zici de niște capete laterale - flip x și y. Și convertiți în octet pentru a economisi spațiu în timp ce
suntem la asta:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

Vă place să stocați volumele în ordinea x,y,z (acesta este z care variază cel mai repede! Cunosc unii oameni care
Fă-o!)? Bine.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

Dar ești un minimalist (și nu te deranjează să ai riscuri). Iată același lucru (dar asta
s-ar putea rupe pentru alt fișier):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

Să ne asigurăm că toate dimensiunile au un atribut pas negativ (vezi opțiunea +direcție
pentru cateva detalii):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace=-1

Utilizați mincreshape online folosind serviciile onworks.net