Aceasta este aplicația Linux numită EXCAVATOR-tool pentru a rula în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită EXCAVATOR-tool pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
EXCAVATOR-instrument pentru a rula în Linux online
DESCRIERE
ATENȚIE!!!!!ATENȚIE!!!!!ATENȚIE!!!!!ATENȚIE!!!!!Am publicat recent pe BMC Genomics un nou pachet software, numit XCAVATOR, pentru identificarea CNV/CNA din experimente de secvențiere a întregului genom cu citiri scurte și lungi (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR este disponibil gratuit la http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR este un pachet software nou pentru detectarea variantelor de număr de copii (CNV) din datele de secvențiere a întregului exom.
EXCAVATOR a fost publicat pe Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
#####################
ATENŢIE!!!!! Pentru a utiliza în mod corespunzător instrumentul EXCAVATOR, utilizatorii trebuie să descarce fișierele de mapabilitate unică de la următorul link:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (pentru hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
DESCRIERE
- Secvențierea de generație următoare
- Copierea variantelor de număr
- Secvențierea întregului exom
Limbaj de programare
Perl
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.