Aceasta este comanda vcf-contrast care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
vcf-contrast - găsește diferențe între mostre
REZUMAT
vcf-contrast + - [OPŢIUNI] fișier.vcf.gz
DESCRIERE
Despre: Găsește diferențe între mostre adăugând adnotări NOVEL* în câmpul INFO.
OPŢIUNI
+
Lista de mostre în care se așteaptă o variantă unică
-
Lista de mostre de fundal
-d, --min-DP
Adâncime minimă pe toate - mostre
-f, --aplica-filtre
Omite site-urile cu coloana FILTER diferită de PASS sau „.”
-n, --site-uri-romane
Tipăriți numai înregistrări cu genotipuri noi
-h, -?, --Ajutor
Acest mesaj de ajutor.
Exemplu:
# Testați dacă oricare dintre eșantioanele A,B este diferită de toate C,D,E vcf-contrast +A,B
-C,D,E -m fișier.vcf.gz
# La fel ca mai sus, dar se imprimă numai site-uri cu variante noi și rezultate în tabel
vcf-contrast -n +A,B -C,D,E -m fișier.vcf.gz | vcf-query -f „%CHROM
%POS\t%INFO/NOVELTY\t%INFO/NOVELAL\t%INFO/NOVELGT[\t%SAMPLE %GTR %PL]\n'
# Similar cu mai sus, dar necesită o calitate minimă de cartografiere de 20 vcf-annotate -f
MinMQ=20 file.vcf.gz | vcf-contrast +A,B,C -D,E,F -f
Utilizați vcf-contrast online folosind serviciile onworks.net
