twofeate - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

twofeat - Găsește perechi vecine de caracteristici în secvență(e)

REZUMAT

twofeat -secvenţă seqall [-o sursă şir] -un fel şir [-un sens listă] [-aminscore pluti]
[-amaxscore pluti] [-o etichetă şir] [-o valoare şir] [-bsursa şir] -btip şir
[-bsens listă] [-bminscore pluti] [-bmaxscore pluti] [-btag şir]
[-bvaloare şir] [-suprapune listă] -minrange întreg -maxrange întreg
[-tipul intervalului listă] [-sens listă] [-Ordin listă] [-două comutare] -tastează şir
-outfile raportează

twofeat -Ajutor

DESCRIERE

twofeat este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul(e) de comenzi „Tabelele de caracteristici”.

OPŢIUNI

Intrare secțiune
-secvenţă seqall

First trăsătură Opțiuni
-o sursă şir
În mod implicit, orice sursă de caracteristici din tabelul de caracteristici este permisă. Puteți seta acest lucru la
potriviți cu orice sursă de caracteristici pe care doriți să o permiteți. Numele sursei este de obicei fie numele
a programului care a detectat caracteristica sau este tabelul de caracteristici (ex: EMBL) care
caracteristica a venit de la. Sursa poate fi wildcarded folosind „*”. Dacă doriți să permiteți
mai mult de o sursă, separă numele lor cu caracterul „|”, de exemplu: genă* | embl
Valoare implicită: *

-un fel şir
În mod implicit, fiecare caracteristică din tabelul de caracteristici este permisă. Puteți seta ca acesta să fie oricare
tipul de caracteristică pe care doriți să-l permiteți. Vedea http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ pentru o listă de
tipurile de caracteristici EMBL și consultați Anexa A a manualului de utilizare Swissprot în
http://www.expasy.org/sprot/userman.html pentru o listă a tipurilor de caracteristici Swissprot.
Tipul poate fi wildcard folosind „*”. Dacă doriți să permiteți mai multe tipuri,
separați numele lor cu caracterul „|”, de exemplu: *UTR | intron Valoare implicită: *

-un sens listă
În mod implicit, orice sens al caracteristicilor este permis. Puteți seta acest lucru pentru a se potrivi cu sensul necesar.

-aminscore pluti
Dacă acesta este mai mare sau egal cu punctajul maxim, atunci orice punctaj este permis.
Valoare implicită: 0.0

-amaxscore pluti
Dacă acesta este mai mic sau egal cu punctajul maxim, atunci orice punctaj este permis.
Valoare implicită: 0.0

-o etichetă şir
Etichetele sunt tipurile de valori suplimentare pe care le poate avea o caracteristică. De exemplu în EMBL
tabel de caracteristici, o caracteristică de tip „CDS” poate avea etichetele „/codon”, „/codon_start”,
„/db_xref”, „/EC_number”, „/evidence”, „/exception”, „/function”, „/gene”, „/label”,
„/map”, „/notă”, „/număr”, „/partial”, „/produs”, „/protein_id”, „/pseudo”,
„/nume_standard”, „/translation”, „/transl_except”, „/transl_table” sau „/usedin”.
Unele dintre aceste etichete au și valori, de exemplu „/gene” poate avea valoarea lui
numele genei. În mod implicit, orice etichetă de caracteristică din tabelul de caracteristici este permisă. Puteți seta
aceasta pentru a se potrivi cu orice etichetă de caracteristică pe care doriți să o permiteți. Eticheta poate fi wildcarded prin utilizarea
„*”. Dacă doriți să permiteți mai mult de o etichetă, separați numele acestora cu caracterul
„|”, de exemplu: gena | label Valoare implicită: *

-o valoare şir
Valorile etichetelor sunt valorile asociate cu o etichetă de caracteristică. Etichetele sunt tipurile de plus
valorile pe care le poate avea o caracteristică. De exemplu, în tabelul de caracteristici EMBL, un tip „CDS” de
caracteristica poate avea etichetele „/codon”, „/codon_start”, „/db_xref”, „/EC_number”,
„/evidence”, „/exception”, „/function”, „/gene”, „/label”, „/map”, „/note”, „/number”,
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
„/transl_except”, „/transl_table” sau „/usedin”. Doar unele dintre aceste etichete pot avea
valorile, de exemplu „/gene” pot avea valoarea numelui genei. Implicit oricare
valoarea etichetei de caracteristici din tabelul de caracteristici este permisă. Puteți seta acest lucru pentru a se potrivi cu oricare
valoarea etichetei de caracteristică pe care doriți să o permiteți. Valoarea etichetei poate fi wildcarded folosind „*”. Dacă
doriți să permiteți mai mult de o valoare de etichetă, separați numele acestora cu caracterul
'|', de exemplu: pax* | 10 Valoare implicită: *

Al doilea trăsătură Opțiuni
-bsursa şir
În mod implicit, orice sursă de caracteristici din tabelul de caracteristici este permisă. Puteți seta acest lucru la
potriviți cu orice sursă de caracteristici pe care doriți să o permiteți. Numele sursei este de obicei fie numele
a programului care a detectat caracteristica sau este tabelul de caracteristici (ex: EMBL) care
caracteristica a venit de la. Sursa poate fi wildcarded folosind „*”. Dacă doriți să permiteți
mai mult de o sursă, separă numele lor cu caracterul „|”, de exemplu: genă* | embl
Valoare implicită: *

-btip şir
În mod implicit, fiecare caracteristică din tabelul de caracteristici este permisă. Puteți seta ca acesta să fie oricare
tipul de caracteristică pe care doriți să-l permiteți. Vedea http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ pentru o listă de
tipurile de caracteristici EMBL și consultați Anexa A a manualului de utilizare Swissprot în
http://www.expasy.org/sprot/userman.html pentru o listă a tipurilor de caracteristici Swissprot.
Tipul poate fi wildcard folosind „*”. Dacă doriți să permiteți mai multe tipuri,
separați numele lor cu caracterul „|”, de exemplu: *UTR | intron Valoare implicită: *

-bsens listă
În mod implicit, orice sens al caracteristicilor este permis. Puteți seta acest lucru pentru a se potrivi cu sensul necesar.

-bminscore pluti
Dacă acesta este mai mare sau egal cu punctajul maxim, atunci orice punctaj este permis.
Valoare implicită: 0.0

-bmaxscore pluti
Dacă acesta este mai mic sau egal cu punctajul maxim, atunci orice punctaj este permis.
Valoare implicită: 0.0

-btag şir
Etichetele sunt tipurile de valori suplimentare pe care le poate avea o caracteristică. De exemplu în EMBL
tabel de caracteristici, o caracteristică de tip „CDS” poate avea etichetele „/codon”, „/codon_start”,
„/db_xref”, „/EC_number”, „/evidence”, „/exception”, „/function”, „/gene”, „/label”,
„/map”, „/notă”, „/număr”, „/partial”, „/produs”, „/protein_id”, „/pseudo”,
„/nume_standard”, „/translation”, „/transl_except”, „/transl_table” sau „/usedin”.
Unele dintre aceste etichete au și valori, de exemplu „/gene” poate avea valoarea lui
numele genei. În mod implicit, orice etichetă de caracteristică din tabelul de caracteristici este permisă. Puteți seta
aceasta pentru a se potrivi cu orice etichetă de caracteristică pe care doriți să o permiteți. Eticheta poate fi wildcarded prin utilizarea
„*”. Dacă doriți să permiteți mai mult de o etichetă, separați numele acestora cu caracterul
„|”, de exemplu: gena | label Valoare implicită: *

-bvaloare şir
Valorile etichetelor sunt valorile asociate cu o etichetă de caracteristică. Etichetele sunt tipurile de plus
valorile pe care le poate avea o caracteristică. De exemplu, în tabelul de caracteristici EMBL, un tip „CDS” de
caracteristica poate avea etichetele „/codon”, „/codon_start”, „/db_xref”, „/EC_number”,
„/evidence”, „/exception”, „/function”, „/gene”, „/label”, „/map”, „/note”, „/number”,
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
„/transl_except”, „/transl_table” sau „/usedin”. Doar unele dintre aceste etichete pot avea
valorile, de exemplu „/gene” pot avea valoarea numelui genei. Implicit oricare
valoarea etichetei de caracteristici din tabelul de caracteristici este permisă. Puteți seta acest lucru pentru a se potrivi cu oricare
valoarea etichetei de caracteristică pe care doriți să o permiteți. Valoarea etichetei poate fi wildcarded folosind „*”. Dacă
doriți să permiteți mai mult de o valoare de etichetă, separați numele acestora cu caracterul
'|', de exemplu: pax* | 10 Valoare implicită: *

Caracteristică relație Opțiuni
-suprapune listă
Acest lucru vă permite să specificați suprapunerile permise ale caracteristicilor A și B. Puteți permite
orice suprapuneri sau nicio suprapunere, specificați că acestea trebuie sau nu trebuie să se suprapună, că trebuie sau trebuie să se suprapună
să nu fie complet închisă într-o altă caracteristică. Valoarea implicită: A

-minrange întreg
Dacă aceasta este mai mare sau egală cu „maxrange”, atunci nu este specificat niciun interval minim sau maxim

-maxrange întreg
Dacă aceasta este mai mică sau egală cu „minrange”, atunci nu este specificat niciun interval minim sau maxim

-tipul intervalului listă
Acest lucru vă permite să specificați pozițiile de la care este permis minim sau maxim
se măsoară distanța dintre caracteristici Valoare implicită: N

-sens listă
Acest lucru vă permite să specificați sensul necesar că cele două funcții trebuie să fie activate. Acest
este ignorată (întotdeauna „Orice”) când se analizează caracteristicile secvenței proteinelor. Valoarea implicită: A

-Ordin listă
Acest lucru vă permite să specificați ordinea necesară a celor două caracteristici. Ordinul este
măsurată din pozițiile de început ale caracteristicilor. Acest criteriu se aplică întotdeauna
în ciuda tipului de suprapunere specificat necesar. Valoarea implicită: A

producție secțiune
-două comutare
Dacă setați acest lucru să fie adevărat, atunci cele două caracteristici în sine vor fi scrise. Dacă
este lăsat ca fals, apoi va fi scrisă o singură caracteristică care să le acopere pe cele două
caracteristicile pe care le-ați găsit. Valoarea implicită: N

-tastează şir
Dacă ați specificat că perechile de caracteristici care sunt găsite trebuie raportate ca
o caracteristică în ieșire, apoi puteți specifica numele „tip” al noii caracteristici
Aici. În mod implicit, fiecare caracteristică din tabelul de caracteristici este permisă. Vedea
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ pentru o listă a tipurilor de caracteristici EMBL și a se vedea
Anexa A a manualului de utilizare Swissprot în http://www.expasy.org/sprot/userman.html
pentru o listă a tipurilor de caracteristici Swissprot. Dacă specificați un tip de caracteristică nevalid
nume, apoi este folosit numele implicit „misc_feature”. Valoare implicită: misc_feature

-outfile raportează

Utilizați twofeate online folosind serviciile onworks.net