Aceasta este comanda subread-align care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
subread-align - un alinier precis și eficient pentru cartografierea ambelor citiri genomice ADN-seq
și citirile ARN-seq (în scopul analizei expresiei)
UTILIZARE
subcitire-aliniere [Opțiuni] -i -r -o -t
Argumente necesare:
-i
Numele de bază al indexului.
-r
Numele fișierului de intrare. Formate de intrare, inclusiv gzipped fastq, fastq și fasta can
fi detectat automat. Dacă este asociat, acesta ar trebui să dea numele fișierului
inclusiv primele citiri.
-t
Tipul datelor de secvențiere de intrare. Valorile sale includ 0: date ARN-seq 1: genomic
date DNA-seq.
Argumente opționale:
-o
Numele fișierului de ieșire. În mod implicit, rezultatul este în format BAM.
-n
Numărul de sublecturi selectate, 10 implicit.
-m
Pragul de consens pentru raportarea unei accesări (număr minim de subcitiri care se mapează în
consens). Dacă este asociat, aceasta oferă pragul de consens pentru citirea ancorei.
3 în mod implicit
-M
Specificați numărul maxim de baze nepotrivite permise în aliniere. 3 de către
Mod implicit. Nepotrivirile găsite în bazele softclipped nu sunt luate în considerare.
-T
Numărul de fire CPU utilizate, 1 implicit.
-I
Lungimea maximă (în bp) a indelilor care pot fi detectate. 5 implicit. Programul
poate detecta indel-uri de până la 200 bp.
-B
Numărul maxim de locații de cartografiere la fel de bune de raportat. 1 implicit. Notă
acea -u opțiunea are prioritate -B.
-P <3: 6>
Formatul scorurilor Phred în fișierele de intrare, „3” pentru phred+33 și „6” pentru phred+64. '3'
în mod implicit.
-u Raportați numai citirile mapate unic. Numărul de baze potrivite (pentru ARN-seq) sau
bazele nepotrivite (pentru secv. ADN genomic) sunt folosite pentru a rupe legătura.
-b Conversia bazelor de citire a spațiului de culoare în baze de citire a spațiului de bază în rezultatul de cartografiere. Notă
acea cartografiere de citire se realizează în spațiul de culoare.
--sv Detectați variantele structurale (de exemplu, indel lung, inversare, duplicare și
translocare) și raportați punctele de întrerupere. Consultați Ghidul utilizatorului pentru punctul de întrerupere
de raportare.
--SAMinput
Citirile de intrare sunt în format SAM.
--BAMinput
Citirile de intrare sunt în format BAM.
--SAMieșire
Salvați rezultatul mapării în format SAM.
--trim5
A reduce excesul numărul de baze de la capătul 5' al fiecărei citiri. 0 implicit.
--trim3
A reduce excesul numărul de baze de la capătul 3' al fiecărei citiri. 0 implicit.
--rg-id
Adăugați ID-ul grupului de citire la ieșire.
--rg
Adăuga la antetul grupului de citire (RG) din ieșire.
--DPGapOpen Penalizare pentru deschiderea golului în detectarea scurtă a inelului. -1 by
Mod implicit.
--DPGapExt
Penalizare pentru extinderea decalajului în detectarea scurtă a inelului. 0 implicit.
--DPMatch Penalizare pentru nepotriviri în detectarea indelului scurt. 0 de
Mod implicit.
--DPMatch
Scor pentru bazele potrivite în detectarea indelului scurt. 2 implicit.
--complexIndels
Detectați mai multe indeluri scurte care apar concomitent într-o regiune genomică mică
(acești indel-uri ar putea fi cât mai aproape de 1 pb unul de celălalt).
-v Versiunea de ieșire a programului.
Argumente opționale pentru citirile cu sfârșitul pereche:
-R
Numele fișierului, inclusiv a doua citire.
-p
Pragul de consens pentru citirea non-ancoră (primind mai puține voturi decât ancora
citit din aceeași pereche). 1 implicit.
-d
Lungimea minimă a fragmentului/inserției, 50bp implicit.
-D
Lungimea maximă a fragmentului/inserției, 600 bp în mod implicit.
-S
Orientarea primei și celei de-a doua citiri, „fr” în mod implicit (înainte/înapoi).
Consultați Manualul utilizatorului pentru descrierea detaliată a argumentelor.
Utilizați subread-align online folosind serviciile onworks.net
