Aceasta este aplicația Linux numită CUDAlign a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca masa-cudalign-3.9.1.1024.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită CUDAlign cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
CUDAlign
Ad
DESCRIERE
CUDAlign este un instrument capabil să alinieze secvențe de ADN perechi de dimensiuni nerestricții în GPU-urile CUDA, folosind algoritmul Smith-Waterman combinat cu Myers-Miller. Produce alinierea optimă a 1 milion de secvențe de bază în 45 de secunde folosind un GTX 560 Ti. Multe optimizări sunt dezvoltate pentru acest software. Consultați următoarele documente pentru informații detaliate:
[1] Edans Sandes, Alba Melo. Recuperarea aliniamentelor Smith-Waterman cu optimizări pentru secvențe biologice megabaze folosind GPU. IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, vol. 99, PrePrints, 2012
[2] Edans Sandes, Alba Melo. Alinierea Smith-Waterman de secvențe uriașe cu GPU în spațiu liniar. IPDPS 2011: 1199-1211
[3] Edans Sandes, Alba Melo. CUDAlign: utilizarea GPU pentru a accelera compararea secvențelor genomice megabaze. PPOPP 2010: 137-146
Cel mai recent cod sursă poate fi găsit în Github. Vezi proiectul MASA la https://github.com/edanssandes/MASA-CUDAlign
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Java Swing, linie de comandă
Limbaj de programare
C ++
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/cudalign/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
