Aceasta este comanda WigeoN care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
wigeon - reimplementarea utilitarului de detectare a anomaliilor ADN Pintail 16S
DESCRIERE
WigeoN examinează conservarea secvenței dintre o interogare și o referință de încredere
secvență, ambele în format de aliniere NAST. Pe baza identității secvenței dintre interogare
și secvența de referință, există o cantitate așteptată de variație între aliniere.
Dacă variația observată este mai mare decât cuantila de 95% a distribuției lui
variația observată între secvențele neanomale, apoi este marcată ca anomalie.
WigeoN este o reimplementare flexibilă bazată pe linia de comandă a algoritmului Pintail Appl
Environ Microbiol. 2005 Dec;7112:7724-36.
WigeoN este util pentru semnalarea himerelor și anomaliilor numai în ARNr 16S aproape de lungime completă
secvente. WigeoN nu are sensibilitate cu secvențe mai mici de 1000 bp.
Pentru a rula WigeoN, aveți nevoie de secvențe formatate NAST generate de utilitarul nast-ier.
WigeoN face parte din suita microbiomeutil.
OPŢIUNI
Necesar:
--query_NAST
fișier multi-fasta care conține secvențe de interogare în format de aliniere
Opțional:
--db_NAST
db în format NAST
--db_FASTA
db în format fasta (formatat megablast)
--num_top_hits
implicit 1: folosește doar cea mai bună potrivire.
--complot
--DEBUG
--exec_dir
cd la exec_dir înainte de a rula
Utilizați WigeoN online folosind serviciile onworks.net
